Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2696-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2696-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13907033	C-A	HET
SBS	Chr1	19177014	T-C	HET
SBS	Chr1	20113792	C-T	Homo
SBS	Chr1	24395283	G-T	HET
SBS	Chr1	25028924	A-T	HET
SBS	Chr1	32729826	C-A	HET
SBS	Chr1	42111458	G-T	Homo
SBS	Chr10	12101135	G-A	HET
SBS	Chr10	13147824	A-G	HET
SBS	Chr10	20842364	C-A	HET
SBS	Chr10	21433719	G-A	HET
SBS	Chr10	5184816	C-T	HET
SBS	Chr10	6532447	G-C	HET
SBS	Chr10	7352155	C-T	HET
SBS	Chr11	10923621	C-G	HET
SBS	Chr11	11151639	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g19380
SBS	Chr11	18635179	T-C	HET
SBS	Chr11	20614644	T-C	HET
SBS	Chr11	22839130	C-T	Homo
SBS	Chr11	23523805	T-A	HET
SBS	Chr11	9043345	T-A	HET
SBS	Chr12	1057562	T-C	Homo
SBS	Chr12	14104488	G-A	HET
SBS	Chr12	1880528	C-A	HET
SBS	Chr12	19323116	C-A	HET
SBS	Chr12	23980895	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g38990
SBS	Chr2	26441635	C-T	Homo
SBS	Chr2	31325573	C-T	Homo
SBS	Chr3	19403080	C-T	HET
SBS	Chr3	19673080	G-A	HET
SBS	Chr3	32726847	C-T	HET
SBS	Chr3	35894073	C-A	HET
SBS	Chr4	18517858	C-T	HET
SBS	Chr4	20980275	T-G	HET
SBS	Chr4	21174321	T-C	HET
SBS	Chr4	2292357	C-T	HET
SBS	Chr4	24208331	A-G	HET
SBS	Chr4	29283180	C-T	HET
SBS	Chr4	33123656	T-C	Homo
SBS	Chr4	7184219	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13030
SBS	Chr4	9402747	T-A	HET
SBS	Chr5	13305800	G-A	HET
SBS	Chr5	18649326	C-T	HET
SBS	Chr5	27600410	C-A	HET
SBS	Chr6	17232918	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g29920
SBS	Chr6	30198051	T-A	HET
SBS	Chr6	30624971	T-C	HET
SBS	Chr6	5146983	G-A	HET
SBS	Chr6	6250718	C-T	HET
SBS	Chr6	6382052	A-T	HET
SBS	Chr6	7315505	C-T	HET
SBS	Chr7	17999662	G-A	HET
SBS	Chr7	23019879	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g38320
SBS	Chr7	27542539	A-G	HET
SBS	Chr8	12053810	A-G	Homo
SBS	Chr8	202429	T-C	HET
SBS	Chr8	23800145	T-A	HET
SBS	Chr8	8418751	G-T	HET
SBS	Chr9	11044317	T-A	HET
SBS	Chr9	14289727	G-T	HET
SBS	Chr9	397612	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g01560

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	1097086	1097088	2
Deletion	Chr9	2332625	2332626	1
Deletion	Chr5	2512260	2512277	17
Deletion	Chr10	5712533	5712534	1
Deletion	Chr1	6977697	6977698	1
Deletion	Chr6	7112001	7230000	117999	20
Deletion	Chr6	7423001	7471000	47999	7
Deletion	Chr7	7456001	7739000	282999	45
Deletion	Chr10	8253274	8253275	1
Deletion	Chr10	9901085	9901087	2
Deletion	Chr11	10767001	10796000	28999	2
Deletion	Chr12	13438572	13438589	17
Deletion	Chr11	14180753	14180758	5	LOC_Os11g24880
Deletion	Chr5	14325195	14325231	36
Deletion	Chr10	15261004	15261007	3
Deletion	Chr11	16486271	16486274	3
Deletion	Chr4	16753460	16753461	1
Deletion	Chr10	20202369	20202395	26
Deletion	Chr4	23197288	23197290	2
Deletion	Chr2	34375954	34375955	1
Deletion	Chr1	38039606	38039620	14

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	32487529	32487530	2
Insertion	Chr3	12881950	12881952	3
Insertion	Chr8	7130239	7130239	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	9402720	9403593	LOC_Os06g16430
Inversion	Chr6	9402854	9403593	LOC_Os06g16430
Inversion	Chr12	9915303	9954710	LOC_Os12g17320
Inversion	Chr12	9915304	9954712	LOC_Os12g17320

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	392592	Chr6	9402844	2
Translocation	Chr8	392593	Chr6	9402735	2
Translocation	Chr7	17141775	Chr6	16283195	LOC_Os07g29240

Main menu

You are here

Search Nipponbare