Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2704-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2704-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 100

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	23653042	G-A	Homo
SBS	Chr1	23653042	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	24884452	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	34490138	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	38487470	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	38799847	C-T	HET
SBS	Chr1	38799847	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	40085038	T-C	HET
SBS	Chr1	40852581	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g70540
SBS	Chr1	793267	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g02450
SBS	Chr10	12689208	T-A	Homo
SBS	Chr10	12689208	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	15468601	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	15795952	C-T	HET
SBS	Chr11	11746296	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	14332209	C-T	HET
SBS	Chr11	6182169	A-G	HET
SBS	Chr11	6182169	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr12	10662318	C-T	HET
SBS	Chr12	12617631	C-T	HET
SBS	Chr12	17053613	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28850
SBS	Chr12	19791551	T-A	HET
SBS	Chr12	19791551	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	20492351	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	21305855	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g35000
SBS	Chr12	21509476	C-A	HET
SBS	Chr12	7015107	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	12893095	G-A	HET
SBS	Chr2	12893095	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	12893096	C-T	HET
SBS	Chr2	12893096	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	16415375	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g27710
SBS	Chr2	6550729	T-C	Homo
SBS	Chr2	6550729	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	14567552	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g25500
SBS	Chr3	18763386	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g32780
SBS	Chr3	19532254	A-G	HET
SBS	Chr3	19532254	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	23776295	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g42690
SBS	Chr3	26675691	C-T	Homo
SBS	Chr3	26675691	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	6023055	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	6899654	C-T	HET
SBS	Chr3	6899654	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	1234456	C-T	HET
SBS	Chr4	1234456	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	12421217	C-T	Homo
SBS	Chr4	12421217	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	12679842	G-A	HET
SBS	Chr4	22468058	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g37790
SBS	Chr4	23624265	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	2377529	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g04930
SBS	Chr4	463253	T-C	HET
SBS	Chr4	463253	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	14045367	G-A	HET
SBS	Chr5	14749903	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g25390
SBS	Chr5	16307454	T-C	HET
SBS	Chr5	16307454	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr5	16328490	G-A	HET
SBS	Chr5	16328490	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	16328495	G-A	HET
SBS	Chr5	16328495	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	16328499	G-A	HET
SBS	Chr5	16328499	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	17504280	C-T	HET
SBS	Chr5	25173778	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	5773931	T-A	HET
SBS	Chr5	5864684	G-A	HET
SBS	Chr5	5864684	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	8228097	C-T	HET
SBS	Chr5	8662127	G-A	HET
SBS	Chr5	8662127	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	8724279	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g15430
SBS	Chr5	9584360	T-A	HET
SBS	Chr6	15165863	C-T	HET
SBS	Chr6	21553626	T-A	Homo
SBS	Chr6	21553626	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	24628735	A-T	HET
SBS	Chr6	24628735	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	1789930	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr7	19044128	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	19156138	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	24597819	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g41090
SBS	Chr7	8404042	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	16989257	G-A	HET
SBS	Chr8	16989257	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	21433171	T-C	HET
SBS	Chr8	27712017	A-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44015
SBS	Chr8	27712017	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44015
SBS	Chr8	28315571	T-A	HET
SBS	Chr8	3132034	C-T	HET
SBS	Chr8	3132034	C-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr8	4540191	T-A	HET
SBS	Chr8	5276209	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g09110
SBS	Chr8	8807498	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	14324504	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21749431	C-T	HET
SBS	Chr9	21749431	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	849024	T-C	HET
SBS	Chr9	849024	T-C	HET	INTERGENIC

Deletions: 45

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	641171	641175	4
Deletion	Chr2	886001	894000	7999	3
Deletion	Chr9	2206044	2206073	29	LOC_Os09g04190
Deletion	Chr12	2335196	2335205	9
Deletion	Chr6	3688367	3688373	6	2
Deletion	Chr12	3714341	3714346	5
Deletion	Chr6	4356001	4366000	9999	LOC_Os06g08884
Deletion	Chr5	4517990	4517996	6
Deletion	Chr10	4808925	4808933	8
Deletion	Chr11	5212632	5212636	4	LOC_Os11g09760
Deletion	Chr11	5566720	5566721	1
Deletion	Chr9	6106051	6106052	1
Deletion	Chr4	6198369	6198372	3	LOC_Os04g11350
Deletion	Chr12	6410317	6410318	1
Deletion	Chr5	6779001	7262000	482999	72
Deletion	Chr5	6790001	7345000	554999	87
Deletion	Chr5	7267001	7347000	79999	14
Deletion	Chr8	7489187	7489215	28	LOC_Os08g12680
Deletion	Chr8	8537079	8537080	1
Deletion	Chr3	10416501	10416508	7	2
Deletion	Chr11	11802817	11802819	2
Deletion	Chr11	12300301	12300465	164
Deletion	Chr11	13233641	13233643	2	LOC_Os11g23010
Deletion	Chr11	14094682	14094693	11
Deletion	Chr10	14212817	14212818	1
Deletion	Chr4	14661769	14661772	3	2
Deletion	Chr9	15626546	15626554	8	2
Deletion	Chr8	15885406	15885410	4	2
Deletion	Chr5	16249001	16273000	23999	2
Deletion	Chr5	16254001	16273000	18999	2
Deletion	Chr11	16566655	16566666	11
Deletion	Chr8	16576616	16576617	1
Deletion	Chr11	16687526	16687527	1	LOC_Os11g28790
Deletion	Chr11	17941434	17941439	5
Deletion	Chr5	18706226	18706251	25
Deletion	Chr10	19721746	19721747	1
Deletion	Chr9	20678867	20678878	11
Deletion	Chr9	21196614	21196629	15
Deletion	Chr12	21733136	21733145	9	2
Deletion	Chr11	23873974	23873976	2
Deletion	Chr6	25819688	25819689	1	2
Deletion	Chr7	25999081	25999082	1	2
Deletion	Chr1	35562581	35562582	1	2
Deletion	Chr1	42526924	42526927	3	LOC_Os01g73370
Deletion	Chr1	42586031	42586037	6

Insertions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	21801636	21801636	1
Insertion	Chr12	11575371	11575371	1
Insertion	Chr12	17467227	17467228	2
Insertion	Chr2	15911341	15911342	2	2
Insertion	Chr2	15911341	15911342	2	2
Insertion	Chr2	19774202	19774202	1
Insertion	Chr6	22480986	22480986	1
Insertion	Chr8	1330572	1330573	2
Insertion	Chr8	8918680	8918689	10	2
Insertion	Chr8	8918680	8918687	8	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	16251355	16296539	2
Inversion	Chr5	16271253	16296627	2
Inversion	Chr2	28127867	28128197	LOC_Os02g46150
Inversion	Chr3	33882604	34273852

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	4699954	Chr7	27254265
Translocation	Chr10	5149237	Chr4	3713485
Translocation	Chr7	9320330	Chr4	3213283	LOC_Os07g15990
Translocation	Chr6	10375738	Chr3	22587351
Translocation	Chr7	11905744	Chr4	16178237	LOC_Os04g27380
Translocation	Chr8	14880098	Chr3	23141741
Translocation	Chr12	16446401	Chr7	11777249	LOC_Os12g27900
Translocation	Chr12	24332920	Chr3	20216552

Main menu

You are here

Search Nipponbare