Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2708-S-1 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2708-S-1 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10777531	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	17114564	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	24398279	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g42880
SBS	Chr1	32743063	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	33799752	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	43024685	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	19957711	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4369908	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g08060
SBS	Chr10	8545410	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	8660603	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	2293021	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	23201344	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	23201345	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	3654451	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	9383139	A-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr11	9478083	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	10792621	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12474125	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	4277653	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	18024864	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	28182669	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	12228120	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	15341852	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	21552725	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	28274552	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	34238255	A-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr4	12126014	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13651939	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	1382552	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	16935597	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	1944	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6110329	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	1016298	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g02820
SBS	Chr5	10238432	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	21652238	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6878934	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	10442619	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	13061222	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	16283453	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	16283454	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	19732995	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11327689	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	16536956	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	24274756	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g40520
SBS	Chr7	7899148	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	17085853	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	9872965	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g16190
SBS	Chr9	1133566	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	12661658	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15101564	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4502118	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4533826	A-G	HET	INTERGENIC

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	528110	528111	1
Deletion	Chr8	1629903	1629912	9	LOC_Os08g03470
Deletion	Chr4	4095918	4095921	3	LOC_Os04g07710
Deletion	Chr1	12162122	12162150	28
Deletion	Chr11	15245050	15245051	1
Deletion	Chr12	15532350	15532351	1
Deletion	Chr4	17329863	17329864	1	LOC_Os04g29224
Deletion	Chr8	17973215	17973216	1	LOC_Os08g29290
Deletion	Chr6	18794602	18794626	24	LOC_Os06g32280
Deletion	Chr6	20859265	20859268	3
Deletion	Chr1	21759427	21759428	1
Deletion	Chr6	22482944	22482954	10
Deletion	Chr12	24258687	24258697	10
Deletion	Chr8	24956181	24956188	7
Deletion	Chr6	25923832	25923842	10
Deletion	Chr7	27362691	27362698	7
Deletion	Chr11	28345609	28345613	4
Deletion	Chr4	29597604	29597605	1
Deletion	Chr3	29966319	29966320	1
Deletion	Chr2	30643102	30643104	2
Deletion	Chr3	36032971	36032974	3

Insertions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	17036647	17036674	28
Insertion	Chr10	3458004	3458042	39
Insertion	Chr11	23784729	23784729	1
Insertion	Chr11	27074008	27074008	1
Insertion	Chr2	1587011	1587012	2
Insertion	Chr2	22207158	22207159	2
Insertion	Chr2	34283517	34283517	1
Insertion	Chr4	15138019	15138019	1	LOC_Os04g26010
Insertion	Chr6	18652730	18652730	1
Insertion	Chr7	11392750	11392750	1
Insertion	Chr7	19605296	19605298	3
Insertion	Chr7	20462920	20462957	38
Insertion	Chr8	24612150	24612150	1
Insertion	Chr9	13436046	13436065	20

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	3629814	3656456	LOC_Os11g07225
Inversion	Chr11	3629818	3656463	LOC_Os11g07225
Inversion	Chr10	5787856	6277082

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	623317	Chr3	22576444
Translocation	Chr8	8367591	Chr2	16568341
Translocation	Chr9	16167563	Chr6	4276869	LOC_Os06g08600
Translocation	Chr4	22819421	Chr3	24030531	LOC_Os03g43070
Translocation	Chr11	28275633	Chr4	22819310

Main menu

You are here

Search Nipponbare