Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2709-S-1 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2709-S-1 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 80

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16429382	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	17287297	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	19014604	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	20235219	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr1	21306639	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	22625669	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	23139586	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g40910
SBS	Chr1	28637786	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	32885325	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	41752625	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	41752633	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	679274	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr10	13397231	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	18637152	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	23073199	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4022738	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	920617	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	9571037	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	15834268	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g27520
SBS	Chr11	23691196	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	26448238	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	27216864	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	16057394	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	19067694	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	19067696	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	25770138	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g41650
SBS	Chr12	4669337	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	4930183	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	6912079	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	8552992	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10533453	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	21724644	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr2	34448297	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	11053618	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	14063611	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	14748060	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	20011166	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	23819291	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	32911488	G-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr3	6470887	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	21584925	C-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	21585263	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	24094223	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	25559052	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g43180
SBS	Chr4	26486046	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	27920078	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	27975544	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	30230349	C-A	HET	START_GAINED
SBS	Chr4	3553622	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6859011	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g12420
SBS	Chr4	7000	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	8194449	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	1502007	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g03550
SBS	Chr5	23303591	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	23303592	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	25904350	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	29795630	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	5269325	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g09380
SBS	Chr5	7778310	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	10664073	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	3681366	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	10010531	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	10471460	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11578448	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11933528	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	21595020	T-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g36150
SBS	Chr7	28386356	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	10953767	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	13069668	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	14304167	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g23630
SBS	Chr8	17845289	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g29150
SBS	Chr8	21933266	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	23227320	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	24707443	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	4366812	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	6183155	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	8638721	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	12273396	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	17071614	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	603754	T-C	HET	INTERGENIC

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2449714	2449715	1
Deletion	Chr8	2710572	2710573	1
Deletion	Chr9	2820208	2820209	1
Deletion	Chr3	3972141	3972142	1
Deletion	Chr3	4131267	4131275	8
Deletion	Chr10	5084382	5084383	1
Deletion	Chr1	5229966	5229967	1
Deletion	Chr2	10185616	10185628	12
Deletion	Chr5	10667149	10667152	3
Deletion	Chr1	12456551	12456552	1
Deletion	Chr10	13117777	13117779	2
Deletion	Chr10	14496026	14496031	5
Deletion	Chr5	17762176	17762177	1
Deletion	Chr9	21442116	21442151	35	LOC_Os09g37170
Deletion	Chr2	25167600	25167601	1
Deletion	Chr1	26555324	26555325	1
Deletion	Chr8	27820285	27820287	2
Deletion	Chr7	28685699	28685700	1
Deletion	Chr3	35617386	35617393	7
Deletion	Chr1	42908486	42908488	2

Insertions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	38467392	38467392	1
Insertion	Chr11	27146858	27146885	28
Insertion	Chr12	25845091	25845091	1
Insertion	Chr2	14922677	14922677	1	LOC_Os02g25540
Insertion	Chr3	21803720	21803720	1
Insertion	Chr4	26501103	26501104	2
Insertion	Chr4	26734141	26734142	2
Insertion	Chr6	11000810	11000810	1
Insertion	Chr6	26926156	26926156	1	LOC_Os06g44590
Insertion	Chr7	27289833	27289834	2
Insertion	Chr7	7456695	7456695	1
Insertion	Chr8	17507783	17507825	43
Insertion	Chr8	22787352	22787352	1
Insertion	Chr8	9482107	9482107	1	LOC_Os08g15600

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	32659264	33203810
Inversion	Chr1	32659277	33203810

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	5248589	Chr1	39255030
Translocation	Chr8	5252904	Chr1	39099944
Translocation	Chr9	7749089	Chr5	15268435
Translocation	Chr9	7749098	Chr5	15268863
Translocation	Chr8	16734275	Chr6	17008860
Translocation	Chr5	17279091	Chr2	11136431	LOC_Os05g29860
Translocation	Chr5	17279093	Chr2	11135897	LOC_Os05g29860
Translocation	Chr10	21612546	Chr6	25743065	2
Translocation	Chr11	22094146	Chr8	7405061
Translocation	Chr2	22548586	Chr1	3012122	LOC_Os01g06330
Translocation	Chr11	22753380	Chr2	5999994

Main menu

You are here

Search Nipponbare