Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2711-S-1 [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2711-S-1 Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 63

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	27781867	C-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g48446
SBS	Chr1	28936393	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	28936400	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	32282697	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	40189430	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	610564	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	15709691	T-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	18341428	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	25148238	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	26932200	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12171956	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	19407505	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr12	26485890	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	4526680	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7437718	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g13330
SBS	Chr12	7564927	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	9870385	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10418647	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	12913779	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	13441847	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g22530
SBS	Chr2	22546298	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	22656428	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	28876342	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	16346075	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	1893609	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr3	24169957	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	24504224	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	27434028	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	16642672	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	28125709	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	28270675	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	32238116	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	33073753	C-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr4	3958548	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	433409	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g01640
SBS	Chr4	5789907	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10196408	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	11353727	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	13863646	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	21148018	C-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	25676760	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	7889359	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	10453536	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	16002473	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	1696576	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	25752834	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7949681	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g14250
SBS	Chr7	12791801	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	18108171	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	3737424	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	4630759	C-T	HOMO	STOP_GAINED	LOC_Os07g08900
SBS	Chr7	974875	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	17004164	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	17004165	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	17761225	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	19541521	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	21062401	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	22518838	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	27074635	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	4777945	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	6236307	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	7463418	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	12736976	C-T	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2833432	2833433	1
Deletion	Chr1	2995450	2995451	1	LOC_Os01g06300
Deletion	Chr4	6015909	6015929	20
Deletion	Chr9	7356049	7356916	867
Deletion	Chr10	8115250	8115251	1
Deletion	Chr6	12736363	12736366	3
Deletion	Chr7	14189955	14189956	1
Deletion	Chr9	15981433	15981437	4
Deletion	Chr6	16913337	16913345	8	LOC_Os06g29490
Deletion	Chr11	18137701	18137730	29
Deletion	Chr3	18517840	18517841	1
Deletion	Chr10	18584896	18584902	6
Deletion	Chr10	18765727	18765728	1
Deletion	Chr3	19681642	19681645	3
Deletion	Chr1	21884557	21884562	5
Deletion	Chr12	22784978	22784984	6
Deletion	Chr8	23034661	23034682	21
Deletion	Chr2	26790930	26790931	1
Deletion	Chr3	28004083	28004090	7
Deletion	Chr1	29064812	29064817	5
Deletion	Chr1	32150521	32150527	6
Deletion	Chr1	34048320	34048341	21
Deletion	Chr1	40139212	40139213	1

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	17809437	17809444	8
Insertion	Chr11	20878014	20878015	2
Insertion	Chr11	6149548	6149548	1
Insertion	Chr12	9830057	9830057	1
Insertion	Chr3	18175295	18175295	1	LOC_Os03g31770
Insertion	Chr3	21069003	21069014	12
Insertion	Chr3	30745197	30745272	76
Insertion	Chr9	8498045	8498045	1	LOC_Os09g14390

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	22496672	23339556

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr11	13485820	Chr2	18272186
Translocation	Chr9	14134871	Chr8	23098805
Translocation	Chr6	20520242	Chr1	878755

Main menu

You are here

Search Nipponbare