Search Results

Mutant Information

SOS indicates the sequenced line is sterile and seeds from siblings are available.

Mutant Name	FN2715-S [Download]
Generation	M2-SOS
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2715-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 105

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	7819929	C-A	HET
SBS	Chr1	16494888	A-T	HET
SBS	Chr1	24625957	A-G	HET
SBS	Chr1	28967030	C-T	HET
SBS	Chr1	36577128	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g63120
SBS	Chr1	41169498	G-A	HET
SBS	Chr2	981648	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g02660
SBS	Chr2	1111626	C-G	HET
SBS	Chr2	15799469	C-T	HET
SBS	Chr2	17676786	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g29720
SBS	Chr2	31827691	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g51980
SBS	Chr3	775519	T-G	HET
SBS	Chr3	12912504	C-A	HET
SBS	Chr3	35006865	T-C	HET
SBS	Chr3	35498280	G-T	HET
SBS	Chr3	35498293	T-A	HET
SBS	Chr4	9654766	A-C	HET
SBS	Chr4	13556012	G-A	HET
SBS	Chr4	16859431	C-A	HET
SBS	Chr4	19787876	G-A	HET
SBS	Chr4	23452239	G-A	HET
SBS	Chr4	33352948	G-A	HET
SBS	Chr4	34548856	T-C	HET
SBS	Chr5	4433346	C-T	Homo
SBS	Chr5	17836577	G-A	HET
SBS	Chr5	21468185	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g36200
SBS	Chr5	22372783	G-A	HET
SBS	Chr5	29642874	C-T	HET
SBS	Chr6	15955360	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g28090
SBS	Chr6	17047476	C-T	HET
SBS	Chr7	502927	A-T	HET
SBS	Chr7	4200893	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g08240
SBS	Chr7	4967600	G-T	HET
SBS	Chr8	4898554	T-G	Homo
SBS	Chr8	18073683	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g29490
SBS	Chr9	245584	T-G	Homo
SBS	Chr9	1649877	G-T	Homo
SBS	Chr9	18820978	A-T	HET
SBS	Chr9	21922234	G-A	HET
SBS	Chr10	142035	C-A	HET
SBS	Chr10	670843	C-T	HET
SBS	Chr10	1353650	G-A	Homo
SBS	Chr10	3914015	A-G	HET
SBS	Chr10	9679924	C-T	HET
SBS	Chr10	9841160	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g19310
SBS	Chr10	20488813	G-C	HET
SBS	Chr11	765546	A-G	HET
SBS	Chr11	3134868	C-T	HET
SBS	Chr11	8498812	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15100
SBS	Chr11	23859421	G-A	HET
SBS	Chr11	27332789	C-A	Homo
SBS	Chr11	27843437	C-G	HET
SBS	Chr11	28003589	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g46240
SBS	Chr1	16494888	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	17987967	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	41169498	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	8759149	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	15799469	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	17676786	G-C	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g29720
SBS	Chr2	26126958	T-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr2	30620881	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	775519	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	16709920	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	24126108	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr3	35006865	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr3	35498280	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	35498293	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	1406427	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g03300
SBS	Chr4	9654766	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	14258771	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	19787876	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	23720659	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	31052968	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	4433346	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	12387736	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g21060
SBS	Chr5	22372783	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	26519433	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	29642874	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	6137972	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	12353668	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	502927	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	4967600	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	14912354	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	15550437	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	18519318	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	26012668	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	920546	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g02350
SBS	Chr8	2831370	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	4898554	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	16298191	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	16840083	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	16973994	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	21445582	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	23345956	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	245584	T-G	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr9	1649877	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	14126947	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g23750
SBS	Chr9	18820978	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	1353650	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	20488813	G-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr11	493845	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g01920
SBS	Chr11	8498812	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15100
SBS	Chr11	27332789	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	28003589	T-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g46240
SBS	Chr12	18084217	G-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 42

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	628001	750000	121999	23
Deletion	Chr12	629001	747000	117999	24
Deletion	Chr10	3478370	3478371	1
Deletion	Chr5	4044435	4044442	7	2
Deletion	Chr9	5503737	5503739	2
Deletion	Chr8	6386098	6386099	1	2
Deletion	Chr8	6443606	6443634	28
Deletion	Chr2	6893754	6893755	1
Deletion	Chr1	7861415	7861419	4
Deletion	Chr12	8315161	8315162	1
Deletion	Chr7	8429714	8429715	1
Deletion	Chr9	8845257	8845258	1
Deletion	Chr7	9359689	9359690	1	LOC_Os07g16054
Deletion	Chr7	9793142	9793143	1
Deletion	Chr7	10390968	10390970	2	2
Deletion	Chr6	13332850	13332851	1
Deletion	Chr8	13583682	13583685	3
Deletion	Chr7	13632907	13632908	1
Deletion	Chr7	13789093	13789094	1
Deletion	Chr9	14215712	14215713	1
Deletion	Chr6	15428870	15429025	155
Deletion	Chr2	15696436	15696446	10	2
Deletion	Chr4	16259071	16259072	1	LOC_Os04g27500
Deletion	Chr6	17084368	17084419	51	LOC_Os06g29750
Deletion	Chr8	18045518	18045529	11
Deletion	Chr4	18708304	18708305	1
Deletion	Chr7	19705859	19705860	1
Deletion	Chr1	20837887	20837948	61
Deletion	Chr5	21545296	21545323	27
Deletion	Chr5	23842832	23842838	6
Deletion	Chr1	24320932	24320933	1	2
Deletion	Chr6	24925476	24925477	1
Deletion	Chr7	26841027	26841028	1
Deletion	Chr2	27310001	27358000	47999	5
Deletion	Chr2	27315001	27358000	42999	5
Deletion	Chr2	27625001	27647000	21999	2
Deletion	Chr5	27768207	27768212	5
Deletion	Chr3	28866241	28866243	2
Deletion	Chr2	28883544	28883545	1
Deletion	Chr6	29095453	29095454	1
Deletion	Chr2	30640155	30640156	1
Deletion	Chr3	35300875	35300876	1

Insertions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	13027045	13027048	4	2
Insertion	Chr3	7180630	7180635	6
Insertion	Chr10	6889707	6889725	19
Insertion	Chr3	13027045	13027048	4	2
Insertion	Chr1	21322202	21322202	1
Insertion	Chr1	22425821	22425821	1
Insertion	Chr1	36294544	36294559	16
Insertion	Chr4	2631922	2631922	1
Insertion	Chr4	19115751	19115754	4
Insertion	Chr6	16041170	16041171	2
Insertion	Chr6	25377852	25377852	1
Insertion	Chr7	5041692	5041692	1
Insertion	Chr9	1383674	1383674	1	LOC_Os09g02950
Insertion	Chr10	4422789	4422789	1
Insertion	Chr10	21822128	21822128	1
Insertion	Chr12	2792086	2792086	1
Insertion	Chr12	18133661	18133661	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	561155	629583	2
Inversion	Chr12	561176	749590	2

Translocations: 23

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	321754	Chr11	305572
Translocation	Chr12	748920	Chr7	13614527	2
Translocation	Chr12	749587	Chr7	13615241	2
Translocation	Chr6	1483429	Chr1	3192780
Translocation	Chr11	5131411	Chr8	2543738
Translocation	Chr12	6981603	Chr3	2404419	LOC_Os12g12664
Translocation	Chr4	7859118	Chr2	21394561
Translocation	Chr6	10800746	Chr4	16768921
Translocation	Chr10	11524848	Chr3	19252184
Translocation	Chr10	12201931	Chr7	17150974
Translocation	Chr9	14486469	Chr6	5970921
Translocation	Chr6	15615027	Chr3	25764416
Translocation	Chr10	18195069	Chr9	3016434	2
Translocation	Chr12	19102087	Chr5	4729804
Translocation	Chr12	19105199	Chr3	14531802
Translocation	Chr8	20160668	Chr6	19700126	LOC_Os08g32540
Translocation	Chr9	20200260	Chr6	14069748
Translocation	Chr8	22388823	Chr2	16788107	2
Translocation	Chr6	23042479	Chr3	3707180	LOC_Os03g07270
Translocation	Chr11	27850830	Chr1	3225345	2
Translocation	Chr11	28348469	Chr1	23459456
Translocation	Chr11	28430566	Chr8	5481931
Translocation	Chr4	30957968	Chr1	35222264

Main menu

You are here

Search Results