Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2719-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2719-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 85

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	4726833	C-T	HET
SBS	Chr1	9376583	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	9853058	G-A	Homo
SBS	Chr1	9853058	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	13690425	C-A	HET
SBS	Chr10	14039808	G-T	HET
SBS	Chr10	19148426	T-A	HET
SBS	Chr10	19148426	T-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr10	21500310	C-A	HET	STOP_LOST	LOC_Os10g40160
SBS	Chr10	6351727	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	6352729	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	9962926	C-A	HET
SBS	Chr11	10770342	T-C	HET
SBS	Chr11	10770342	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	14705596	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g25780
SBS	Chr11	15342906	A-G	HET
SBS	Chr11	15342906	A-G	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr11	191158	C-T	HET
SBS	Chr11	21661551	A-G	HET
SBS	Chr11	21661551	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	26487239	G-A	Homo
SBS	Chr11	26487239	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	26709113	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8785743	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15510
SBS	Chr12	10886791	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g18800
SBS	Chr12	10886791	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g18800
SBS	Chr12	12528080	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	15187143	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	16401920	A-C	HET
SBS	Chr12	22073437	A-T	HET
SBS	Chr12	22153317	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g36140
SBS	Chr12	4584095	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7218020	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g13020
SBS	Chr12	7218020	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g13020
SBS	Chr12	7675754	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	7931834	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10921848	T-C	HET
SBS	Chr2	10921848	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	14038746	C-G	HET
SBS	Chr2	35552139	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr2	5668969	A-G	HET
SBS	Chr3	151486	G-C	HET
SBS	Chr3	21778063	T-A	HET
SBS	Chr3	22981035	G-T	HET
SBS	Chr3	22981035	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	28243792	A-G	HET
SBS	Chr3	28243792	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	30215260	T-C	Homo
SBS	Chr3	35495343	T-C	HET
SBS	Chr4	13854963	A-G	HET
SBS	Chr4	16368897	A-G	HET
SBS	Chr4	19918787	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	27366290	A-G	HET
SBS	Chr4	27706483	T-A	HET
SBS	Chr4	28627310	C-T	HET
SBS	Chr4	28627310	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	30937156	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	8926661	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g16420
SBS	Chr4	8959179	C-T	HET
SBS	Chr4	8959179	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	16545878	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr5	16925178	T-A	HET
SBS	Chr5	16925178	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	17844918	C-A	HET
SBS	Chr5	17844918	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	20169241	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	28116333	T-C	Homo
SBS	Chr5	28116333	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	11010698	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g19350
SBS	Chr6	13553381	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	23731550	C-A	HET
SBS	Chr7	11598160	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g19570
SBS	Chr7	1288868	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	24531915	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	25481770	T-A	Homo
SBS	Chr7	25481770	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	6408002	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11610
SBS	Chr7	8660769	T-C	HET
SBS	Chr8	18170009	T-C	HET
SBS	Chr8	18170009	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr8	19247926	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	19910688	G-A	HET
SBS	Chr8	253466	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g01390
SBS	Chr9	21061546	C-T	HET
SBS	Chr9	21061546	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING

Deletions: 28

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	5041261	5041262	1	2
Deletion	Chr3	6389490	6389491	1
Deletion	Chr5	7065001	7070000	4999	2
Deletion	Chr11	7140700	7140701	1
Deletion	Chr4	7526177	7526178	1
Deletion	Chr11	8045027	8045028	1
Deletion	Chr3	8231517	8231518	1
Deletion	Chr2	8273654	8273655	1
Deletion	Chr3	8989108	8989109	1
Deletion	Chr11	9693842	9693844	2
Deletion	Chr4	10943943	10943948	5	2
Deletion	Chr4	11446264	11446266	2
Deletion	Chr7	12145719	12145720	1
Deletion	Chr7	12156938	12156939	1
Deletion	Chr4	14526101	14526103	2	2
Deletion	Chr2	14760085	14760086	1
Deletion	Chr4	19728070	19728092	22
Deletion	Chr1	20619004	20619006	2
Deletion	Chr2	22184920	22184921	1
Deletion	Chr1	22729164	22729181	17	2
Deletion	Chr8	25576472	25576473	1
Deletion	Chr12	26843549	26843552	3
Deletion	Chr1	27426830	27426831	1
Deletion	Chr4	30825491	30825578	87
Deletion	Chr4	31160547	31160548	1
Deletion	Chr2	34318762	34318776	14
Deletion	Chr3	35081682	35081684	2
Deletion	Chr1	39977473	39977480	7

Insertions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	14482109	14482122	14
Insertion	Chr1	8131394	8131395	2
Insertion	Chr10	22711146	22711147	2	2
Insertion	Chr10	22711146	22711148	3	2
Insertion	Chr10	7145753	7145753	1
Insertion	Chr12	18990627	18990628	2
Insertion	Chr12	2939560	2939575	16
Insertion	Chr2	11590335	11590338	4
Insertion	Chr2	30639797	30639797	1
Insertion	Chr3	14316094	14316095	2
Insertion	Chr3	28037278	28037279	2
Insertion	Chr4	28015059	28015060	2	2
Insertion	Chr4	28015059	28015060	2	2
Insertion	Chr4	7947891	7947891	1
Insertion	Chr5	29931151	29931151	1
Insertion	Chr6	9464981	9464987	7	2
Insertion	Chr6	9464981	9464987	7	2
Insertion	Chr8	11049434	11049434	1
Insertion	Chr8	16867262	16867262	1
Insertion	Chr8	19211524	19211525	2
Insertion	Chr9	14315063	14315066	4

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	3331307	3331548
Inversion	Chr8	6120307	6735411	2
Inversion	Chr8	6120321	6737000	2
Inversion	Chr12	13344867	13377641
Inversion	Chr6	22483124	22521349

Translocations: 14

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2265231	Chr9	5503275
Translocation	Chr3	6780070	Chr2	12010625
Translocation	Chr6	6823006	Chr4	27350794	LOC_Os06g12590
Translocation	Chr11	7720116	Chr6	4358327
Translocation	Chr2	8310769	Chr1	31296068
Translocation	Chr10	8620598	Chr1	12472002
Translocation	Chr9	11816226	Chr2	6533224
Translocation	Chr12	12883131	Chr10	4481271
Translocation	Chr9	13448269	Chr8	7145853	2
Translocation	Chr11	13708396	Chr6	11097876	LOC_Os11g24120
Translocation	Chr9	15005716	Chr8	1594438
Translocation	Chr9	16564127	Chr1	24311693
Translocation	Chr11	19693914	Chr2	5291366
Translocation	Chr8	26906514	Chr3	25348841	LOC_Os08g42570

Main menu

You are here

Search Nipponbare