Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2723-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2723-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 92

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16851299	C-T	HET
SBS	Chr1	17077485	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	18255199	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	20247758	G-A	HET
SBS	Chr1	20247758	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	30841359	C-T	HET
SBS	Chr1	30841359	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr1	32936458	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	34012468	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	40279793	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	18791917	A-T	HET
SBS	Chr10	18791917	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	18843404	T-A	HET
SBS	Chr10	22149372	C-T	HET
SBS	Chr10	325354	G-A	HET
SBS	Chr10	4512937	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	10175029	C-T	HET
SBS	Chr11	10175029	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	12761990	C-A	HET
SBS	Chr11	22081896	C-A	HET
SBS	Chr11	9943259	G-T	HET
SBS	Chr12	1023814	A-T	Homo
SBS	Chr12	1023814	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	13606442	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	13924539	T-C	HET
SBS	Chr12	14508232	C-T	HET
SBS	Chr12	14508232	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr12	15613360	A-G	Homo
SBS	Chr12	15613360	A-G	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	16327320	A-G	HET
SBS	Chr12	16518102	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	3054935	C-A	HET
SBS	Chr12	3054935	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	11876071	C-T	HET
SBS	Chr2	139166	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	139168	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	15419543	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	16312423	C-T	HET
SBS	Chr2	16312423	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	21751281	G-A	HET
SBS	Chr2	21751281	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	23021799	G-A	HET
SBS	Chr2	2424846	C-G	HET
SBS	Chr2	2424846	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	28971528	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	4287145	G-A	Homo
SBS	Chr2	4287145	G-A	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr3	1519129	G-A	Homo
SBS	Chr3	1519129	G-A	HOMO	UTR_5_PRIME
SBS	Chr3	21988069	G-T	Homo
SBS	Chr3	21988069	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	28809447	T-G	HET
SBS	Chr3	34421284	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	6340620	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g12080
SBS	Chr4	12521245	G-A	Homo
SBS	Chr4	12521245	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	12521246	G-A	Homo
SBS	Chr4	12521246	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	12859413	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g22690
SBS	Chr4	20382700	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	2510417	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	25590116	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g43250
SBS	Chr4	34025892	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g57100
SBS	Chr5	12230112	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	18184354	G-A	HET
SBS	Chr5	18184354	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	22889438	C-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	24410027	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g41720
SBS	Chr5	2750587	C-A	HET
SBS	Chr5	29486665	T-C	HET
SBS	Chr6	13101046	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	19682220	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	14690442	C-T	HET
SBS	Chr7	14690442	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	17093962	A-G	HET
SBS	Chr7	17093962	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	21679367	T-G	HET
SBS	Chr7	21679367	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	26081899	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	454764	G-A	Homo
SBS	Chr7	454764	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr8	12449521	T-C	HET
SBS	Chr8	18559385	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g30190
SBS	Chr8	5411434	G-A	HET
SBS	Chr8	6258402	G-A	HET
SBS	Chr8	7424333	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	14986632	A-T	HET
SBS	Chr9	14986632	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	17876182	A-C	HET
SBS	Chr9	17876182	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr9	2902222	G-T	HET
SBS	Chr9	8179897	C-G	HET

Deletions: 30

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	3571986	3571987	1	2
Deletion	Chr12	5259815	5259816	1	LOC_Os12g09930
Deletion	Chr4	6059245	6059252	7	2
Deletion	Chr4	6670807	6670808	1
Deletion	Chr2	7832011	7832129	118
Deletion	Chr7	8452729	8452730	1	LOC_Os07g14800
Deletion	Chr2	9005438	9005440	2
Deletion	Chr11	11722420	11722421	1
Deletion	Chr3	13348650	13348702	52
Deletion	Chr3	15001483	15001485	2	LOC_Os03g26210
Deletion	Chr4	15002607	15002608	1
Deletion	Chr8	15189784	15189785	1	LOC_Os08g25020
Deletion	Chr12	15373681	15373682	1
Deletion	Chr12	16898154	16898156	2
Deletion	Chr11	17583001	17619000	35999	10
Deletion	Chr11	17585001	17618000	32999	10
Deletion	Chr12	18801751	18801756	5
Deletion	Chr10	19320924	19320931	7
Deletion	Chr10	19494605	19494606	1	LOC_Os10g36430
Deletion	Chr1	20188117	20188206	89	LOC_Os01g36380
Deletion	Chr3	20391081	20391082	1
Deletion	Chr12	20827807	20827829	22	2
Deletion	Chr9	21435383	21435399	16	LOC_Os09g37160
Deletion	Chr1	22241353	22241359	6
Deletion	Chr4	26161210	26161218	8
Deletion	Chr5	26187546	26187558	12
Deletion	Chr6	28417945	28417949	4
Deletion	Chr4	29806195	29806201	6
Deletion	Chr1	33576556	33576557	1
Deletion	Chr1	42997097	42997104	7

Insertions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	31933798	31933798	1
Insertion	Chr11	20993894	20993895	2
Insertion	Chr12	17096932	17096932	1	LOC_Os12g28920
Insertion	Chr2	25476436	25476436	1
Insertion	Chr2	6710927	6710934	8
Insertion	Chr3	19759561	19759561	1
Insertion	Chr3	2292369	2292370	2
Insertion	Chr4	10182469	10182469	1
Insertion	Chr6	1026777	1026778	2	2
Insertion	Chr6	1026777	1026778	2	2
Insertion	Chr6	12551051	12551051	1
Insertion	Chr6	15256408	15256423	16
Insertion	Chr6	27094509	27094510	2	2
Insertion	Chr6	27094509	27094510	2	2
Insertion	Chr8	13844239	13844239	1
Insertion	Chr8	24362510	24362510	1
Insertion	Chr8	26736967	26736976	10
Insertion	Chr8	6448074	6448074	1
Insertion	Chr8	9568995	9568995	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	4700111	5029761	2
Inversion	Chr2	4700121	5029775	2
Inversion	Chr6	5018083	5018183	LOC_Os06g09860
Inversion	Chr12	11921444	11922062

Translocations: 20

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	127738	Chr11	128897	2
Translocation	Chr9	2592229	Chr7	27101163	2
Translocation	Chr9	4920900	Chr1	19588631
Translocation	Chr10	5298646	Chr8	14523301
Translocation	Chr11	5743800	Chr10	12207983
Translocation	Chr8	6538918	Chr4	3094411	LOC_Os08g11110
Translocation	Chr10	8097551	Chr1	16931745
Translocation	Chr7	9387189	Chr4	20072514
Translocation	Chr6	10117993	Chr5	21218472
Translocation	Chr9	12438833	Chr3	17343867	2
Translocation	Chr9	12438834	Chr3	17344354	2
Translocation	Chr8	13038720	Chr7	14407536
Translocation	Chr6	14457838	Chr4	8094447	LOC_Os06g24620
Translocation	Chr11	15613259	Chr9	749691
Translocation	Chr3	16812701	Chr1	18860178
Translocation	Chr11	17509681	Chr2	944616	LOC_Os11g30110
Translocation	Chr11	17510217	Chr2	944616
Translocation	Chr12	24881287	Chr6	15720880	2
Translocation	Chr12	24881292	Chr5	12422855	2
Translocation	Chr12	27114959	Chr3	17206796

Main menu

You are here

Search Nipponbare