Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2725-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2725-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 132

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1251589	A-G	Homo
SBS	Chr1	4177322	C-A	HET
SBS	Chr1	11756568	C-T	HET
SBS	Chr1	15572817	C-T	Homo
SBS	Chr1	17010469	A-G	Homo
SBS	Chr1	17135189	T-G	Homo
SBS	Chr1	33073022	C-T	HET
SBS	Chr1	33162737	C-G	HET
SBS	Chr1	33942994	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g58710
SBS	Chr1	34392738	C-T	HET
SBS	Chr1	40884064	C-T	HET
SBS	Chr2	7171336	A-G	Homo
SBS	Chr2	7502431	G-C	Homo
SBS	Chr2	23658613	A-T	Homo
SBS	Chr2	25670941	A-C	Homo
SBS	Chr2	33274863	C-T	HET
SBS	Chr3	2537993	G-A	HET
SBS	Chr3	8710033	C-T	Homo
SBS	Chr3	15080629	C-T	HET
SBS	Chr3	20556672	A-T	HET
SBS	Chr3	27409767	A-C	HET
SBS	Chr3	30974030	T-C	HET
SBS	Chr3	33399366	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g58640
SBS	Chr3	35587572	G-A	HET
SBS	Chr4	4896678	A-T	HET
SBS	Chr4	8985558	A-C	HET
SBS	Chr4	24486051	G-T	HET
SBS	Chr4	30138716	C-A	HET
SBS	Chr5	5064534	C-G	HET
SBS	Chr5	14260461	G-A	HET
SBS	Chr5	18225851	C-T	Homo
SBS	Chr5	19150799	T-C	HET
SBS	Chr6	4002638	G-A	HET
SBS	Chr6	9936920	G-T	HET
SBS	Chr6	15568844	A-T	HET
SBS	Chr6	15568845	T-A	HET
SBS	Chr6	17740750	C-T	HET
SBS	Chr6	20088079	C-A	HET
SBS	Chr7	7162950	T-C	HET
SBS	Chr7	18754915	G-A	Homo
SBS	Chr7	23496658	C-T	HET
SBS	Chr7	23571070	G-A	Homo
SBS	Chr7	26750819	A-G	Homo
SBS	Chr7	27956711	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g46780
SBS	Chr8	8503200	T-C	HET
SBS	Chr8	17128570	T-C	HET
SBS	Chr8	20892264	C-T	HET
SBS	Chr8	23436547	A-T	Homo
SBS	Chr9	1926523	G-A	HET
SBS	Chr9	1969887	C-T	HET
SBS	Chr9	5008652	C-A	HET
SBS	Chr9	17483253	T-C	Homo
SBS	Chr9	22374907	T-C	HET
SBS	Chr10	3322159	C-T	HET
SBS	Chr10	3328261	G-C	Homo
SBS	Chr10	6707478	A-G	Homo
SBS	Chr10	9049350	C-T	Homo
SBS	Chr10	10179376	A-G	Homo
SBS	Chr10	12051403	T-A	Homo
SBS	Chr10	20563734	C-A	Homo
SBS	Chr10	22054887	G-T	Homo
SBS	Chr11	2366329	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g05340
SBS	Chr11	14531401	G-T	HET
SBS	Chr11	17331039	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g29850
SBS	Chr11	23639822	C-T	HET
SBS	Chr12	3472955	C-T	HET
SBS	Chr12	6225119	G-A	HET
SBS	Chr12	12262962	G-C	HET
SBS	Chr12	22115824	C-T	HET
SBS	Chr1	11756568	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	15572817	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	17010469	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	17135189	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	33073022	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	33162737	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	34392738	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	40884064	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	7171336	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	7502431	G-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr2	15920171	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	23658613	A-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr2	25670941	A-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr2	33274863	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	2537993	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	8710033	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	15080629	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	20556672	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	26893589	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	27409767	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr3	30974030	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	8985558	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr4	13106144	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	22576125	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	23800692	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	24486051	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	30138716	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	34736713	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	14260461	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	18225851	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	28348596	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	448797	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	15568844	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	15568845	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	20088079	C-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr7	7162950	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	8544040	C-T	HET	SYNONYMOUS_STOP
SBS	Chr7	18754915	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	23571070	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	26750819	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	8503200	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	17128570	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr8	23436547	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	1969887	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	2715111	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4530675	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g08650
SBS	Chr9	15965745	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	17483253	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	22374907	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	3328261	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	6707478	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	9049350	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	10179376	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	12051403	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr10	16967570	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	20563734	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	22054887	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	14531401	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	23639822	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	6225119	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	12262962	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	18061438	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	22115824	C-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 41

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	368842	368843	1
Deletion	Chr7	972891	972892	1
Deletion	Chr12	1590810	1590816	6	2
Deletion	Chr5	2274830	2274831	1
Deletion	Chr10	2549515	2549519	4	2
Deletion	Chr2	2656475	2656478	3	2
Deletion	Chr10	3336041	3336054	13	2
Deletion	Chr2	3394477	3394482	5	2
Deletion	Chr3	4172910	4172911	1	2
Deletion	Chr4	4849085	4849156	71
Deletion	Chr7	5301251	5301270	19
Deletion	Chr8	6341654	6341733	79
Deletion	Chr9	7335141	7335239	98
Deletion	Chr2	8058748	8058749	1	2
Deletion	Chr2	8177575	8177576	1	2
Deletion	Chr3	8285370	8285371	1	LOC_Os03g15160
Deletion	Chr1	8481130	8481145	15	2
Deletion	Chr6	9711298	9711302	4
Deletion	Chr5	10198056	10198057	1
Deletion	Chr3	10393192	10393194	2	2
Deletion	Chr6	11800947	11800952	5
Deletion	Chr9	12679376	12679377	1	LOC_Os09g21020
Deletion	Chr10	13347357	13347359	2	2
Deletion	Chr7	13347508	13347509	1	LOC_Os07g23610
Deletion	Chr7	13690648	13690653	5
Deletion	Chr8	14916032	14916038	6	2
Deletion	Chr7	15493504	15493516	12	2
Deletion	Chr7	16137225	16137237	12
Deletion	Chr10	16950001	16991000	40999	5
Deletion	Chr10	16952001	16991000	38999	5
Deletion	Chr5	17263579	17263592	13	2
Deletion	Chr7	17405943	17405945	2	2
Deletion	Chr7	18694457	18694467	10
Deletion	Chr9	19936471	19936474	3	LOC_Os09g33750
Deletion	Chr11	20235107	20235108	1
Deletion	Chr2	25503357	25503369	12	2
Deletion	Chr6	27244662	27244664	2	2
Deletion	Chr3	27328619	27328620	1
Deletion	Chr11	28405922	28406014	92
Deletion	Chr4	30859493	30859495	2
Deletion	Chr1	40770942	40770943	1

Insertions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	9866617	9866618	2	2
Insertion	Chr8	25824153	25824154	2	2
Insertion	Chr2	30175401	30175403	3
Insertion	Chr11	14145230	14145230	1
Insertion	Chr1	9866617	9866618	2	2
Insertion	Chr8	25824153	25824154	2	2
Insertion	Chr1	158016	158016	1	LOC_Os01g01320
Insertion	Chr1	7065368	7065373	6
Insertion	Chr2	34434078	34434078	1
Insertion	Chr3	9570690	9570697	8
Insertion	Chr4	7706796	7706796	1
Insertion	Chr4	10182469	10182469	1
Insertion	Chr6	11098499	11098499	1
Insertion	Chr8	1697012	1697015	4
Insertion	Chr10	5883741	5883741	1
Insertion	Chr11	9987199	9987199	1
Insertion	Chr11	13254646	13254646	1
Insertion	Chr11	23155758	23155763	6
Insertion	Chr12	24906263	24906263	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	2981348	2981541

Translocations: 14

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2470738	Chr4	679517
Translocation	Chr10	6618984	Chr6	13457404	2
Translocation	Chr10	6928220	Chr8	19394181
Translocation	Chr10	9912215	Chr2	32908783	2
Translocation	Chr11	9960409	Chr8	22924000
Translocation	Chr7	10706080	Chr3	4570858	LOC_Os03g08834
Translocation	Chr11	12631453	Chr10	4408877
Translocation	Chr10	13030905	Chr9	18669036
Translocation	Chr10	13030909	Chr9	18668209	2
Translocation	Chr12	13936898	Chr4	16502356	LOC_Os12g24420
Translocation	Chr8	19194685	Chr7	9565473	2
Translocation	Chr8	19691030	Chr7	9266819
Translocation	Chr7	20402996	Chr6	29925132
Translocation	Chr7	25340100	Chr3	31170074

Main menu

You are here

Search Results