Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2729-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2729-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 115

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21632839	G-A	HET
SBS	Chr1	24636194	T-C	Homo
SBS	Chr1	24636194	T-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr1	28962461	C-T	Homo
SBS	Chr10	11323703	T-C	HET
SBS	Chr10	11323703	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	11551343	G-A	HET
SBS	Chr10	11551343	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	15077092	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g28930
SBS	Chr10	20949319	C-G	HET
SBS	Chr10	4712092	C-G	HET
SBS	Chr10	4712092	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr10	6161604	A-G	HET
SBS	Chr10	7470337	G-A	HET
SBS	Chr10	7470337	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	7485821	C-T	HET
SBS	Chr11	15677527	T-A	Homo
SBS	Chr11	15677527	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	19443309	C-T	HET
SBS	Chr11	25706488	T-A	HET
SBS	Chr11	25706488	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	6458726	T-C	HET
SBS	Chr11	969648	A-T	HET
SBS	Chr11	969648	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	9861882	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11356787	G-A	HET
SBS	Chr12	11356787	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr12	11488441	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19720
SBS	Chr12	17178116	G-A	HET
SBS	Chr12	8096864	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g14240
SBS	Chr12	8324054	G-A	HET
SBS	Chr12	9855012	T-A	HET
SBS	Chr2	10062556	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	14012277	G-T	HET
SBS	Chr2	14012277	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	16294762	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g27520
SBS	Chr2	3167463	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g06340
SBS	Chr2	32058510	T-A	HET
SBS	Chr3	11675304	A-C	Homo
SBS	Chr3	11675304	A-C	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	11675305	C-A	Homo
SBS	Chr3	11675305	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	19789352	G-T	HET
SBS	Chr3	25761735	C-T	Homo
SBS	Chr3	25761735	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	34027507	G-A	HET
SBS	Chr3	34027507	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	35288532	C-A	HET
SBS	Chr4	14547660	G-A	Homo
SBS	Chr4	15468028	C-T	HET
SBS	Chr4	19406370	C-T	HET
SBS	Chr4	19406370	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	22772961	C-A	HET
SBS	Chr4	22772961	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	23040975	T-G	HET
SBS	Chr4	23040975	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	25729965	A-T	HET
SBS	Chr4	25729965	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	29933990	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g50172
SBS	Chr4	29933991	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g50172
SBS	Chr5	10823678	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g18680
SBS	Chr5	26344327	A-C	HET
SBS	Chr5	26344327	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	3579783	C-T	Homo
SBS	Chr5	5317001	A-T	HET
SBS	Chr5	5317001	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6141914	T-A	HET
SBS	Chr5	6141914	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6141915	C-A	HET
SBS	Chr5	6141915	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9301646	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16400
SBS	Chr5	9989085	G-T	HET
SBS	Chr6	15044528	C-T	HET
SBS	Chr6	22386679	T-C	HET
SBS	Chr6	27733178	A-T	HET
SBS	Chr6	27733178	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	7782657	T-A	Homo
SBS	Chr6	7782657	T-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	16525832	T-C	Homo
SBS	Chr7	16525832	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	18921814	G-T	Homo
SBS	Chr7	18921814	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	19766393	C-T	Homo
SBS	Chr7	19766393	C-T	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	20321499	G-A	HET
SBS	Chr7	26122265	G-A	Homo
SBS	Chr7	26122265	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	7937477	T-A	HET
SBS	Chr7	7937477	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	7937478	G-A	HET
SBS	Chr7	7937478	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	7937479	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	7938125	C-A	HET
SBS	Chr7	7938125	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	7938126	T-A	HET
SBS	Chr7	7938126	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	11943277	G-A	HET
SBS	Chr8	11972147	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g19990
SBS	Chr8	17063860	G-T	HET
SBS	Chr8	17063860	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	17758474	C-T	HET
SBS	Chr9	20207254	G-A	Homo
SBS	Chr9	20207254	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	4076048	C-T	HET
SBS	Chr9	4214406	T-A	HET
SBS	Chr9	4214406	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	5175425	T-C	HET
SBS	Chr9	5175425	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	5640990	C-T	HET
SBS	Chr9	7068746	G-T	HET
SBS	Chr9	8371633	G-A	Homo
SBS	Chr9	8371633	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	8908129	C-T	HET
SBS	Chr9	9711270	T-C	Homo
SBS	Chr9	9711270	T-C	HOMO	INTRON

Deletions: 43

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	2760001	2947000	186999	50
Deletion	Chr10	2960001	2978000	17999	4
Deletion	Chr10	2961001	2978000	16999	3
Deletion	Chr10	2981001	3062000	80999	12
Deletion	Chr10	2982001	3059000	76999	11
Deletion	Chr6	4329483	4329581	98
Deletion	Chr6	5627001	5893000	265999	45
Deletion	Chr6	5631001	5882000	250999	43
Deletion	Chr1	5726034	5726036	2
Deletion	Chr9	5770956	5770966	10
Deletion	Chr6	5895001	5965000	69999	41
Deletion	Chr6	5970001	6109000	138999	17
Deletion	Chr7	6021662	6021673	11
Deletion	Chr10	6235035	6235047	12
Deletion	Chr8	7297314	7297315	1
Deletion	Chr8	7901863	7901867	4
Deletion	Chr9	8170450	8170455	5	2
Deletion	Chr11	9517333	9517339	6	2
Deletion	Chr1	10347968	10347970	2
Deletion	Chr9	11739692	11739696	4	2
Deletion	Chr6	12545870	12545871	1	LOC_Os06g21700
Deletion	Chr10	12635969	12635978	9	LOC_Os10g24620
Deletion	Chr3	12858226	12858231	5	2
Deletion	Chr2	13491001	13504000	12999	4
Deletion	Chr8	14189620	14189624	4	2
Deletion	Chr1	16975172	16975173	1
Deletion	Chr4	18468602	18468603	1
Deletion	Chr1	19679082	19679088	6
Deletion	Chr12	23417167	23417171	4	2
Deletion	Chr6	24395001	24395009	8
Deletion	Chr12	24816125	24816133	8	2
Deletion	Chr7	26123544	26123612	68
Deletion	Chr11	26982412	26982413	1
Deletion	Chr8	27625588	27625590	2
Deletion	Chr1	28209328	28209330	2
Deletion	Chr4	29349180	29349182	2	LOC_Os04g49220
Deletion	Chr1	34045001	34369000	323999	48
Deletion	Chr1	34053001	34338000	284999	44
Deletion	Chr1	34270916	34270917	1
Deletion	Chr1	34347001	34368000	20999	3
Deletion	Chr1	35296180	35296184	4
Deletion	Chr1	36765001	36780000	14999	4
Deletion	Chr1	37879178	37879179	1

Insertions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	10779952	10779961	10
Insertion	Chr1	14045450	14045457	8
Insertion	Chr1	36793288	36793297	10
Insertion	Chr12	20273415	20273416	2
Insertion	Chr3	21326837	21326837	1
Insertion	Chr3	28982499	28982500	2	2
Insertion	Chr3	28982499	28982500	2	2
Insertion	Chr4	11052243	11052244	2
Insertion	Chr4	16977819	16977822	4
Insertion	Chr4	22771401	22771412	12
Insertion	Chr5	1329961	1329961	1	LOC_Os05g03280
Insertion	Chr5	8256416	8256416	1
Insertion	Chr6	11000810	11000810	1
Insertion	Chr6	22472065	22472065	1
Insertion	Chr7	2572048	2572048	1
Insertion	Chr7	4427071	4427072	2
Insertion	Chr7	5731836	5731836	1
Insertion	Chr8	22509329	22509329	1
Insertion	Chr9	987222	987231	10

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	2761404	2762165	LOC_Os10g05560
Inversion	Chr10	2761648	2762158	LOC_Os10g05560
Inversion	Chr10	3058948	4031510
Inversion	Chr10	5522056	5522323	LOC_Os10g10110
Inversion	Chr6	6110601	6713679
Inversion	Chr1	32924190	32924346	LOC_Os01g56980

Translocations: 12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	604732	Chr4	3063060
Translocation	Chr11	6135697	Chr1	35969205
Translocation	Chr11	7846350	Chr6	16078486	2
Translocation	Chr5	7917874	Chr3	8412207	2
Translocation	Chr9	8226708	Chr2	11631204
Translocation	Chr12	19144011	Chr5	18325140
Translocation	Chr11	19748567	Chr6	5893166
Translocation	Chr6	22189392	Chr4	24563559
Translocation	Chr11	23368404	Chr5	13251372
Translocation	Chr11	25694182	Chr10	9261636
Translocation	Chr11	25694526	Chr10	4031488
Translocation	Chr3	31068314	Chr1	16252169

Main menu

You are here

Search Nipponbare