Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2734-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2734-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 102

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11278247	T-C	HET
SBS	Chr1	12650475	A-G	HET
SBS	Chr1	12650475	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	12847736	G-C	HET
SBS	Chr1	12847736	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	27080258	G-A	HET
SBS	Chr1	29891551	T-C	HET
SBS	Chr1	33383655	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g57730
SBS	Chr1	34557049	T-A	HET
SBS	Chr1	34557049	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	13069544	T-G	HET
SBS	Chr10	13069544	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	14064535	T-C	HET
SBS	Chr10	14064535	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4316221	C-T	Homo
SBS	Chr10	4316221	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	16552809	G-T	Homo
SBS	Chr11	16552809	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	19519050	G-A	HET
SBS	Chr11	20225561	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr11	21538320	A-C	HET
SBS	Chr11	7036789	A-G	HET
SBS	Chr11	7499353	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11849362	T-C	HET
SBS	Chr12	12676653	G-A	HET
SBS	Chr12	12676653	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	1662775	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	26234662	G-A	HET
SBS	Chr12	26234662	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7850533	A-T	HET
SBS	Chr12	7850533	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	15438177	T-C	Homo
SBS	Chr2	15438177	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	24718898	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g40784
SBS	Chr2	34560268	G-T	HET
SBS	Chr3	10813531	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	20304634	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g36620
SBS	Chr3	21858383	G-A	HET
SBS	Chr3	21858383	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	22374396	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g40260
SBS	Chr3	25188049	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	35246336	G-A	HET
SBS	Chr4	10948993	G-T	HET
SBS	Chr4	13449912	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	18062159	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g30260
SBS	Chr4	28285594	G-A	HET
SBS	Chr4	28285594	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	30832060	G-A	HET
SBS	Chr4	30832060	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	32554406	G-A	HET
SBS	Chr4	4223312	C-G	Homo
SBS	Chr4	4223312	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr4	5873710	G-A	HET
SBS	Chr4	6596744	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	13378398	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	14913443	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	16522341	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	28121687	C-A	HET
SBS	Chr5	29128123	G-T	HET
SBS	Chr5	29128123	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	3321820	A-G	HET
SBS	Chr5	3321820	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	5475800	G-T	HET
SBS	Chr5	5475800	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9570569	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16800
SBS	Chr6	13993736	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	15148376	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25900
SBS	Chr6	15952311	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	15952312	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	19651057	C-T	Homo
SBS	Chr6	19651057	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr6	21368305	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	26364361	A-G	HET
SBS	Chr6	3934057	A-C	HET
SBS	Chr6	6441187	T-C	HET
SBS	Chr6	6441187	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	9441417	G-A	HET
SBS	Chr7	16004526	C-T	HET
SBS	Chr7	16170063	G-A	HET
SBS	Chr7	16170063	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	29675824	T-A	HET
SBS	Chr7	29675824	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	15891074	A-G	HET
SBS	Chr8	15891074	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	26223202	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	27225894	T-C	Homo
SBS	Chr8	27225894	T-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	5744781	A-C	HET
SBS	Chr8	5744781	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	9297474	G-A	HET
SBS	Chr8	9297474	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	16784631	T-G	HET
SBS	Chr9	16784631	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	20872499	C-A	HET
SBS	Chr9	20872499	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	22288478	G-A	HET
SBS	Chr9	22288478	G-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr9	22769246	A-C	HET
SBS	Chr9	5133477	C-A	HET
SBS	Chr9	5133477	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	7815617	C-T	HET
SBS	Chr9	8340088	C-T	HET

Deletions: 26

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1109001	1118000	8999	3
Deletion	Chr8	2836067	2836069	2	2
Deletion	Chr7	3588259	3588266	7
Deletion	Chr5	4033493	4033494	1
Deletion	Chr6	5264937	5264944	7
Deletion	Chr8	5797183	5797193	10
Deletion	Chr8	6219807	6219818	11
Deletion	Chr2	8123742	8123744	2
Deletion	Chr1	8655345	8655348	3
Deletion	Chr8	9462497	9462500	3
Deletion	Chr2	9632208	9632209	1	2
Deletion	Chr10	10704213	10704227	14
Deletion	Chr6	13489359	13489360	1	2
Deletion	Chr11	13741899	13741910	11	2
Deletion	Chr5	13956082	13956084	2
Deletion	Chr9	16105212	16105214	2
Deletion	Chr12	17837982	17837983	1	2
Deletion	Chr4	18441001	18452000	10999	2
Deletion	Chr7	19013135	19013149	14	2
Deletion	Chr11	24749001	24918000	168999	26
Deletion	Chr1	25149949	25149961	12	2
Deletion	Chr6	27473390	27473402	12	2
Deletion	Chr1	28494930	28494931	1
Deletion	Chr4	30357264	30357265	1
Deletion	Chr2	31839282	31839290	8	2
Deletion	Chr3	35110125	35110126	1	2

Insertions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	9700559	9700570	12
Insertion	Chr11	20261136	20261137	2
Insertion	Chr12	14933085	14933092	8
Insertion	Chr12	17203645	17203645	1
Insertion	Chr2	17051534	17051535	2
Insertion	Chr3	11487828	11487829	2	2
Insertion	Chr3	11487828	11487830	3	2
Insertion	Chr3	25195675	25195680	6
Insertion	Chr3	5028182	5028182	1
Insertion	Chr3	9915432	9915434	3
Insertion	Chr4	7725022	7725022	1
Insertion	Chr8	17879250	17879255	6
Insertion	Chr8	25381036	25381039	4

No Inversion

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	769700	Chr3	11386148
Translocation	Chr6	1634534	Chr4	35463349
Translocation	Chr8	5173800	Chr6	7992798	LOC_Os08g08890
Translocation	Chr12	5447383	Chr8	27631863	LOC_Os12g10310
Translocation	Chr4	7859118	Chr2	21394561
Translocation	Chr12	9694988	Chr3	21846276
Translocation	Chr4	9968328	Chr3	19375458	LOC_Os04g18040
Translocation	Chr6	19430213	Chr1	18784262	LOC_Os06g33350
Translocation	Chr11	23017128	Chr7	26765241

Main menu

You are here

Search Nipponbare