Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11136321	G-A	Homo
SBS	Chr1	12513187	G-A	Homo
SBS	Chr1	21428496	C-G	Homo
SBS	Chr1	3387815	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g07170
SBS	Chr1	3655391	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g07600
SBS	Chr1	7058170	T-C	Homo
SBS	Chr10	18688413	C-T	HET
SBS	Chr10	429390	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g01640
SBS	Chr10	7659040	A-G	HET
SBS	Chr10	8012848	G-T	HET
SBS	Chr11	16664026	T-A	HET
SBS	Chr12	8865103	T-C	HET
SBS	Chr2	2781100	C-A	HET
SBS	Chr2	30113694	T-A	HET
SBS	Chr2	30853872	G-A	Homo
SBS	Chr2	32757077	G-T	HET	START_LOST	LOC_Os02g53540
SBS	Chr3	10496340	G-A	Homo
SBS	Chr3	13677802	A-G	HET
SBS	Chr3	20337852	G-C	HET
SBS	Chr3	23869812	A-G	Homo
SBS	Chr3	30461467	C-T	HET
SBS	Chr3	32851337	C-T	HET
SBS	Chr4	7132589	G-A	Homo
SBS	Chr5	12892319	T-C	HET
SBS	Chr5	14505877	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g25060
SBS	Chr5	15305393	G-A	HET
SBS	Chr5	16948751	A-G	HET
SBS	Chr5	19085821	G-A	HET
SBS	Chr5	21428703	G-C	HET
SBS	Chr5	27945184	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g48760
SBS	Chr6	12611143	C-T	HET
SBS	Chr6	22050073	G-A	HET
SBS	Chr6	22180151	A-C	HET
SBS	Chr6	23738007	G-A	HET
SBS	Chr6	24827457	G-A	HET
SBS	Chr6	25471092	T-C	HET
SBS	Chr6	28304037	G-A	Homo
SBS	Chr6	28889392	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g47740
SBS	Chr6	30515041	G-T	HET
SBS	Chr6	7797539	G-C	Homo
SBS	Chr7	17565960	T-A	HET
SBS	Chr7	18207560	A-G	HET
SBS	Chr7	19048018	C-T	HET
SBS	Chr7	20944151	C-A	HET
SBS	Chr7	21966267	G-C	HET
SBS	Chr8	20719717	G-A	HET
SBS	Chr8	22745631	C-T	HET
SBS	Chr8	25830913	G-A	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os08g40830
SBS	Chr8	25830914	T-A	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os08g40830
SBS	Chr9	11669730	C-A	HET
SBS	Chr9	16562549	C-G	HET
SBS	Chr9	17464090	A-G	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	4311001	4613000	301999	50
Deletion	Chr5	4316445	4316455	10
Deletion	Chr10	4621001	4823000	201999	36
Deletion	Chr1	5201517	5201532	15
Deletion	Chr1	8570666	8570672	6
Deletion	Chr3	13710449	13710452	3
Deletion	Chr11	21256157	21256158	1
Deletion	Chr1	24192724	24192726	2	LOC_Os01g42540
Deletion	Chr5	25315001	25353000	37999	8
Deletion	Chr1	30354367	30354375	8
Deletion	Chr3	31951909	31951910	1
Deletion	Chr1	38230734	38230737	3

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	13703828	13703828	1
Insertion	Chr4	2356291	2356291	1
Insertion	Chr4	4336587	4336588	2
Insertion	Chr6	25246934	25246935	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	3475208	3475318	LOC_Os05g06690
Inversion	Chr11	17595875	17645563
Inversion	Chr11	17595881	17645573
Inversion	Chr11	18698192	18796151	LOC_Os11g31820
Inversion	Chr11	18698193	18749708	LOC_Os11g31820
Inversion	Chr11	19537166	19537531

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	10943418	Chr3	1961150
Translocation	Chr6	12694392	Chr5	25335561	2
Translocation	Chr6	12694483	Chr5	14620872	2
Translocation	Chr11	15806560	Chr8	26093132
Translocation	Chr11	15806562	Chr8	26093368
Translocation	Chr12	16959287	Chr8	6751598
Translocation	Chr12	21541414	Chr11	1259269
Translocation	Chr6	23934879	Chr3	26596427
Translocation	Chr6	28031558	Chr5	4772455
Translocation	Chr6	28031584	Chr5	4767648

Main menu