Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12418615	C-T	HET
SBS	Chr1	12691369	T-C	HET
SBS	Chr1	17747619	T-C	HET
SBS	Chr1	3863237	C-G	Homo
SBS	Chr1	43153040	G-T	HET
SBS	Chr1	6854618	C-G	HET
SBS	Chr1	7326150	A-T	HET
SBS	Chr10	18616433	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g34884
SBS	Chr10	19003396	T-G	Homo
SBS	Chr10	260200	G-C	HET
SBS	Chr10	4885379	C-A	Homo
SBS	Chr11	11719665	G-A	HET
SBS	Chr11	18840625	A-G	HET
SBS	Chr11	25624131	G-T	HET
SBS	Chr11	3967718	C-T	HET
SBS	Chr11	604806	A-T	HET
SBS	Chr12	8140034	T-C	HET
SBS	Chr2	429782	T-C	HET
SBS	Chr2	7540116	G-A	HET
SBS	Chr3	23162199	C-T	Homo
SBS	Chr3	28825708	G-T	HET
SBS	Chr3	35098056	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g61910
SBS	Chr3	35439009	G-C	HET
SBS	Chr4	10953614	T-A	HET
SBS	Chr4	15307503	C-T	HET
SBS	Chr4	24206175	G-A	HET
SBS	Chr4	31313403	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g52630
SBS	Chr4	4417008	A-T	HET
SBS	Chr4	4417009	A-T	HET
SBS	Chr5	14051770	G-A	HET
SBS	Chr5	25526477	T-G	HET
SBS	Chr5	8992089	C-G	HET
SBS	Chr6	27666466	G-T	Homo
SBS	Chr7	14787363	G-C	HET
SBS	Chr7	162697	G-A	HET
SBS	Chr7	162698	A-T	HET
SBS	Chr7	162700	G-T	HET
SBS	Chr7	4997465	G-A	HET
SBS	Chr7	5495329	C-A	HET
SBS	Chr8	19326360	T-A	HET
SBS	Chr8	27096432	C-T	HET
SBS	Chr8	3216256	G-A	HET
SBS	Chr9	15453427	A-G	HET
SBS	Chr9	9735843	G-A	Homo

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	297001	386000	88999	17
Deletion	Chr7	394001	526000	131999	23
Deletion	Chr9	4817289	4817293	4
Deletion	Chr4	8844726	8844744	18
Deletion	Chr4	9557001	9583000	25999	4
Deletion	Chr4	9587001	9598000	10999	3
Deletion	Chr9	10297010	10297019	9	LOC_Os09g16860
Deletion	Chr5	11479466	11479469	3
Deletion	Chr9	14882001	14892000	9999	LOC_Os09g24924
Deletion	Chr11	16955672	16955682	10
Deletion	Chr8	19530126	19530129	3
Deletion	Chr11	20227323	20228175	852
Deletion	Chr8	20786376	20786386	10
Deletion	Chr12	24966314	24966319	5	LOC_Os12g40320
Deletion	Chr4	25266320	25266321	1
Deletion	Chr6	25428434	25428453	19
Deletion	Chr12	25588001	25596000	7999	LOC_Os12g41270
Deletion	Chr8	26980866	26980873	7

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	16892124	16892124	1
Insertion	Chr10	4529057	4529078	22
Insertion	Chr6	15437108	15437109	2
Insertion	Chr6	16138998	16138999	2
Insertion	Chr8	17963032	17963032	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr9	241557	251180
Inversion	Chr12	3132054	3132817
Inversion	Chr4	13910489	13911404
Inversion	Chr4	20762981	20763973

Translocations: 21

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	705151	Chr2	18649007
Translocation	Chr5	4824539	Chr1	40950870
Translocation	Chr10	5129012	Chr3	13364863	2
Translocation	Chr4	5672338	Chr2	11399302	LOC_Os04g10434
Translocation	Chr7	8261483	Chr3	18185027
Translocation	Chr9	9727218	Chr3	19443641
Translocation	Chr12	10104644	Chr4	2691997	2
Translocation	Chr12	11832375	Chr3	15245854	2
Translocation	Chr11	13511438	Chr3	10048458
Translocation	Chr9	14795702	Chr7	5461185
Translocation	Chr5	14982817	Chr3	18989003	2
Translocation	Chr4	16774071	Chr1	31955385
Translocation	Chr12	18515002	Chr10	14497223	LOC_Os12g30824
Translocation	Chr4	19183823	Chr1	24632606
Translocation	Chr11	22168661	Chr8	16178857	2
Translocation	Chr11	23833091	Chr1	41115482
Translocation	Chr11	25330902	Chr1	18683346
Translocation	Chr8	26143643	Chr6	18086542	2
Translocation	Chr8	26144941	Chr6	18086540	2
Translocation	Chr8	28275837	Chr7	526193	2
Translocation	Chr8	28288248	Chr7	525865	LOC_Os08g45050

Main menu