Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2749-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2749-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Phenotype	TO:0000014 (Panicle Weight) = Normal (Between 75% and 125%) TO:0000207 (Plant height) = Normal (Between 75% and 125%) TO:0000445 (Seed Number) = Normal (Between 75% and 125%) TO:0000639 (Seed fertility) = Normal (Between 75% and 125%) For more information, please see this phenotype file
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 55

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	24292437	C-T	Homo
SBS	Chr1	37539717	G-A	HET
SBS	Chr10	12417776	C-T	HET
SBS	Chr10	21456170	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g40060
SBS	Chr10	22830732	T-C	HET
SBS	Chr10	6727770	G-A	HET
SBS	Chr10	6790383	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g12174
SBS	Chr10	7125298	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g12760
SBS	Chr10	9694365	G-A	HET
SBS	Chr11	1522543	C-T	HET
SBS	Chr11	19953774	C-A	HET
SBS	Chr11	20783228	T-A	Homo
SBS	Chr11	24298717	T-A	HET
SBS	Chr11	4427695	T-G	HET
SBS	Chr11	9382366	C-A	HET
SBS	Chr12	13307186	T-C	HET
SBS	Chr12	19959223	C-G	HET
SBS	Chr12	21898	C-T	HET
SBS	Chr12	4848630	G-A	HET
SBS	Chr2	1334260	G-A	HET
SBS	Chr2	1849852	A-T	Homo
SBS	Chr2	23796244	C-T	Homo
SBS	Chr2	27517627	G-C	HET
SBS	Chr2	5990261	C-A	HET
SBS	Chr3	16236892	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g28204
SBS	Chr3	31164605	G-A	HET
SBS	Chr3	32943286	G-T	HET
SBS	Chr3	4743070	C-A	Homo
SBS	Chr4	13888214	G-A	HET
SBS	Chr4	15431933	C-A	HET
SBS	Chr4	18283833	A-C	Homo
SBS	Chr4	27441010	G-T	HET
SBS	Chr4	28222363	A-G	HET
SBS	Chr4	34520291	A-T	HET
SBS	Chr4	4104665	C-T	Homo
SBS	Chr4	6738485	G-T	HET
SBS	Chr4	9438294	G-T	HET
SBS	Chr5	14444677	A-T	Homo
SBS	Chr5	15984961	G-T	Homo
SBS	Chr5	18122488	T-C	HET
SBS	Chr5	20860796	C-T	HET
SBS	Chr5	8555260	G-A	HET
SBS	Chr6	17253975	C-G	HET
SBS	Chr6	17819640	C-A	HET
SBS	Chr7	9465809	A-G	HET
SBS	Chr7	9465810	G-A	HET
SBS	Chr8	12128455	A-C	HET
SBS	Chr8	12128456	G-T	HET
SBS	Chr8	19846753	T-C	Homo
SBS	Chr8	8359394	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g13950
SBS	Chr8	8772992	G-A	HET
SBS	Chr9	13551491	C-A	HET
SBS	Chr9	19051274	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g31950
SBS	Chr9	19350610	A-G	HET
SBS	Chr9	2119509	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g04090

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	8852985	8852986	1
Deletion	Chr11	16553159	16553160	1
Deletion	Chr4	20234533	20234535	2	LOC_Os04g33410
Deletion	Chr2	21085982	21085994	12
Deletion	Chr3	25659549	25659553	4
Deletion	Chr3	27595606	27595610	4
Deletion	Chr3	27909633	27909654	21	LOC_Os03g49000

Insertions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	2919716	2919716	1
Insertion	Chr1	29577487	29577488	2
Insertion	Chr1	8612246	8612247	2
Insertion	Chr4	4268572	4268572	1
Insertion	Chr4	9327943	9327943	1	LOC_Os04g17030
Insertion	Chr6	17092357	17092357	1
Insertion	Chr7	1416569	1416570	2
Insertion	Chr8	17910649	17910666	18
Insertion	Chr8	23317908	23317908	1
Insertion	Chr9	8299252	8299252	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	7026346	7150445
Inversion	Chr7	7026349	7150456

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	7073666	Chr7	17406846	2
Translocation	Chr10	15776444	Chr2	397595	2
Translocation	Chr3	16448154	Chr1	25435244
Translocation	Chr5	24570204	Chr4	25131128	2
Translocation	Chr4	25131566	Chr3	23200686	LOC_Os04g42470
Translocation	Chr11	28407988	Chr2	13043311	LOC_Os11g47240

Main menu