Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15242772	G-T	HET
SBS	Chr1	20770082	G-T	Homo
SBS	Chr1	24092928	A-G	HET
SBS	Chr1	30190846	G-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os01g52550
SBS	Chr1	32724523	T-G	HET
SBS	Chr1	36034607	G-A	HET
SBS	Chr1	36175115	C-T	HET
SBS	Chr1	7344686	T-C	Homo
SBS	Chr10	12183496	G-A	HET
SBS	Chr10	1808541	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g03970
SBS	Chr10	6465425	G-A	HET
SBS	Chr10	8514752	A-G	HET
SBS	Chr11	14336747	G-A	HET
SBS	Chr11	25350606	T-C	HET
SBS	Chr11	5992708	C-A	HET
SBS	Chr11	7361926	G-A	HET
SBS	Chr12	304056	T-A	HET
SBS	Chr2	13988895	T-C	HET
SBS	Chr2	2158824	G-A	HET
SBS	Chr2	26996199	G-C	HET
SBS	Chr2	7582994	G-A	HET
SBS	Chr3	1020105	T-C	HET
SBS	Chr3	14775108	C-T	HET
SBS	Chr3	21906487	C-A	HET
SBS	Chr3	9444212	G-T	HET
SBS	Chr4	10578278	G-T	HET
SBS	Chr4	16271044	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g27520
SBS	Chr4	16799161	G-A	HET
SBS	Chr4	212914	C-T	HET
SBS	Chr4	22548530	T-A	Homo
SBS	Chr4	3002231	G-C	HET
SBS	Chr4	4680747	T-G	HET
SBS	Chr4	5814939	A-T	HET
SBS	Chr4	5901268	G-A	HET
SBS	Chr4	6084861	C-T	HET
SBS	Chr4	8934072	G-A	HET
SBS	Chr5	10619473	C-T	HET
SBS	Chr5	27146518	C-T	HET
SBS	Chr5	4437327	G-A	HET
SBS	Chr5	9129215	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g16140
SBS	Chr5	9841537	C-T	HET
SBS	Chr6	12513296	A-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g21670
SBS	Chr7	19633562	G-A	HET
SBS	Chr8	12887701	A-G	Homo
SBS	Chr8	15693060	G-A	Homo
SBS	Chr8	2520760	G-A	HET
SBS	Chr8	326978	T-C	HET
SBS	Chr9	13417503	C-T	HET
SBS	Chr9	4670691	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g08850
SBS	Chr9	5756671	T-A	HET
SBS	Chr9	6951552	A-T	Homo
SBS	Chr9	7426853	G-A	HET
SBS	Chr9	783229	G-A	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1519707	1519708	1
Deletion	Chr9	2336001	2433000	96999	15
Deletion	Chr5	6658584	6658587	3
Deletion	Chr5	7062692	7062697	5	LOC_Os05g12300
Deletion	Chr11	9286914	9286920	6
Deletion	Chr9	13341957	13341961	4	LOC_Os09g22030
Deletion	Chr1	14065432	14065437	5
Deletion	Chr9	14815504	14815505	1
Deletion	Chr1	17845252	17845253	1
Deletion	Chr5	19237962	19237963	1	LOC_Os05g32850
Deletion	Chr8	19464426	19464434	8
Deletion	Chr4	19483655	19483665	10
Deletion	Chr4	21774635	21774636	1
Deletion	Chr12	25760223	25760235	12
Deletion	Chr2	33279670	33279676	6	LOC_Os02g54280

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	33250362	33250363	2
Insertion	Chr4	26976581	26976582	2
Insertion	Chr9	6319420	6319421	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	1774753	2336070
Inversion	Chr9	1775294	2433460

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2239005	Chr1	2819544
Translocation	Chr11	14431665	Chr4	13241674

Main menu