Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2780-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2780-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 71

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	7008018	G-A	HET
SBS	Chr1	8470263	G-A	HET
SBS	Chr1	19928700	G-A	HET
SBS	Chr1	25415968	A-G	Homo
SBS	Chr1	34290017	T-C	Homo
SBS	Chr1	36740767	G-A	HET
SBS	Chr2	8757855	A-G	HET
SBS	Chr2	13058467	G-A	HET
SBS	Chr2	15071134	C-G	HET
SBS	Chr2	16081442	T-C	HET
SBS	Chr2	21307827	C-A	HET
SBS	Chr2	23505711	A-G	HET
SBS	Chr3	2346431	A-T	HET
SBS	Chr3	2566882	A-G	HET
SBS	Chr3	3825176	C-T	HET
SBS	Chr3	19201822	C-T	HET
SBS	Chr3	28376025	T-C	HET
SBS	Chr3	28489155	C-T	HET
SBS	Chr3	31186005	A-C	HET
SBS	Chr3	32518008	C-T	HET
SBS	Chr4	26752061	C-T	Homo
SBS	Chr4	33886357	C-T	Homo
SBS	Chr5	14436459	T-C	HET
SBS	Chr5	21164600	C-T	HET
SBS	Chr5	27093108	G-A	HET
SBS	Chr6	4214318	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g08530
SBS	Chr6	4305915	G-T	HET
SBS	Chr6	4741712	C-A	HET
SBS	Chr6	4741713	G-T	HET
SBS	Chr6	9510510	G-T	HET
SBS	Chr6	26987960	C-T	HET
SBS	Chr7	10397010	G-T	HET
SBS	Chr7	10462746	G-A	HET
SBS	Chr7	14800895	C-T	HET
SBS	Chr7	19934021	C-T	HET
SBS	Chr7	20369485	C-A	HET
SBS	Chr7	27018725	C-A	HET
SBS	Chr8	10627985	T-C	HET
SBS	Chr8	13926643	A-T	HET
SBS	Chr8	15173753	G-A	HET
SBS	Chr8	17833616	T-A	Homo
SBS	Chr8	21748158	C-T	HET
SBS	Chr8	27426575	A-T	HET
SBS	Chr9	8972098	C-T	HET
SBS	Chr9	21950254	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g38100
SBS	Chr9	21950255	C-T	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os09g38100
SBS	Chr10	6895728	G-A	HET
SBS	Chr10	6895729	T-G	HET
SBS	Chr10	6903567	T-A	HET
SBS	Chr10	7716993	A-T	HET
SBS	Chr10	7915984	C-T	HET
SBS	Chr10	9479335	C-T	HET
SBS	Chr10	11474082	C-G	HET
SBS	Chr10	20613565	C-T	HET
SBS	Chr10	21135259	C-T	HET
SBS	Chr11	1837676	C-T	HET
SBS	Chr11	8739896	C-T	HET
SBS	Chr11	9964029	G-A	HET
SBS	Chr11	9964030	G-A	HET
SBS	Chr11	15482665	G-A	HET
SBS	Chr11	15786506	T-C	HET
SBS	Chr11	18807208	G-T	HET
SBS	Chr11	20534696	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g35050
SBS	Chr11	27256406	A-G	HET
SBS	Chr12	4803142	A-G	Homo
SBS	Chr12	5004699	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g09530
SBS	Chr12	5010864	G-A	Homo
SBS	Chr12	12148017	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g21610
SBS	Chr12	18923567	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g31470
SBS	Chr12	27223872	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g43850
SBS	Chr12	27223969	T-G	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g43850

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	4866322	4866323	1	LOC_Os09g09100
Deletion	Chr12	4945063	4945067	4
Deletion	Chr12	5004621	5004634	13	LOC_Os12g09530
Deletion	Chr10	6321143	6321149	6	LOC_Os10g11400
Deletion	Chr10	7263001	7381000	117999	18
Deletion	Chr11	8891617	8891618	1	LOC_Os11g15690
Deletion	Chr7	8968083	8968100	17	LOC_Os07g15460
Deletion	Chr11	9739365	9739371	6
Deletion	Chr5	11970393	11970394	1	LOC_Os05g20400
Deletion	Chr2	16303287	16303289	2
Deletion	Chr11	16461811	16461813	2
Deletion	Chr5	18628221	18628223	2
Deletion	Chr7	18856993	18857006	13
Deletion	Chr2	23690461	23690463	2
Deletion	Chr7	27080697	27080698	1	LOC_Os07g45400

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	32557505	32557506	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	6437058	7381018	2
Inversion	Chr10	6447814	6525006	2
Inversion	Chr10	6713728	7030794	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3699304	Chr4	9565765
Translocation	Chr7	5663836	Chr5	12664410	2
Translocation	Chr7	5664530	Chr5	12664399	2
Translocation	Chr10	6521819	Chr6	25806092	2
Translocation	Chr10	6524991	Chr6	25806193	2

Main menu

You are here

Search Results