Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2781-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2781-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 77

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10836186	G-A	HET
SBS	Chr1	11991041	G-T	HET
SBS	Chr1	13097391	G-A	HET
SBS	Chr1	18313692	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g33250
SBS	Chr1	18355731	G-A	HET
SBS	Chr1	22206144	G-A	Homo
SBS	Chr1	22206145	C-A	Homo
SBS	Chr1	24297818	G-A	HET
SBS	Chr1	27213181	T-C	HET
SBS	Chr1	27213185	G-A	HET
SBS	Chr1	27687661	G-T	Homo
SBS	Chr1	35769529	A-T	HET
SBS	Chr1	35769530	A-T	HET
SBS	Chr1	3654108	T-C	Homo
SBS	Chr10	12171661	C-T	HET
SBS	Chr10	15876262	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g30530
SBS	Chr10	15876264	C-T	HET
SBS	Chr10	21518305	G-C	HET
SBS	Chr10	296661	A-T	HET
SBS	Chr10	3441925	C-T	HET
SBS	Chr10	647647	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g02030
SBS	Chr11	1471704	T-C	HET
SBS	Chr11	19307765	A-G	Homo
SBS	Chr11	19330822	C-T	HET
SBS	Chr11	19603891	G-A	HET
SBS	Chr11	23896656	A-T	HET
SBS	Chr11	27682494	G-A	HET
SBS	Chr12	1617182	G-C	HET
SBS	Chr12	22592485	G-A	HET
SBS	Chr2	11644451	C-A	HET
SBS	Chr2	13004294	G-C	HET
SBS	Chr2	17060839	C-A	HET
SBS	Chr2	1948097	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g04420
SBS	Chr2	1948098	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g04420
SBS	Chr2	1948102	G-A	HET
SBS	Chr2	2481741	T-G	HET
SBS	Chr2	31284625	C-T	HET
SBS	Chr2	31359046	C-T	HET
SBS	Chr3	15523904	C-T	Homo
SBS	Chr3	3099465	A-T	Homo
SBS	Chr3	3099467	A-T	Homo
SBS	Chr3	3099469	C-G	Homo
SBS	Chr3	31241921	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g54960
SBS	Chr3	5090404	G-A	Homo
SBS	Chr3	7563654	G-A	Homo
SBS	Chr4	15903436	T-G	HET
SBS	Chr4	18840180	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g31510
SBS	Chr4	20277944	C-A	HET
SBS	Chr4	2412520	G-A	HET
SBS	Chr4	24468499	C-T	HET
SBS	Chr4	30391443	G-T	HET
SBS	Chr4	31690447	T-A	HET
SBS	Chr4	3865011	C-A	HET
SBS	Chr4	8019300	C-A	HET
SBS	Chr5	13565242	A-C	Homo
SBS	Chr5	567094	T-A	HET
SBS	Chr5	567095	G-A	HET
SBS	Chr6	10568393	G-A	HET
SBS	Chr6	19518495	G-A	Homo
SBS	Chr6	20203526	G-A	HET
SBS	Chr6	26767404	T-A	Homo
SBS	Chr7	12108402	C-A	HET
SBS	Chr7	12516782	G-A	HET
SBS	Chr7	17710919	G-T	HET
SBS	Chr7	6077022	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g11030
SBS	Chr7	9497139	C-A	HET
SBS	Chr8	3744851	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g06640
SBS	Chr8	5533356	C-T	HET
SBS	Chr9	10094933	C-T	HET
SBS	Chr9	10245726	A-T	HET
SBS	Chr9	14956831	C-T	HET
SBS	Chr9	15441555	G-A	HET
SBS	Chr9	15728607	T-C	HET
SBS	Chr9	17924429	A-C	HET
SBS	Chr9	22689733	C-T	HET
SBS	Chr9	4882231	G-A	HET
SBS	Chr9	8796915	A-G	HET

Deletions: 28

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	448497	448515	18
Deletion	Chr8	1018493	1018511	18
Deletion	Chr8	2618543	2618547	4
Deletion	Chr3	2651551	2651555	4
Deletion	Chr3	2660065	2660073	8
Deletion	Chr8	3686664	3686680	16	LOC_Os08g06510
Deletion	Chr1	3741748	3741751	3
Deletion	Chr5	5032669	5032675	6
Deletion	Chr9	5281311	5281313	2
Deletion	Chr12	6920294	6920315	21
Deletion	Chr2	6926001	6960000	33999	2
Deletion	Chr3	8198649	8198652	3	LOC_Os03g15020
Deletion	Chr10	10177001	10189000	11999	2
Deletion	Chr2	10879663	10879669	6
Deletion	Chr2	11866050	11866062	12
Deletion	Chr1	15150457	15150458	1
Deletion	Chr4	16801537	16801538	1
Deletion	Chr10	17095616	17095626	10	LOC_Os10g32640
Deletion	Chr11	17403435	17403452	17	LOC_Os11g29945
Deletion	Chr10	18011496	18011515	19
Deletion	Chr4	18175694	18175695	1
Deletion	Chr11	19599648	19599652	4
Deletion	Chr3	19951681	19951682	1	LOC_Os03g35970
Deletion	Chr5	20080460	20080474	14
Deletion	Chr5	20105523	20105529	6
Deletion	Chr2	20112780	20112781	1
Deletion	Chr3	30098407	30098408	1
Deletion	Chr2	32724924	32724926	2

No Insertion

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	1344416	1446167
Inversion	Chr11	24631004	25164189	LOC_Os11g41110
Inversion	Chr11	24631045	25164229	LOC_Os11g41110
Inversion	Chr2	30392248	30529266	2
Inversion	Chr2	30392252	30529265	2

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	1344407	Chr4	30345387
Translocation	Chr8	1361488	Chr2	2418050
Translocation	Chr9	4916918	Chr2	11824568
Translocation	Chr10	10189304	Chr4	14595105
Translocation	Chr10	12452443	Chr7	27239357	2
Translocation	Chr8	14086287	Chr5	5212205	2
Translocation	Chr12	18686678	Chr5	13636098
Translocation	Chr7	27769966	Chr1	29676763

Main menu

You are here

Search Nipponbare