Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN3189-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3189-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	2979536	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	2979537	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	9205803	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	34116879	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36174770	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36174772	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10716617	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g18410
SBS	Chr2	11929320	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g20260
SBS	Chr2	17388022	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	25235836	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	25236969	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr2	26868785	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr3	9119815	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	11563539	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	1407453	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6115387	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	7013653	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	10735771	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g19290
SBS	Chr4	17264077	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	18720358	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	20854182	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g34440
SBS	Chr4	33021712	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	35416362	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os04g59540
SBS	Chr5	22821569	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr5	25274872	G-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr6	6166128	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7796111	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g14020
SBS	Chr6	11965492	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	19720883	G-A	HET	SPLICE_SITE_REGION
SBS	Chr7	3202351	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	5755553	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	7508983	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	14459662	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	14952552	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	26357669	T-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr8	1299262	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	9916059	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	12349758	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	5578828	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g10240
SBS	Chr9	6149788	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15389468	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	15393609	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	1902673	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	6068488	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	7431213	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr10	12547619	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	15317609	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g29490

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	2650176	2650342	166
Deletion	Chr5	7284220	7284222	2	LOC_Os05g12680
Deletion	Chr6	7574936	7574943	7
Deletion	Chr2	7831460	7831461	1
Deletion	Chr8	7903182	7903215	33
Deletion	Chr4	9825672	9825673	1
Deletion	Chr5	9893210	9893211	1
Deletion	Chr7	9953194	9953195	1
Deletion	Chr7	10071021	10071030	9	LOC_Os07g17140
Deletion	Chr8	11254001	11371000	116999	22
Deletion	Chr8	17056951	17056952	1	LOC_Os08g27990
Deletion	Chr9	17819066	17819072	6
Deletion	Chr12	18408539	18408541	2
Deletion	Chr6	18792766	18792767	1	LOC_Os06g32280
Deletion	Chr4	23642474	23642483	9	LOC_Os04g39680
Deletion	Chr2	25212454	25212455	1
Deletion	Chr1	30337256	30337261	5
Deletion	Chr3	31639821	31639822	1

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	32366711	32366712	2
Insertion	Chr6	575232	575233	2
Insertion	Chr4	5224277	5224306	30
Insertion	Chr4	5413691	5413692	2
Insertion	Chr4	31708405	31708427	23
Insertion	Chr5	1329961	1329961	1	LOC_Os05g03280
Insertion	Chr5	8994340	8994341	2
Insertion	Chr7	1340872	1340872	1
Insertion	Chr8	8606012	8606012	1
Insertion	Chr8	12039186	12039187	2
Insertion	Chr11	21112606	21112659	54
Insertion	Chr11	25644115	25644186	72

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	16470778	16842047
Inversion	Chr2	16843860	17016145

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	3952271	Chr1	2817593
Translocation	Chr10	15776444	Chr2	397595	LOC_Os02g01720
Translocation	Chr10	17232278	Chr1	7861537
Translocation	Chr11	18646936	Chr2	19206812
Translocation	Chr6	23042479	Chr3	3707180	LOC_Os03g07270

Main menu

You are here

Search Results