Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3203-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3203-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 45

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15212957	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	24157287	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g42490
SBS	Chr1	30910179	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr1	33383629	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	33576953	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	37685267	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	41704211	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	7630168	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	12117775	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	16199476	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	16199477	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	20074557	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	3148038	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11005101	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	1923839	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr12	9263450	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	9558605	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	17658172	T-C	HET	START_LOST	LOC_Os02g29660
SBS	Chr2	1896192	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g04300
SBS	Chr2	19465495	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	32622693	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	13347755	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	17860119	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	24258986	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16493128	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16493129	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	29390279	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	15988731	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr5	21538618	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	15366680	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	16260053	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	19917431	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	2582202	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	29542023	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	16314652	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr7	9667410	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	1608019	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g03430
SBS	Chr8	1791463	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	3659229	G-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr9	15104153	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	15328018	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	1778634	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21977974	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	3234114	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	6539380	G-A	HET	INTRON

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	2366162	2366163	1
Deletion	Chr8	3947523	3947524	1
Deletion	Chr4	4187104	4187108	4
Deletion	Chr6	6344263	6344264	1
Deletion	Chr8	6721897	6721909	12
Deletion	Chr10	10684285	10684289	4
Deletion	Chr10	13730354	13730360	6	LOC_Os10g26420
Deletion	Chr4	14408897	14408898	1
Deletion	Chr5	15928692	15928711	19
Deletion	Chr6	20495097	20495104	7
Deletion	Chr7	21966488	21966489	1
Deletion	Chr5	21989314	21989315	1	LOC_Os05g37580
Deletion	Chr6	22461536	22461541	5
Deletion	Chr2	26782167	26782177	10
Deletion	Chr1	26991086	26991088	2
Deletion	Chr11	28210823	28210825	2
Deletion	Chr5	29396274	29396283	9	LOC_Os05g51250
Deletion	Chr3	30778904	30778905	1

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	5536240	5536303	64
Insertion	Chr12	21737679	21737735	57
Insertion	Chr3	36156177	36156182	6
Insertion	Chr4	14292704	14292705	2
Insertion	Chr5	756208	756244	37	LOC_Os05g02340
Insertion	Chr7	11139930	11140004	75
Insertion	Chr7	3930972	3930974	3
Insertion	Chr9	9329713	9329730	18

No Inversion

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	9430015	Chr1	40606666
Translocation	Chr11	19817905	Chr8	19393149
Translocation	Chr12	20074657	Chr5	1844936	LOC_Os12g33170
Translocation	Chr4	20317456	Chr1	16513483
Translocation	Chr11	27587162	Chr2	15153914
Translocation	Chr11	27587169	Chr2	15152563	LOC_Os02g25860
Translocation	Chr3	31974354	Chr1	33760437	LOC_Os03g56120

Main menu

You are here

Search Nipponbare