Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3207-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3207-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	34228015	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	34784534	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	36269209	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os01g62630
SBS	Chr10	1684807	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	22316052	T-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr10	22316053	T-A	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr11	1098828	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	12976840	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	17523295	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	25472806	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	14110508	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr12	25200375	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	26861369	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g43270
SBS	Chr2	12148991	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	31314896	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	34034774	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	9309529	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	10114971	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	19346571	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	24902865	C-T	HET	START_GAINED
SBS	Chr3	30077943	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	30077944	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	35949458	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	10466815	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	12348689	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	16783882	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	32476086	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	10922526	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	16940096	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g28900
SBS	Chr5	9252992	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	1967429	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	20350373	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g35000
SBS	Chr7	14868530	A-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr7	22628533	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr7	2371114	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	24422705	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	3645708	A-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr8	21087357	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	27584050	T-C	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr8	4906154	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	14036018	A-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	1457697	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	2821797	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	3505049	C-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr9	7096177	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g12410
SBS	Chr9	8300892	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr6	63054	63056	2
Deletion	Chr10	205789	205790	1
Deletion	Chr11	5168027	5168032	5
Deletion	Chr10	8252843	8252844	1
Deletion	Chr4	8450466	8450467	1
Deletion	Chr9	10923210	10923212	2
Deletion	Chr9	12331329	12331330	1
Deletion	Chr6	12924455	12924457	2
Deletion	Chr5	17821301	17821307	6
Deletion	Chr3	20420171	20420177	6
Deletion	Chr1	23325612	23325618	6
Deletion	Chr2	24022549	24022557	8
Deletion	Chr1	25180737	25180738	1
Deletion	Chr3	30393897	30393907	10
Deletion	Chr1	32550727	32550729	2

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	36086408	36086409	2
Insertion	Chr11	20951419	20951422	4
Insertion	Chr12	15107656	15107657	2
Insertion	Chr12	22805955	22805958	4
Insertion	Chr4	1227908	1227920	13
Insertion	Chr4	21476562	21476567	6
Insertion	Chr4	26164892	26164893	2
Insertion	Chr6	8170443	8170460	18
Insertion	Chr7	27956123	27956123	1
Insertion	Chr8	26847326	26847327	2
Insertion	Chr8	5977032	5977104	73
Insertion	Chr9	22474989	22475045	57

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	8639281	9492251	LOC_Os07g15080
Inversion	Chr7	9190944	9492250

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	9143647	Chr7	6241005
Translocation	Chr8	9624427	Chr7	8806238	LOC_Os08g15830

Main menu

You are here

Search Nipponbare