Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3208-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3208-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10942406	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	13122992	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	13558363	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	17257822	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g31550
SBS	Chr1	18220282	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	20818908	C-T	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	29350101	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g51090
SBS	Chr10	1520524	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	3179299	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr10	600656	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g01950
SBS	Chr11	13141387	G-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g22850
SBS	Chr11	19250185	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	5258987	G-T	HOMO	UTR_3_PRIME
SBS	Chr11	6172252	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	12333626	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	15802233	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	19933449	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	2876391	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	7588485	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	22132402	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	3884600	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	10905018	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	29317257	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	8096289	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	17674103	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	20605014	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	21110179	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	23855897	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	3405243	A-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	34566084	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	9076573	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr5	27063853	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	27955614	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9452182	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr6	1289119	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g03380
SBS	Chr6	13234703	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	5443144	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	12610777	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	25296444	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	28085240	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	668009	A-G	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	7844806	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	8973907	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	19396490	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g31370
SBS	Chr8	19396491	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g31370
SBS	Chr8	5946294	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr8	7962236	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	12237209	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	21442564	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g37170

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr7	760407	760414	7
Deletion	Chr8	5933067	5933068	1
Deletion	Chr4	8605260	8605294	34
Deletion	Chr10	11870358	11870363	5
Deletion	Chr1	17399535	17399542	7
Deletion	Chr8	19481847	19481848	1
Deletion	Chr1	19646812	19646816	4
Deletion	Chr5	20224497	20224506	9
Deletion	Chr9	20665793	20665798	5
Deletion	Chr5	21252012	21252014	2
Deletion	Chr6	21695000	21695001	1
Deletion	Chr4	24031644	24031645	1
Deletion	Chr2	25365968	25365970	2
Deletion	Chr8	26672356	26672357	1
Deletion	Chr6	30007781	30007785	4
Deletion	Chr1	34994844	34994846	2

Insertions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	24780230	24780262	33
Insertion	Chr10	19821734	19821734	1
Insertion	Chr10	7595574	7595589	16
Insertion	Chr12	13711447	13711447	1
Insertion	Chr12	21709091	21709091	1
Insertion	Chr12	21982395	21982395	1
Insertion	Chr2	16955895	16955969	75
Insertion	Chr2	35559918	35559920	3
Insertion	Chr4	15264988	15264989	2
Insertion	Chr5	2689821	2689821	1
Insertion	Chr7	18991864	18991865	2
Insertion	Chr8	1332141	1332141	1

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr7	5461268	Chr2	683819
Translocation	Chr10	12430114	Chr7	13469497
Translocation	Chr12	20096544	Chr6	23395012
Translocation	Chr7	26318198	Chr5	17700435

Main menu

You are here

Search Nipponbare