Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	31077258	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g54030
SBS	Chr1	31851704	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	13593872	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	10499530	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	23857679	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	27356501	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr2	27811414	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	17277458	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr3	19967843	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	6915234	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	28689865	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	5782414	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6651100	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	17779721	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	24974964	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	26137898	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g44960
SBS	Chr5	6063009	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	6639963	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9260889	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr6	10742831	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	14860784	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25370
SBS	Chr6	15012670	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	17676341	A-C	HET	SPLICE_SITE_REGION
SBS	Chr6	18092647	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	25615439	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42590
SBS	Chr6	26366932	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr6	28823963	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	8058358	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	11746773	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	21070866	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	2756893	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	13609356	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	17273940	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	23134917	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr8	23407499	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	13830370	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	20281658	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4378223	C-T	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 23

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	2872949	2873059	110
Deletion	Chr7	4027222	4027225	3
Deletion	Chr4	4335343	4335344	1
Deletion	Chr9	4615970	4615972	2
Deletion	Chr9	5675870	5675878	8
Deletion	Chr11	7679405	7679416	11
Deletion	Chr8	10338113	10338114	1
Deletion	Chr1	12283322	12283323	1
Deletion	Chr7	13436038	13436039	1
Deletion	Chr11	15924884	15924888	4
Deletion	Chr12	16674017	16674018	1
Deletion	Chr11	17228528	17228536	8
Deletion	Chr1	17473098	17473099	1
Deletion	Chr11	18915498	18915503	5
Deletion	Chr11	19578565	19578569	4
Deletion	Chr4	19610517	19610523	6	LOC_Os04g32580
Deletion	Chr10	20845131	20845138	7
Deletion	Chr12	20997867	20997891	24
Deletion	Chr2	22517040	22517041	1
Deletion	Chr5	23813358	23813397	39
Deletion	Chr7	24028455	24028456	1
Deletion	Chr3	30627609	30627617	8
Deletion	Chr3	34562692	34562694	2

Insertions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	5943189	5943191	3
Insertion	Chr10	87041	87138	98
Insertion	Chr11	12351117	12351120	4
Insertion	Chr12	17878258	17878258	1
Insertion	Chr12	19928397	19928397	1
Insertion	Chr12	6601194	6601194	1
Insertion	Chr12	6696620	6696623	4
Insertion	Chr2	4891348	4891349	2
Insertion	Chr4	8684439	8684439	1
Insertion	Chr5	11146517	11146519	3
Insertion	Chr6	17884405	17884405	1
Insertion	Chr6	23487453	23487493	41
Insertion	Chr6	9953444	9953444	1
Insertion	Chr8	16858425	16858520	96
Insertion	Chr8	25824153	25824154	2
Insertion	Chr9	534523	534523	1	LOC_Os09g01770

No Inversion

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	6237197	Chr3	2806726
Translocation	Chr5	10722802	Chr4	26530139
Translocation	Chr7	11637981	Chr4	9582342
Translocation	Chr11	13498036	Chr1	9838081
Translocation	Chr5	20582313	Chr3	7512118	LOC_Os03g13850
Translocation	Chr12	22022157	Chr4	15489069
Translocation	Chr6	22208177	Chr4	14979951

Main menu