Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3222-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3222-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 50

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19718518	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	42461969	C-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr10	15468601	C-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	19621380	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr10	7192246	G-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	13255409	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	14038567	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g24600
SBS	Chr11	25098877	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	7129008	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8602958	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15240
SBS	Chr11	9650770	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	12994990	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	456549	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	9015428	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	13413931	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr2	1897949	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	1897950	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	22322572	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	7323268	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	8340865	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	8352695	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	32306243	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	35561766	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	5732480	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	12911663	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13753597	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	20918793	T-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	28953747	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g48580
SBS	Chr4	32139295	T-G	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr4	34572440	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	34722443	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	8234687	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	8664270	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	14675875	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	1595897	C-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr6	20092731	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	23772408	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	24200660	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr6	26262835	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	4544642	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	7518997	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	15810734	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g27200
SBS	Chr7	27301553	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	8226557	G-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	8404042	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	13155388	C-G	HET	INTRON
SBS	Chr8	19928606	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	8193004	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	21692505	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g37630
SBS	Chr9	8101543	G-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1349112	1349114	2
Deletion	Chr5	4011866	4011867	1
Deletion	Chr3	6277322	6277323	1
Deletion	Chr9	8742002	8742003	1	LOC_Os09g14720
Deletion	Chr3	9418924	9418925	1
Deletion	Chr4	11285643	11285648	5
Deletion	Chr7	11399654	11399830	176	LOC_Os07g19250
Deletion	Chr8	11497741	11497795	54
Deletion	Chr3	14776801	14776802	1
Deletion	Chr9	18623957	18623980	23
Deletion	Chr10	19243724	19243725	1
Deletion	Chr5	22687618	22687624	6
Deletion	Chr5	23842832	23842838	6

Insertions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	14045450	14045457	8
Insertion	Chr1	27429073	27429074	2
Insertion	Chr1	5270183	5270184	2
Insertion	Chr12	11016874	11016874	1
Insertion	Chr12	6719187	6719250	64
Insertion	Chr3	7233881	7233882	2
Insertion	Chr4	17622258	17622305	48
Insertion	Chr7	19258963	19258963	1
Insertion	Chr7	22233342	22233342	1
Insertion	Chr9	4900406	4900406	1

Inversions: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	1965034	2115441
Inversion	Chr7	1965036	2115441
Inversion	Chr11	7778548	8668795
Inversion	Chr11	8653901	8668692
Inversion	Chr1	12871837	12871949	LOC_Os01g22900
Inversion	Chr8	16542493	16551207
Inversion	Chr8	16542494	16551208
Inversion	Chr6	30228545	30228796

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	1294169	Chr5	13907391	LOC_Os05g24110
Translocation	Chr10	1294176	Chr5	13907553
Translocation	Chr2	4042426	Chr1	7147934
Translocation	Chr2	4042890	Chr1	5951819
Translocation	Chr12	4925533	Chr6	1603851
Translocation	Chr12	5071425	Chr6	1439554	LOC_Os12g09620
Translocation	Chr11	9031433	Chr7	23098250
Translocation	Chr6	19273782	Chr5	2247282	LOC_Os05g04740

Main menu

You are here

Search Nipponbare