Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3255-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3255-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 72

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14258265	T-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr1	29554082	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	39328441	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	7978743	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	1177952	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	12243258	G-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	12354746	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	14690929	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	5040174	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	581616	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	8076706	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	9122881	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	10502003	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	11140601	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	11746296	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr11	16015440	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	21769306	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	23906724	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	11096290	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	15598447	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	21841571	C-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g35840
SBS	Chr2	10554914	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g18180
SBS	Chr2	10609064	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	11478370	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g19640
SBS	Chr2	14138355	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	18325912	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g30750
SBS	Chr2	20212545	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	20696147	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	30040025	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	33552211	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g54790
SBS	Chr2	33552212	C-A	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	5879219	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	8745235	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	12395140	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr3	23108387	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	31332151	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	34508821	C-A	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr3	35483191	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr4	10267264	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	12788464	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	13138497	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	15257312	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr4	25745769	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	27676175	G-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr4	29964377	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	31894888	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	32468166	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	32943656	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	33037971	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g55530
SBS	Chr5	11988951	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20430
SBS	Chr5	434157	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	7586624	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g13690
SBS	Chr6	12762671	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr6	14177545	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	14520551	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	22976226	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	25435764	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	2925663	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	640321	T-C	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr6	8746687	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	973127	C-G	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	11489776	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g19420
SBS	Chr7	11874894	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	15977481	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g27420
SBS	Chr7	21128070	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	29019402	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	3320537	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr7	9969733	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	3985460	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	4626694	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	8801443	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14790
SBS	Chr9	9676857	G-T	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	497425	497431	6
Deletion	Chr11	1204964	1204999	35
Deletion	Chr4	2185074	2185077	3
Deletion	Chr6	2260270	2260302	32
Deletion	Chr9	3332556	3333154	598
Deletion	Chr4	8947719	8947723	4
Deletion	Chr8	9574971	9574972	1
Deletion	Chr8	12006856	12006858	2
Deletion	Chr3	12313908	12313910	2
Deletion	Chr7	14544001	14565000	20999	LOC_Os07g27834
Deletion	Chr5	16460986	16460987	1
Deletion	Chr2	17148001	17165000	16999	3
Deletion	Chr5	18488574	18488583	9	LOC_Os05g31740
Deletion	Chr3	18742001	18916000	173999	32
Deletion	Chr2	19940927	19940928	1	LOC_Os02g33530
Deletion	Chr8	21324471	21324472	1
Deletion	Chr9	22587997	22588075	78	LOC_Os09g39300
Deletion	Chr11	25043961	25044183	222
Deletion	Chr2	29835722	29835723	1	LOC_Os02g48740
Deletion	Chr3	32937915	32937916	1
Deletion	Chr1	35661897	35661903	6

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	13408578	13408583	6
Insertion	Chr12	18272412	18272412	1
Insertion	Chr2	20405050	20405065	16
Insertion	Chr3	23481022	23481023	2
Insertion	Chr3	25527866	25527885	20
Insertion	Chr7	26221714	26221714	1

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	1537896	1669059	2
Inversion	Chr5	1538675	1693135
Inversion	Chr11	23896286	24054035	LOC_Os11g40350
Inversion	Chr11	23896314	24054041	LOC_Os11g40350
Inversion	Chr4	35061514	35336794
Inversion	Chr4	35061523	35336800

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	6001509	Chr2	16964432

Main menu

You are here

Search Nipponbare