Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3287-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3287-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10058378	T-A	HET
SBS	Chr1	11763896	C-T	HET
SBS	Chr1	13212912	G-A	HET
SBS	Chr1	24344877	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g42780
SBS	Chr1	24583616	G-A	Homo
SBS	Chr10	20198640	A-T	HET
SBS	Chr10	2147823	A-G	Homo
SBS	Chr10	5218310	T-A	HET
SBS	Chr10	9940966	A-T	HET
SBS	Chr11	11677785	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g20220
SBS	Chr11	18402057	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g31490
SBS	Chr11	20768048	C-T	HET
SBS	Chr11	8264015	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g14660
SBS	Chr11	835721	A-G	HET
SBS	Chr12	20343152	G-C	HET
SBS	Chr12	21057414	C-T	HET
SBS	Chr12	9113351	G-T	HET
SBS	Chr2	14386191	T-C	HET
SBS	Chr2	20098131	C-T	HET
SBS	Chr2	21978201	G-A	Homo
SBS	Chr2	22226097	C-T	HET
SBS	Chr2	2482288	T-C	HET
SBS	Chr2	26991356	G-T	Homo
SBS	Chr2	4821227	A-C	Homo
SBS	Chr3	10068151	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g18060
SBS	Chr3	18925828	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g33074
SBS	Chr3	26459391	G-A	HET
SBS	Chr3	8449671	G-A	Homo
SBS	Chr4	10813104	G-C	Homo
SBS	Chr4	17662219	C-G	HET
SBS	Chr4	28456327	A-C	HET
SBS	Chr4	33169382	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g55720
SBS	Chr4	6825424	A-T	HET
SBS	Chr5	10835330	G-A	Homo	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os05g18710
SBS	Chr5	12140692	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20710
SBS	Chr5	12577402	A-G	HET
SBS	Chr5	16895478	C-T	HET
SBS	Chr5	18945041	C-A	HET
SBS	Chr5	26333603	T-C	HET
SBS	Chr5	28398560	T-A	HET
SBS	Chr6	13261018	G-A	HET
SBS	Chr6	13287525	C-G	HET
SBS	Chr6	19750704	C-T	HET
SBS	Chr6	3498811	G-T	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os06g07290
SBS	Chr6	4986931	A-C	HET
SBS	Chr6	5544759	A-T	HET
SBS	Chr6	8615563	T-G	Homo
SBS	Chr7	26648928	G-A	HET
SBS	Chr7	27155914	G-C	HET
SBS	Chr7	29682658	G-T	HET
SBS	Chr8	11368886	G-A	HET
SBS	Chr8	16041212	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g26300
SBS	Chr8	16793210	G-A	HET
SBS	Chr8	17095192	G-A	HET
SBS	Chr8	19946813	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g32150
SBS	Chr9	12766382	C-T	HET
SBS	Chr9	16361710	C-A	HET
SBS	Chr9	17975203	C-T	HET
SBS	Chr9	2178080	T-G	HET
SBS	Chr9	2521941	C-T	HET
SBS	Chr9	8634933	T-C	HET

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	1943295	1943296	1	LOC_Os09g03830
Deletion	Chr5	2049550	2049556	6
Deletion	Chr5	2822351	2822352	1
Deletion	Chr12	8797140	8797142	2
Deletion	Chr12	9113366	9113368	2
Deletion	Chr4	10449644	10449646	2
Deletion	Chr7	10708826	10708835	9
Deletion	Chr11	10847456	10847457	1
Deletion	Chr3	11018353	11018359	6
Deletion	Chr10	11487628	11487629	1
Deletion	Chr5	12196140	12196158	18
Deletion	Chr3	13360650	13360661	11
Deletion	Chr8	17155496	17155497	1
Deletion	Chr12	19116566	19116567	1
Deletion	Chr6	19660768	19660770	2
Deletion	Chr3	20672833	20672841	8
Deletion	Chr10	20728018	20728019	1	LOC_Os10g38900
Deletion	Chr10	22649903	22649905	2
Deletion	Chr6	25586820	25586873	53
Deletion	Chr8	25735484	25735485	1
Deletion	Chr6	26213878	26213885	7
Deletion	Chr3	28507842	28507843	1
Deletion	Chr3	31434908	31434911	3
Deletion	Chr2	32661720	32661731	11

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr3	28683435	28683437	3
Insertion	Chr4	27444221	27444223	3
Insertion	Chr5	20220797	20220797	1
Insertion	Chr5	20323963	20323968	6

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	8966855	9086946
Inversion	Chr9	8966866	9086954
Inversion	Chr10	15348936	15349389	LOC_Os10g29540
Inversion	Chr12	17972533	18616773
Inversion	Chr12	17972542	18616778
Inversion	Chr1	22905292	22905530
Inversion	Chr2	28103743	28104000

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	10156938	Chr1	3091823	2
Translocation	Chr9	17271819	Chr4	4107386	2
Translocation	Chr9	18246920	Chr3	31502590
Translocation	Chr9	18246928	Chr3	31502032	2
Translocation	Chr12	24236938	Chr9	19697761	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare