Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN3343-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3343-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 67

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10208562	C-A	HET
SBS	Chr1	10635430	T-C	HET
SBS	Chr1	13569818	G-A	HET
SBS	Chr1	17794068	G-A	HET
SBS	Chr1	17794069	G-A	HET
SBS	Chr1	18683983	G-A	HET
SBS	Chr1	27961395	A-G	HET
SBS	Chr1	29957448	G-T	HET
SBS	Chr1	36804635	G-A	Homo
SBS	Chr2	13322237	T-A	HET
SBS	Chr2	13905145	G-C	Homo
SBS	Chr2	17597828	A-G	Homo
SBS	Chr2	22712967	T-C	HET
SBS	Chr2	33351317	T-C	Homo
SBS	Chr2	34566539	A-T	Homo
SBS	Chr3	7297933	C-T	HET
SBS	Chr3	13616678	C-T	Homo
SBS	Chr3	24601704	G-T	HET
SBS	Chr3	31576968	T-A	HET
SBS	Chr3	35763256	A-G	HET
SBS	Chr4	2856864	A-G	HET
SBS	Chr4	13371938	C-A	HET
SBS	Chr4	24222353	T-C	HET
SBS	Chr4	29775409	C-T	HET
SBS	Chr5	12387018	T-A	Homo
SBS	Chr5	28355080	C-T	Homo
SBS	Chr6	10990860	A-G	HET
SBS	Chr6	11553591	C-T	HET
SBS	Chr6	14264389	G-T	HET
SBS	Chr6	18097227	G-A	HET
SBS	Chr6	24963528	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g41680
SBS	Chr7	2697399	C-T	HET
SBS	Chr7	16262504	T-C	HET
SBS	Chr7	17254094	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g29380
SBS	Chr7	18154375	C-T	HET
SBS	Chr7	28662851	C-T	HET
SBS	Chr8	1535763	C-G	HET
SBS	Chr8	1816990	G-A	Homo
SBS	Chr8	2691239	A-G	HET
SBS	Chr8	3900493	C-T	Homo
SBS	Chr8	10775171	C-T	HET
SBS	Chr8	28357519	C-T	HET
SBS	Chr9	1678163	C-T	Homo
SBS	Chr9	3432915	C-T	HET
SBS	Chr9	4349260	T-A	HET
SBS	Chr9	5728720	C-G	HET
SBS	Chr9	6892925	A-G	Homo
SBS	Chr9	7854513	T-A	Homo
SBS	Chr9	8460115	A-G	HET
SBS	Chr10	1747233	G-A	HET
SBS	Chr10	9483167	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g18670
SBS	Chr10	9875606	T-A	HET
SBS	Chr10	16766040	T-A	Homo
SBS	Chr11	785161	G-T	HET
SBS	Chr11	16196624	T-A	HET
SBS	Chr11	20402151	C-T	HET
SBS	Chr11	21046141	A-G	Homo
SBS	Chr11	25768101	G-A	HET
SBS	Chr11	25885237	G-A	HET
SBS	Chr11	26983298	G-A	HET
SBS	Chr11	28492035	T-A	HET
SBS	Chr12	908036	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g02620
SBS	Chr12	8492880	T-C	HET
SBS	Chr12	9005678	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g15780
SBS	Chr12	9957165	G-A	HET
SBS	Chr12	15701653	C-T	HET
SBS	Chr12	23004471	T-C	Homo

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	4032001	4193000	160999	20
Deletion	Chr11	4202001	4245000	42999	4
Deletion	Chr3	9187117	9187129	12
Deletion	Chr2	9257329	9257334	5
Deletion	Chr3	9905507	9905508	1	LOC_Os03g17800
Deletion	Chr11	11973858	11973869	11
Deletion	Chr10	13815555	13815558	3
Deletion	Chr8	15743401	15743402	1
Deletion	Chr7	16764904	16765276	372	LOC_Os07g28640
Deletion	Chr11	20951059	20951069	10
Deletion	Chr9	21345001	21390000	44999	8
Deletion	Chr7	22855142	22855145	3
Deletion	Chr5	27492644	27492646	2
Deletion	Chr4	35020427	35020432	5

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	21688157	21688157	1	LOC_Os01g38610
Insertion	Chr5	1936665	1936672	8	LOC_Os05g04250
Insertion	Chr9	17231608	17231608	1	LOC_Os09g28370
Insertion	Chr6	13885049	13885056	8
Insertion	Chr8	21254756	21254787	32

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr12	576400	1039338
Inversion	Chr12	576418	1039355
Inversion	Chr11	7227464	7506529

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr10	12036046	Chr9	20924571
Translocation	Chr10	13662824	Chr6	28600249
Translocation	Chr8	19774183	Chr5	12662343
Translocation	Chr9	20925613	Chr6	28600247
Translocation	Chr10	21241176	Chr9	3932578

Main menu

You are here

Search Results