Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3366-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3366-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 64

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18146890	A-G	Homo
SBS	Chr1	32321050	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g56130
SBS	Chr1	34680010	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g59980
SBS	Chr1	39261649	C-A	HET
SBS	Chr1	946078	C-T	HET
SBS	Chr10	11510571	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g22240
SBS	Chr10	17432807	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g33230
SBS	Chr10	5563767	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g10140
SBS	Chr10	9409135	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g18550
SBS	Chr11	10378174	G-A	Homo
SBS	Chr11	16822468	A-G	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os11g29050
SBS	Chr11	17296351	T-G	HET
SBS	Chr11	18203607	A-G	Homo
SBS	Chr11	20086687	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g34290
SBS	Chr11	23256852	C-T	HET
SBS	Chr11	295256	C-A	HET
SBS	Chr11	9197882	C-T	HET
SBS	Chr12	15491873	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g26500
SBS	Chr12	24885291	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40200
SBS	Chr12	3802884	A-G	HET
SBS	Chr12	3908904	C-T	HET
SBS	Chr12	4351847	C-T	HET
SBS	Chr2	10664060	C-A	HET
SBS	Chr2	12982496	G-A	HET
SBS	Chr2	31756351	C-G	HET
SBS	Chr2	6054897	G-C	Homo
SBS	Chr2	8617755	A-G	HET
SBS	Chr3	24075846	C-A	HET
SBS	Chr3	25218515	A-T	HET
SBS	Chr3	27649865	G-A	HET
SBS	Chr4	14213347	C-T	HET
SBS	Chr4	15203748	A-G	HET
SBS	Chr4	18702178	G-A	HET
SBS	Chr4	23222663	C-A	HET
SBS	Chr4	25956896	C-T	HET
SBS	Chr4	4879859	G-A	HET
SBS	Chr4	5401752	G-T	HET
SBS	Chr5	10012536	A-T	HET
SBS	Chr5	22344815	C-T	HET
SBS	Chr5	23001312	A-T	HET
SBS	Chr5	23001313	A-T	HET
SBS	Chr5	386815	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g01650
SBS	Chr5	5154448	C-A	Homo
SBS	Chr6	19749740	G-A	HET
SBS	Chr6	2277501	T-G	HET
SBS	Chr6	2277502	A-T	HET
SBS	Chr6	30860614	T-G	HET
SBS	Chr6	4189526	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g08490
SBS	Chr6	5748349	G-A	HET
SBS	Chr6	5799752	A-T	HET
SBS	Chr7	131642	G-A	HET
SBS	Chr7	14458593	G-A	HET
SBS	Chr7	18880596	T-A	Homo
SBS	Chr8	12037362	C-T	HET
SBS	Chr8	13608316	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22620
SBS	Chr8	23801852	C-T	Homo
SBS	Chr8	286240	A-G	HET
SBS	Chr8	4008422	G-A	HET
SBS	Chr8	8568234	T-A	Homo
SBS	Chr9	12551292	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g20840
SBS	Chr9	1564880	C-T	Homo
SBS	Chr9	3318352	G-A	HET
SBS	Chr9	7973381	T-C	Homo
SBS	Chr9	9134743	C-T	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	2515398	2515400	2
Deletion	Chr7	4680277	4680280	3
Deletion	Chr5	8353217	8353218	1
Deletion	Chr10	9342976	9342984	8
Deletion	Chr3	9737287	9737292	5	LOC_Os03g17520
Deletion	Chr7	11307362	11307376	14
Deletion	Chr7	12328368	12328381	13
Deletion	Chr5	16472586	16472603	17
Deletion	Chr7	20754197	20754198	1
Deletion	Chr2	22916174	22916175	1
Deletion	Chr2	24833303	24833306	3
Deletion	Chr1	25381841	25381842	1
Deletion	Chr5	27338343	27338348	5
Deletion	Chr7	29177508	29177512	4	LOC_Os07g48720
Deletion	Chr6	30176295	30176325	30
Deletion	Chr2	33008329	33008330	1
Deletion	Chr1	38459241	38459242	1

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr6	19334	19334	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	10697234	10697485
Inversion	Chr3	16611653	16679651	2
Inversion	Chr3	16611672	16679657	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	1543170	Chr6	20665883	LOC_Os07g03760
Translocation	Chr12	3850041	Chr4	6856484	LOC_Os12g07650
Translocation	Chr12	3850057	Chr4	5778478	2
Translocation	Chr11	10569842	Chr9	7975569
Translocation	Chr4	27738424	Chr1	8218593	LOC_Os04g46800

Main menu

You are here

Search Nipponbare