Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11155665	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g19670
SBS	Chr1	15043653	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g27000
SBS	Chr1	20221263	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g36430
SBS	Chr1	22136096	A-T	HET
SBS	Chr1	22136097	G-A	HET
SBS	Chr1	25031432	G-A	HET
SBS	Chr1	31864910	A-T	HET
SBS	Chr1	34205232	T-A	HET
SBS	Chr1	37019436	T-C	HET
SBS	Chr1	9632093	C-G	HET
SBS	Chr10	11258249	C-A	HET
SBS	Chr11	134533	T-C	HET
SBS	Chr11	4179880	T-A	HET
SBS	Chr11	7385017	A-G	HET
SBS	Chr12	25134919	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40610
SBS	Chr2	13040696	C-G	HET
SBS	Chr2	17623	T-A	Homo
SBS	Chr2	26164167	C-A	HET
SBS	Chr2	8421751	A-T	Homo
SBS	Chr2	955876	A-T	Homo
SBS	Chr3	26225010	C-G	HET
SBS	Chr3	26453196	T-A	Homo
SBS	Chr3	26453197	G-C	Homo
SBS	Chr3	26455471	C-A	Homo
SBS	Chr3	28345469	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g49790
SBS	Chr3	3008298	G-T	HET
SBS	Chr5	17385716	C-T	HET
SBS	Chr5	18350050	C-T	Homo
SBS	Chr5	2048550	C-T	HET
SBS	Chr6	12124052	T-C	HET
SBS	Chr6	12124055	G-A	HET
SBS	Chr6	15339830	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os06g26234
SBS	Chr6	15586739	A-G	HET
SBS	Chr6	17727839	T-C	HET
SBS	Chr6	2342956	G-A	HET
SBS	Chr6	25097622	C-T	HET
SBS	Chr7	14286025	G-T	HET
SBS	Chr7	16907619	T-G	HET
SBS	Chr8	18539454	C-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os08g30140
SBS	Chr8	21354612	T-A	Homo
SBS	Chr8	4437435	T-C	HET
SBS	Chr9	1306635	A-T	HET
SBS	Chr9	16837624	G-A	Homo
SBS	Chr9	6155134	A-G	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	2817683	2817686	3
Deletion	Chr4	3929575	3929577	2
Deletion	Chr7	7023345	7023346	1
Deletion	Chr8	8121411	8121418	7
Deletion	Chr2	8336961	8336971	10
Deletion	Chr10	14374635	14374641	6
Deletion	Chr12	15028134	15028135	1	LOC_Os12g25910
Deletion	Chr3	16805002	16805010	8	LOC_Os03g29480
Deletion	Chr5	17725244	17725245	1
Deletion	Chr4	17819989	17819990	1
Deletion	Chr9	17820370	17820374	4
Deletion	Chr9	17868977	17868988	11
Deletion	Chr9	17991996	17992012	16
Deletion	Chr7	19435455	19435460	5
Deletion	Chr5	21361896	21361910	14
Deletion	Chr2	22253041	22253043	2
Deletion	Chr7	22574973	22574974	1
Deletion	Chr1	22651497	22651499	2
Deletion	Chr6	26082094	26082095	1
Deletion	Chr3	26223580	26223581	1
Deletion	Chr8	26792811	26792830	19
Deletion	Chr4	30867235	30867236	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	17454917	17454918	2
Insertion	Chr2	18552694	18552759	66
Insertion	Chr5	15337240	15337240	1
Insertion	Chr6	29723571	29723574	4

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr9	15530062	15530531
Inversion	Chr1	17293337	17293866
Inversion	Chr4	28530621	29437206

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	11837358	Chr4	19098703	LOC_Os07g20500
Translocation	Chr6	17270453	Chr2	22538981
Translocation	Chr11	24709440	Chr7	7793849	2

Main menu