Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr10	11334327	G-A	HET
SBS	Chr10	17294987	G-A	HET
SBS	Chr10	4934277	C-A	HET
SBS	Chr11	11640786	T-C	HET
SBS	Chr11	13563925	G-A	HET
SBS	Chr11	24867110	C-A	HET
SBS	Chr11	24995436	A-G	HET
SBS	Chr12	13082873	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g23130
SBS	Chr2	15586692	C-T	HET
SBS	Chr2	20392983	C-T	HET
SBS	Chr3	23311118	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g41960
SBS	Chr4	153264	G-A	HET
SBS	Chr4	31852910	A-G	HET
SBS	Chr5	12624100	A-C	HET
SBS	Chr5	12624107	G-A	HET
SBS	Chr5	21214537	G-A	HET
SBS	Chr5	22373556	T-C	HET
SBS	Chr5	27983619	C-A	Homo	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os05g48820
SBS	Chr5	9337660	C-A	HET
SBS	Chr6	11079933	G-A	HET
SBS	Chr6	13493145	A-G	HET
SBS	Chr6	16397727	T-G	HET
SBS	Chr6	16397728	G-A	HET
SBS	Chr6	24654489	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g41200
SBS	Chr6	27896213	G-A	Homo
SBS	Chr6	28338913	A-G	Homo
SBS	Chr7	2053681	A-G	HET
SBS	Chr7	28114885	C-A	Homo
SBS	Chr7	9599696	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16400
SBS	Chr8	12047485	G-A	HET
SBS	Chr8	21158695	G-A	HET
SBS	Chr8	22768890	C-T	HET
SBS	Chr8	9934134	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g16270
SBS	Chr9	14010406	C-T	HET
SBS	Chr9	20652834	C-T	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	701702	701703	1
Deletion	Chr11	1791470	1791471	1	LOC_Os11g04300
Deletion	Chr2	4301914	4301916	2
Deletion	Chr12	4811001	4819000	7999	LOC_Os12g09220
Deletion	Chr1	7388019	7388020	1
Deletion	Chr3	9430613	9430631	18
Deletion	Chr1	10903364	10903365	1
Deletion	Chr7	11798568	11798569	1	LOC_Os07g20430
Deletion	Chr11	12189303	12189447	144
Deletion	Chr9	12257248	12257250	2
Deletion	Chr6	14238020	14238021	1
Deletion	Chr7	18123696	18123846	150
Deletion	Chr3	19648163	19648164	1	LOC_Os03g35440
Deletion	Chr2	34540350	34540351	1

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	7821852	7821855	4
Insertion	Chr10	21689157	21689158	2
Insertion	Chr12	25851987	25851987	1	LOC_Os12g41730
Insertion	Chr2	8352838	8352839	2
Insertion	Chr3	20462947	20462947	1	LOC_Os03g36880
Insertion	Chr4	22689646	22689646	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	21503848	21573930	LOC_Os05g36290
Inversion	Chr5	21503849	21574005	LOC_Os05g36290

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	1409116	Chr1	23461414	2
Translocation	Chr7	4958459	Chr6	17234847	LOC_Os07g09400
Translocation	Chr10	6864474	Chr7	15626068	LOC_Os10g12330
Translocation	Chr7	9026353	Chr2	7996989
Translocation	Chr2	10394391	Chr1	11768771
Translocation	Chr10	10473076	Chr1	18784334
Translocation	Chr10	13764672	Chr2	29617587
Translocation	Chr11	28681302	Chr4	575035
Translocation	Chr11	28718357	Chr8	25742856	2
Translocation	Chr11	28752368	Chr1	19234999

Main menu