Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	23544967	T-C	HET
SBS	Chr1	25017148	T-G	Homo
SBS	Chr1	33699610	T-C	HET
SBS	Chr10	11077321	T-C	HET
SBS	Chr10	9113846	A-G	HET
SBS	Chr11	1617085	T-C	HET
SBS	Chr11	22323452	C-T	HET
SBS	Chr11	24202527	A-G	HET
SBS	Chr12	13186904	T-C	HET
SBS	Chr12	13976891	G-A	HET
SBS	Chr12	1514259	C-G	HET
SBS	Chr12	20323249	T-A	Homo
SBS	Chr12	21436834	G-A	Homo
SBS	Chr12	24972833	A-G	HET
SBS	Chr2	14569994	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25090
SBS	Chr2	19338328	T-C	HET
SBS	Chr2	22544990	T-C	HET
SBS	Chr2	22673216	C-T	HET
SBS	Chr3	8392695	G-A	HET
SBS	Chr4	10895781	G-A	HET
SBS	Chr4	16039077	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g27094
SBS	Chr4	1615843	A-C	HET
SBS	Chr4	21836377	G-A	Homo
SBS	Chr4	23687339	G-A	Homo
SBS	Chr4	25834734	C-T	Homo
SBS	Chr4	9444454	C-T	HET
SBS	Chr5	21029179	G-A	HET
SBS	Chr5	22328354	C-A	Homo
SBS	Chr5	25618703	T-C	Homo
SBS	Chr5	9072093	T-A	HET
SBS	Chr6	19710507	C-T	HET
SBS	Chr6	23079958	A-T	HET
SBS	Chr6	27380575	A-G	HET
SBS	Chr6	7463739	C-T	HET
SBS	Chr7	14438104	C-T	HET
SBS	Chr7	23504029	C-G	HET
SBS	Chr7	28415632	C-T	HET
SBS	Chr7	6449242	G-A	HET
SBS	Chr7	795463	A-C	HET
SBS	Chr7	9234496	A-G	HET
SBS	Chr8	22145971	A-G	HET
SBS	Chr8	5490189	G-A	HET
SBS	Chr8	763273	T-C	HET
SBS	Chr8	8361866	G-T	HET
SBS	Chr9	2346917	T-C	HET
SBS	Chr9	333551	T-C	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	4261323	4261326	3
Deletion	Chr4	4430400	4430406	6
Deletion	Chr3	4854054	4854059	5
Deletion	Chr11	6187385	6187393	8
Deletion	Chr6	8334001	8374000	39999	2
Deletion	Chr5	9059493	9059499	6
Deletion	Chr6	11237754	11237763	9
Deletion	Chr2	14519793	14519798	5
Deletion	Chr1	15306803	15306804	1
Deletion	Chr9	19914318	19914329	11	LOC_Os09g33710
Deletion	Chr8	21101095	21101096	1
Deletion	Chr4	21515453	21515461	8
Deletion	Chr6	23209599	23209606	7	LOC_Os06g39090

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	26495943	26495943	1
Insertion	Chr1	5943189	5943200	12
Insertion	Chr10	5272302	5272303	2
Insertion	Chr10	6638914	6638915	2
Insertion	Chr11	27121482	27121484	3
Insertion	Chr8	28366463	28366463	1
Insertion	Chr8	95845	95848	4
Insertion	Chr9	8348239	8348239	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	5704189	5704534	LOC_Os12g10670

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	17277741	Chr2	16785005	2

Main menu