Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16630862	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g29680
SBS	Chr1	26353142	G-T	HET
SBS	Chr1	38179318	A-G	Homo
SBS	Chr1	40685653	T-A	HET
SBS	Chr1	5545233	C-T	Homo
SBS	Chr10	15722250	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g30260
SBS	Chr10	19122106	A-G	Homo
SBS	Chr10	525401	T-C	HET
SBS	Chr10	7058768	G-A	HET
SBS	Chr10	8812832	A-T	HET
SBS	Chr10	930704	C-T	HET
SBS	Chr11	16626412	G-A	HET
SBS	Chr11	8257492	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g14650
SBS	Chr12	10501476	T-C	HET
SBS	Chr12	11953115	C-G	HET
SBS	Chr12	15823115	A-T	HET
SBS	Chr12	25930940	C-T	HET
SBS	Chr12	4267973	G-A	HET
SBS	Chr2	16068480	G-A	HET
SBS	Chr2	21138172	G-A	Homo
SBS	Chr2	26871682	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g44380
SBS	Chr2	33395882	C-T	HET
SBS	Chr2	34493683	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g56354
SBS	Chr2	5450831	C-T	HET
SBS	Chr2	9476487	C-T	HET
SBS	Chr3	11409106	C-T	HET
SBS	Chr3	26117638	C-G	HET
SBS	Chr3	7875971	C-T	HET
SBS	Chr4	10792584	C-T	Homo
SBS	Chr4	12875174	A-C	HET
SBS	Chr4	16518883	A-T	HET
SBS	Chr4	16810597	C-A	HET
SBS	Chr4	20147026	C-T	HET
SBS	Chr4	8440603	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g15520
SBS	Chr4	8678210	C-T	HET
SBS	Chr5	1695715	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g03810
SBS	Chr5	17795605	T-A	Homo
SBS	Chr5	17795608	C-T	Homo
SBS	Chr5	17795610	C-T	Homo
SBS	Chr6	11354830	C-A	HET
SBS	Chr6	11367176	G-C	Homo
SBS	Chr6	13864652	G-A	HET
SBS	Chr6	22217563	T-G	HET
SBS	Chr6	25119825	G-A	HET
SBS	Chr6	8264326	G-A	HET
SBS	Chr7	14026266	C-T	HET
SBS	Chr8	16677787	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g27310
SBS	Chr8	27944912	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44420
SBS	Chr9	4321076	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g08350

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	447609	447613	4
Deletion	Chr2	2274789	2274794	5	LOC_Os02g04915
Deletion	Chr1	5422520	5422521	1
Deletion	Chr5	6750990	6750992	2
Deletion	Chr10	6869119	6869129	10
Deletion	Chr4	7960864	7960865	1
Deletion	Chr11	10930227	10930228	1
Deletion	Chr4	16971001	17005000	33999	5
Deletion	Chr4	17009001	17142000	132999	23
Deletion	Chr4	17144001	17288000	143999	21
Deletion	Chr9	17718529	17718537	8
Deletion	Chr1	18113040	18113048	8
Deletion	Chr2	21342841	21342848	7
Deletion	Chr12	21737790	21737792	2
Deletion	Chr4	24365976	24365977	1
Deletion	Chr7	25587002	25587004	2
Deletion	Chr3	35622536	35622539	3	LOC_Os03g63000

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	26646626	26646631	6
Insertion	Chr5	2567681	2567682	2
Insertion	Chr7	13579336	13579336	1
Insertion	Chr7	5172590	5172590	1

No Inversion

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	5914700	Chr1	40999728	LOC_Os05g10730
Translocation	Chr5	5914706	Chr1	40999729	LOC_Os05g10730
Translocation	Chr12	27095182	Chr4	9895774	2
Translocation	Chr11	27705716	Chr5	23588254	2

Main menu