Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 51

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11956977	A-T	HET
SBS	Chr1	11956978	A-T	HET
SBS	Chr1	17063111	G-A	HET
SBS	Chr1	18329138	C-T	HET
SBS	Chr1	2344171	A-T	Homo
SBS	Chr1	30650954	G-T	HET
SBS	Chr1	32288447	T-G	HET
SBS	Chr1	35492399	G-A	HET
SBS	Chr10	2751942	C-A	Homo
SBS	Chr11	1365392	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g03540
SBS	Chr11	1424935	C-T	HET
SBS	Chr11	14501254	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g25440
SBS	Chr11	18255057	C-T	Homo
SBS	Chr11	23561633	A-T	HET
SBS	Chr11	24118545	A-T	Homo
SBS	Chr11	672064	C-T	HET
SBS	Chr12	11085206	C-T	HET
SBS	Chr12	11679951	G-T	HET
SBS	Chr12	11870916	T-C	HET
SBS	Chr12	1821210	T-A	Homo
SBS	Chr12	4527845	A-T	HET
SBS	Chr12	9999117	C-T	HET
SBS	Chr2	13534978	C-T	Homo
SBS	Chr2	1826526	A-C	HET
SBS	Chr2	21673332	A-G	Homo
SBS	Chr2	26035030	T-G	Homo
SBS	Chr2	27940492	G-T	Homo
SBS	Chr2	3616218	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g07050
SBS	Chr3	12239916	T-C	HET
SBS	Chr3	13342004	C-T	HET
SBS	Chr3	17199909	G-A	HET
SBS	Chr3	19079733	C-T	Homo
SBS	Chr3	29064796	T-A	HET
SBS	Chr3	31989547	C-T	HET
SBS	Chr3	36063105	T-C	HET
SBS	Chr4	1305893	G-A	HET
SBS	Chr4	6489920	C-A	HET
SBS	Chr5	10908553	T-C	HET
SBS	Chr5	16662172	G-C	Homo
SBS	Chr5	3682505	T-C	HET
SBS	Chr6	17258164	C-A	HET
SBS	Chr6	9929682	G-T	HET
SBS	Chr7	16016999	G-A	HET
SBS	Chr7	19605444	G-A	HET
SBS	Chr7	27541109	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g46140
SBS	Chr7	3122191	T-A	HET
SBS	Chr7	7089085	C-T	HET
SBS	Chr8	27084104	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g42830
SBS	Chr9	11665788	G-A	HET
SBS	Chr9	1970130	G-A	HET
SBS	Chr9	5931126	T-A	HET

Deletions: 27

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	253628	253629	1
Deletion	Chr9	974243	974244	1
Deletion	Chr8	1131362	1131377	15
Deletion	Chr11	2693459	2693469	10
Deletion	Chr2	3724430	3724431	1	LOC_Os02g07250
Deletion	Chr4	3826086	3826092	6	LOC_Os04g07200
Deletion	Chr7	4179638	4179648	10
Deletion	Chr5	5087123	5087124	1
Deletion	Chr2	5097571	5097573	2
Deletion	Chr7	5236328	5236355	27
Deletion	Chr8	5337766	5337767	1
Deletion	Chr5	11129001	11347000	217999	34
Deletion	Chr5	11353001	11364000	10999	LOC_Os05g19540
Deletion	Chr5	11370001	11383000	12999	3
Deletion	Chr5	11392001	11445000	52999	7
Deletion	Chr8	11631622	11631623	1
Deletion	Chr5	12565468	12565470	2
Deletion	Chr1	13713543	13713545	2	LOC_Os01g24340
Deletion	Chr3	14949078	14949079	1
Deletion	Chr5	16904193	16904196	3
Deletion	Chr9	18149451	18149453	2
Deletion	Chr12	22895893	22895901	8	LOC_Os12g37300
Deletion	Chr1	23421928	23421929	1
Deletion	Chr12	27132109	27132120	11
Deletion	Chr6	28380653	28380658	5	LOC_Os06g46720
Deletion	Chr6	29147498	29147499	1	LOC_Os06g48190
Deletion	Chr3	29601389	29601391	2

Insertions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	13822543	13822544	2
Insertion	Chr1	22763030	22763031	2
Insertion	Chr11	25831477	25831482	6
Insertion	Chr2	30538115	30538116	2
Insertion	Chr3	15899018	15899019	2
Insertion	Chr5	10776599	10776600	2
Insertion	Chr5	11128475	11128475	1
Insertion	Chr6	11657242	11657243	2
Insertion	Chr9	18313692	18313700	9
Insertion	Chr9	4073377	4073380	4
Insertion	Chr9	5933389	5933389	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	5180391	5180610	LOC_Os02g09960
Inversion	Chr5	12274087	12275237	LOC_Os05g20900
Inversion	Chr5	12274098	12275245	LOC_Os05g20900
Inversion	Chr1	18598239	18598543

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	9703302	Chr6	18191427
Translocation	Chr8	10130360	Chr7	18122871
Translocation	Chr5	10905980	Chr2	18947428
Translocation	Chr5	11104093	Chr2	18996321	2
Translocation	Chr12	23058547	Chr7	23012613

Main menu