Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 37

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr11	10728139	C-T	HET
SBS	Chr11	15501745	G-A	HET
SBS	Chr11	2124507	G-A	HET
SBS	Chr11	3551691	C-T	HET
SBS	Chr11	7592353	C-T	HET
SBS	Chr11	8029450	G-T	HET
SBS	Chr2	15300914	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g26060
SBS	Chr2	17653375	C-T	Homo
SBS	Chr2	21496892	A-C	HET
SBS	Chr2	2805722	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g05710
SBS	Chr2	3394318	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g06740
SBS	Chr3	17633791	G-A	HET
SBS	Chr3	17797486	C-A	HET
SBS	Chr3	34549439	T-G	Homo
SBS	Chr3	5219487	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g10250
SBS	Chr4	10142493	C-T	HET
SBS	Chr4	15955804	G-A	HET
SBS	Chr4	24472790	A-C	HET
SBS	Chr4	26999911	T-C	HET
SBS	Chr5	10670397	G-T	HET
SBS	Chr5	24693868	G-A	Homo
SBS	Chr5	9803224	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17130
SBS	Chr6	12524160	A-T	HET
SBS	Chr6	21296281	T-C	HET
SBS	Chr7	27652007	A-T	HET
SBS	Chr7	645671	A-G	HET
SBS	Chr8	1204457	A-G	HET
SBS	Chr8	24594507	C-T	HET
SBS	Chr8	25030998	T-G	HET
SBS	Chr8	27701256	C-T	HET
SBS	Chr8	3177185	G-A	HET
SBS	Chr8	6391343	G-A	HET
SBS	Chr8	8556421	T-A	HET
SBS	Chr9	12792703	G-A	HET
SBS	Chr9	13261714	A-C	HET
SBS	Chr9	16905094	A-T	Homo
SBS	Chr9	6193786	C-T	Homo

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	755872	755874	2
Deletion	Chr5	830478	830480	2
Deletion	Chr7	1491632	1491636	4
Deletion	Chr3	3060289	3060290	1
Deletion	Chr4	3749196	3749199	3	LOC_Os04g07070
Deletion	Chr8	9744489	9744490	1
Deletion	Chr8	9944781	9944782	1	LOC_Os08g16290
Deletion	Chr7	12273726	12273729	3	LOC_Os07g21950
Deletion	Chr1	17612085	17612088	3
Deletion	Chr3	20810676	20810677	1	LOC_Os03g37500
Deletion	Chr6	21481233	21481234	1
Deletion	Chr6	21590272	21590274	2
Deletion	Chr9	22836603	22836604	1	LOC_Os09g39830
Deletion	Chr1	23070308	23070310	2
Deletion	Chr4	25637027	25637028	1
Deletion	Chr5	28885305	28885307	2

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr7	28604181	28604181	1
Insertion	Chr9	19804797	19804798	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	1637802	2302210	LOC_Os12g03950
Inversion	Chr8	15183100	16045324

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	5660597	Chr3	20221878	2
Translocation	Chr11	17512066	Chr7	13570822
Translocation	Chr7	24059260	Chr3	4695485	2
Translocation	Chr11	24747890	Chr3	27525989	2
Translocation	Chr7	25127541	Chr2	21836310

Main menu