Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN3446-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3446-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1780476	G-T	HET
SBS	Chr1	5146866	T-C	HET
SBS	Chr1	17769833	T-C	Homo
SBS	Chr1	22009462	T-A	HET
SBS	Chr1	24240920	C-T	HET
SBS	Chr1	25752255	G-C	HET
SBS	Chr1	26966659	C-T	HET
SBS	Chr1	32183407	C-G	Homo
SBS	Chr1	32193189	T-C	Homo
SBS	Chr2	5265976	A-G	HET
SBS	Chr2	5433651	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g10340
SBS	Chr2	5589217	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g10630
SBS	Chr2	7949350	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g14440
SBS	Chr2	8909730	G-A	HET
SBS	Chr2	13926383	A-G	HET
SBS	Chr3	6710633	G-A	HET
SBS	Chr3	8055299	A-G	HET
SBS	Chr3	18089198	A-T	HET
SBS	Chr3	21116058	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g38040
SBS	Chr3	27622888	T-A	HET
SBS	Chr3	28179318	T-G	Homo
SBS	Chr3	30259179	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g52780
SBS	Chr3	30259183	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g52780
SBS	Chr3	34167799	A-C	HET
SBS	Chr4	30774	T-A	HET
SBS	Chr4	10035687	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g18160
SBS	Chr4	26439938	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g44670
SBS	Chr4	29235245	A-G	HET
SBS	Chr5	13149914	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g23070
SBS	Chr5	14675604	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g25280
SBS	Chr5	23479375	G-A	HET
SBS	Chr5	29797935	T-C	HET
SBS	Chr6	8877947	G-A	HET
SBS	Chr6	8955786	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g15760
SBS	Chr6	9823921	C-T	HET
SBS	Chr6	19623368	A-C	Homo
SBS	Chr6	19780099	C-T	HET
SBS	Chr6	28066670	C-T	HET
SBS	Chr7	7145852	G-T	HET
SBS	Chr7	8117537	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g14250
SBS	Chr7	14578735	C-T	HET
SBS	Chr7	23440827	C-T	HET
SBS	Chr8	5602387	C-T	HET
SBS	Chr8	12578883	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g21030
SBS	Chr8	19881105	C-T	HET
SBS	Chr8	21309784	T-C	HET
SBS	Chr9	11674773	G-A	HET
SBS	Chr9	12057072	T-C	HET
SBS	Chr9	21718130	A-G	HET
SBS	Chr10	4243358	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g07966
SBS	Chr10	10270050	C-T	HET
SBS	Chr10	18580314	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g34795
SBS	Chr10	20981312	G-A	HET
SBS	Chr11	3516423	C-T	HET
SBS	Chr11	10000303	C-T	HET
SBS	Chr11	10000304	C-T	HET
SBS	Chr11	14077487	G-A	HET
SBS	Chr11	19320393	T-A	HET
SBS	Chr12	14294747	G-A	HET
SBS	Chr12	24566913	G-A	Homo
SBS	Chr12	26879349	C-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	6766001	7055000	288999	45
Deletion	Chr11	7384444	7384447	3
Deletion	Chr11	9946436	9946445	9	LOC_Os11g17770
Deletion	Chr8	13286436	13286437	1
Deletion	Chr1	15347516	15347517	1	LOC_Os01g27490
Deletion	Chr1	17750499	17750511	12
Deletion	Chr6	19568781	19568788	7
Deletion	Chr6	24214167	24214174	7
Deletion	Chr1	26353692	26353696	4
Deletion	Chr12	26878795	26878799	4
Deletion	Chr6	28256943	28256952	9
Deletion	Chr6	29214372	29214373	1
Deletion	Chr1	41336107	41336110	3

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	1918329	1918329	1
Insertion	Chr1	23145025	23145025	1
Insertion	Chr7	18301570	18301570	1
Insertion	Chr7	22608285	22608287	3	LOC_Os07g37710
Insertion	Chr8	6088575	6088637	63
Insertion	Chr10	21783317	21783317	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	1962942	2332898	2
Inversion	Chr2	1962958	2333100	2
Inversion	Chr7	23792875	23793257

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	5743805	Chr10	12207893
Translocation	Chr11	13707756	Chr3	16725985	LOC_Os11g24120

Main menu

You are here

Search Results