Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3452-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3452-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 64

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11083224	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g19529
SBS	Chr1	18681749	G-T	HET
SBS	Chr1	20474722	A-C	HET
SBS	Chr1	28858614	C-A	HET
SBS	Chr1	30944337	A-G	HET
SBS	Chr10	16806685	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g31990
SBS	Chr10	20128457	G-A	Homo
SBS	Chr10	6971882	C-T	HET
SBS	Chr10	8964981	T-C	HET
SBS	Chr11	10390209	G-T	Homo
SBS	Chr11	13393820	A-G	Homo
SBS	Chr11	15058508	G-A	Homo
SBS	Chr11	15769852	G-T	Homo
SBS	Chr11	15769853	G-T	Homo
SBS	Chr11	16345123	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g28400
SBS	Chr11	28164770	C-T	HET
SBS	Chr11	3304813	A-G	HET
SBS	Chr11	6425947	C-G	HET
SBS	Chr12	12237346	C-T	HET
SBS	Chr12	143568	C-T	HET
SBS	Chr12	21435388	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g35280
SBS	Chr12	7817698	G-A	HET
SBS	Chr2	10148522	G-A	HET
SBS	Chr2	10577018	C-T	HET
SBS	Chr2	11331998	C-T	HET
SBS	Chr2	17041153	G-A	HET
SBS	Chr2	23086806	A-G	HET
SBS	Chr2	31894012	G-A	HET
SBS	Chr3	17471752	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g30640
SBS	Chr3	19270274	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g33690
SBS	Chr3	19468483	T-C	HET
SBS	Chr3	27191632	G-A	HET
SBS	Chr3	32430134	G-A	HET
SBS	Chr3	5150048	C-G	HET
SBS	Chr4	10867929	T-C	HET
SBS	Chr4	11105549	T-C	HET
SBS	Chr4	13182172	A-T	HET
SBS	Chr4	18331966	T-C	HET
SBS	Chr4	2896709	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g05670
SBS	Chr4	29663511	C-G	HET
SBS	Chr5	10576711	G-A	HET
SBS	Chr5	12429617	C-T	Homo
SBS	Chr5	17273640	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g29850
SBS	Chr5	22175969	A-G	Homo
SBS	Chr5	29187406	A-G	HET
SBS	Chr5	6930885	A-G	Homo
SBS	Chr6	12701063	G-A	HET
SBS	Chr6	26049988	G-A	Homo
SBS	Chr6	8786279	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g15480
SBS	Chr7	10466756	T-C	HET
SBS	Chr7	1160925	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g03060
SBS	Chr7	12601303	C-T	Homo
SBS	Chr8	12594197	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g21060
SBS	Chr8	17182927	G-A	HET
SBS	Chr8	2404154	G-A	HET
SBS	Chr8	26555896	T-C	HET
SBS	Chr8	5900768	G-T	HET
SBS	Chr8	6985840	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11920
SBS	Chr8	7873025	C-T	HET
SBS	Chr9	13387366	A-G	HET
SBS	Chr9	1499391	A-T	HET
SBS	Chr9	282426	G-C	HET
SBS	Chr9	5274700	A-G	Homo
SBS	Chr9	929161	A-T	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	1170776	1170777	1
Deletion	Chr4	2821675	2821680	5	LOC_Os04g05570
Deletion	Chr1	4187174	4187175	1
Deletion	Chr5	4743631	4743638	7
Deletion	Chr9	5933109	5933110	1
Deletion	Chr1	7901937	7901942	5
Deletion	Chr2	9176001	9224000	47999	10
Deletion	Chr2	9227001	9238000	10999	LOC_Os02g16240
Deletion	Chr8	14086576	14086662	86
Deletion	Chr11	14136896	14136913	17
Deletion	Chr12	16737496	16737520	24
Deletion	Chr5	19111806	19111812	6
Deletion	Chr1	20070174	20070178	4	LOC_Os01g36250
Deletion	Chr3	20612646	20612647	1
Deletion	Chr11	20951419	20951421	2

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	20879985	20879985	1
Insertion	Chr2	23290491	23290491	1
Insertion	Chr3	16078768	16078769	2
Insertion	Chr5	11172186	11172187	2	LOC_Os05g19240
Insertion	Chr5	12214445	12214445	1
Insertion	Chr6	16047129	16047197	69
Insertion	Chr7	23880730	23880732	3
Insertion	Chr8	4159028	4159028	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	6586437	6892200	2
Inversion	Chr11	13096842	13275714	2
Inversion	Chr11	13096855	13275716	2
Inversion	Chr4	16213539	16450485	2
Inversion	Chr4	16213544	16215054	2

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2239005	Chr1	2819544
Translocation	Chr11	2633051	Chr2	9238120	LOC_Os11g05740
Translocation	Chr9	5180702	Chr4	5414993
Translocation	Chr12	8840168	Chr4	15519175
Translocation	Chr6	10144060	Chr3	22322171
Translocation	Chr2	11548163	Chr1	22081733	LOC_Os02g19730
Translocation	Chr12	19030375	Chr11	28433553	2
Translocation	Chr10	23061198	Chr3	23376674	2
Translocation	Chr12	27053080	Chr4	11544365	LOC_Os12g43590
Translocation	Chr12	27080746	Chr6	8332724

Main menu

You are here

Search Nipponbare