Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1132358	C-T	Homo
SBS	Chr1	12257844	G-A	Homo
SBS	Chr1	25735569	A-G	HET
SBS	Chr1	26512601	T-C	HET
SBS	Chr1	29990181	C-T	HET
SBS	Chr1	3121199	G-T	HET
SBS	Chr1	33723415	T-A	HET
SBS	Chr10	11618013	G-A	HET
SBS	Chr10	1457792	A-G	HET
SBS	Chr10	1559008	T-G	HET
SBS	Chr10	16108303	C-T	HET
SBS	Chr10	19021659	T-G	HET
SBS	Chr10	2892358	T-C	HET
SBS	Chr10	4442986	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g08220
SBS	Chr10	4939065	G-A	HET
SBS	Chr10	6108623	C-T	HET
SBS	Chr11	13301366	T-G	Homo
SBS	Chr11	9154882	T-C	HET
SBS	Chr12	12385383	C-T	HET
SBS	Chr12	14102647	A-T	HET
SBS	Chr12	3606835	C-T	Homo
SBS	Chr2	11859175	G-A	HET
SBS	Chr2	9342947	A-G	HET
SBS	Chr3	14053017	C-T	HET
SBS	Chr3	21158021	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g38110
SBS	Chr3	23765819	G-A	HET
SBS	Chr3	29310960	T-C	HET
SBS	Chr3	29419584	T-G	HET
SBS	Chr4	18766464	G-T	HET
SBS	Chr4	19567907	G-T	HET
SBS	Chr4	22392302	G-T	HET
SBS	Chr5	2045097	G-A	HET
SBS	Chr5	27864094	G-T	HET
SBS	Chr5	8278192	A-G	Homo
SBS	Chr5	9228230	G-T	HET
SBS	Chr6	12532163	T-A	HET
SBS	Chr6	29123003	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g48140
SBS	Chr7	13136981	C-T	Homo
SBS	Chr7	25286094	C-A	HET
SBS	Chr8	16647485	G-A	HET
SBS	Chr8	24951664	G-A	HET
SBS	Chr8	27995445	T-C	HET
SBS	Chr8	6570627	C-T	HET
SBS	Chr9	20793607	A-T	HET
SBS	Chr9	22635926	C-T	HET
SBS	Chr9	8805173	T-C	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	380001	402000	21999	4
Deletion	Chr6	1926073	1926074	1
Deletion	Chr8	2955001	2990000	34999	7
Deletion	Chr12	3285177	3285192	15
Deletion	Chr8	4095902	4095903	1
Deletion	Chr11	7659516	7659518	2
Deletion	Chr5	8243327	8243350	23
Deletion	Chr8	8842771	8842772	1
Deletion	Chr5	10172013	10172017	4	LOC_Os05g17670
Deletion	Chr11	16091931	16091936	5	LOC_Os11g27990
Deletion	Chr9	21767187	21767188	1
Deletion	Chr6	25219587	25219599	12
Deletion	Chr5	25699489	25699495	6
Deletion	Chr7	26565188	26565197	9
Deletion	Chr5	29510252	29510256	4
Deletion	Chr6	29938001	29971000	32999	7

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	26562552	26562553	2
Insertion	Chr3	7417105	7417106	2
Insertion	Chr4	3904617	3904617	1
Insertion	Chr4	7095517	7095520	4
Insertion	Chr6	2127557	2127558	2
Insertion	Chr7	6431611	6431616	6	LOC_Os07g11640
Insertion	Chr9	13818087	13818155	69

Inversions: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	2933458	2953899
Inversion	Chr8	2933465	2986499	2
Inversion	Chr8	3246037	3505884
Inversion	Chr8	3246593	3505890
Inversion	Chr6	4330470	4451600	LOC_Os06g08680
Inversion	Chr6	4330473	4451599	LOC_Os06g08680
Inversion	Chr12	8541040	8541482	LOC_Os12g14930
Inversion	Chr1	24001687	24581787	2
Inversion	Chr1	24001690	24581787	2
Inversion	Chr6	28177133	29006820
Inversion	Chr6	28177137	29006820

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	166129	Chr9	15101848	2
Translocation	Chr8	3246256	Chr7	7551140	2
Translocation	Chr8	3246579	Chr7	7551120	2
Translocation	Chr10	10194137	Chr8	17061525	2
Translocation	Chr3	13765562	Chr2	7858183	2
Translocation	Chr6	20715218	Chr2	16763829
Translocation	Chr11	27806918	Chr6	9599987	LOC_Os11g45960
Translocation	Chr4	33870102	Chr1	39643870	2
Translocation	Chr4	33870103	Chr1	39643869	2

Main menu