Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	21398681	G-A	HET
SBS	Chr1	36379336	G-A	HET
SBS	Chr1	8661627	T-A	HET
SBS	Chr10	16829641	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g32030
SBS	Chr11	20286039	A-C	HET
SBS	Chr11	8453011	G-A	HET
SBS	Chr12	19509480	G-T	Homo
SBS	Chr12	24988289	G-A	Homo
SBS	Chr2	17753197	A-G	HET
SBS	Chr2	24835023	G-A	Homo
SBS	Chr2	33565900	G-C	HET
SBS	Chr2	7400880	C-A	HET
SBS	Chr3	12886513	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os03g22480
SBS	Chr3	17140429	T-C	HET
SBS	Chr3	18202910	G-C	HET
SBS	Chr3	23168744	G-A	HET
SBS	Chr3	25404930	G-A	HET
SBS	Chr4	10792584	C-T	HET
SBS	Chr4	11848579	G-T	HET
SBS	Chr4	13662766	G-C	HET
SBS	Chr4	24601642	A-T	HET
SBS	Chr4	24654252	C-T	HET
SBS	Chr4	8670143	A-T	HET
SBS	Chr5	10690697	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g18490
SBS	Chr5	16772805	T-A	HET
SBS	Chr5	23134497	C-T	HET
SBS	Chr5	8628326	G-T	HET
SBS	Chr6	12534863	A-G	HET
SBS	Chr6	17863015	G-A	HET
SBS	Chr7	10638756	T-A	Homo
SBS	Chr7	18378972	A-G	HET
SBS	Chr7	18916916	C-T	HET
SBS	Chr7	18916917	C-T	HET
SBS	Chr7	18916918	C-T	HET
SBS	Chr7	19375826	G-A	HET
SBS	Chr7	25894074	C-T	HET
SBS	Chr8	17501948	C-T	HET
SBS	Chr8	9290990	G-C	Homo
SBS	Chr9	3195638	A-T	HET
SBS	Chr9	6162278	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g11110

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	2595858	2595874	16
Deletion	Chr6	4001238	4001244	6
Deletion	Chr7	5523817	5523824	7
Deletion	Chr12	6768413	6768420	7
Deletion	Chr2	8448001	8458000	9999	2
Deletion	Chr3	8832585	8832591	6	LOC_Os03g16010
Deletion	Chr1	9185006	9185018	12
Deletion	Chr12	13036374	13036394	20	LOC_Os12g23060
Deletion	Chr10	15309349	15309357	8
Deletion	Chr8	15541355	15541358	3
Deletion	Chr1	16081001	16239000	157999	28
Deletion	Chr11	22046729	22046730	1	LOC_Os11g37340
Deletion	Chr2	22336547	22336557	10
Deletion	Chr11	22931782	22931859	77
Deletion	Chr4	23527552	23527553	1	LOC_Os04g39520
Deletion	Chr12	24498041	24498048	7
Deletion	Chr6	25415469	25415484	15
Deletion	Chr4	26254531	26254545	14
Deletion	Chr7	28525097	28525102	5

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	5943189	5943206	18
Insertion	Chr12	21982395	21982395	1
Insertion	Chr6	5336125	5336126	2
Insertion	Chr7	25653601	25653604	4

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	12812091	13670713	2
Inversion	Chr1	12812100	13670714	2
Inversion	Chr5	16496226	16690526	2
Inversion	Chr5	16496229	16690531	2

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	15104043	Chr2	25382838	2
Translocation	Chr8	24878641	Chr1	16080391
Translocation	Chr8	24878669	Chr1	16235170

Main menu