Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN3528-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3528-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	99719	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01210
SBS	Chr1	99720	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01210
SBS	Chr1	4973339	A-T	HET
SBS	Chr1	10740578	G-A	HET
SBS	Chr1	10740579	C-A	HET
SBS	Chr1	19038879	A-T	Homo
SBS	Chr1	28194448	C-T	HET
SBS	Chr1	28274337	T-A	HET
SBS	Chr2	9396043	T-C	HET
SBS	Chr2	18955794	G-T	HET
SBS	Chr2	19720733	A-G	Homo
SBS	Chr2	20526845	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g34300
SBS	Chr2	21245165	C-T	HET
SBS	Chr2	27914044	G-A	HET
SBS	Chr3	8169104	C-A	HET
SBS	Chr3	8169105	G-A	HET
SBS	Chr3	14709295	G-A	HET
SBS	Chr3	19144992	T-G	HET
SBS	Chr3	22749347	C-T	HET
SBS	Chr4	1555240	G-A	HET
SBS	Chr4	2361885	C-A	HET
SBS	Chr4	7279312	G-A	Homo
SBS	Chr4	11114815	C-G	HET
SBS	Chr4	13079035	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g23030
SBS	Chr4	28707850	A-T	HET
SBS	Chr5	10013871	C-T	HET
SBS	Chr5	11912692	G-C	HET
SBS	Chr5	12079573	C-T	HET
SBS	Chr5	15383830	A-C	Homo
SBS	Chr5	27549571	C-A	HET
SBS	Chr5	29886601	T-A	HET
SBS	Chr6	9271842	C-G	Homo
SBS	Chr6	11460097	C-A	HET
SBS	Chr6	12574917	C-T	HET
SBS	Chr6	27535646	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g45520
SBS	Chr6	29862591	C-T	Homo
SBS	Chr7	892722	G-T	HET
SBS	Chr7	892723	A-T	HET
SBS	Chr7	10104806	G-C	Homo
SBS	Chr7	16411541	T-A	Homo
SBS	Chr8	5086551	G-A	HET	SPLICE_SITE_ACCEPTOR	LOC_Os08g08770
SBS	Chr8	8832160	T-A	HET
SBS	Chr8	25081573	C-T	HET
SBS	Chr9	4091276	C-T	Homo
SBS	Chr9	13054395	T-G	Homo
SBS	Chr9	13155112	C-A	HET
SBS	Chr10	6767049	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g12160
SBS	Chr10	14838988	A-G	HET
SBS	Chr11	10115863	T-C	HET
SBS	Chr11	14278821	C-T	HET
SBS	Chr11	18526552	A-T	HET
SBS	Chr12	3259984	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g06690
SBS	Chr12	3478755	G-T	HET
SBS	Chr12	10949861	A-G	HET
SBS	Chr12	11330961	C-T	HET
SBS	Chr12	11657262	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g20040
SBS	Chr12	18043040	C-A	HET

Deletions: 21

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	597001	967000	369999	65
Deletion	Chr3	1450035	1450036	1
Deletion	Chr5	2608421	2608422	1
Deletion	Chr11	3660264	3660274	10	LOC_Os11g07260
Deletion	Chr11	4783877	4783890	13
Deletion	Chr6	7373029	7373036	7
Deletion	Chr4	7738367	7738369	2
Deletion	Chr5	9507976	9507990	14	LOC_Os05g16720
Deletion	Chr9	10050985	10050987	2
Deletion	Chr9	10142985	10142986	1
Deletion	Chr10	12931596	12931610	14
Deletion	Chr2	14903683	14903685	2
Deletion	Chr8	15224406	15224417	11
Deletion	Chr12	15236001	15289000	52999	7
Deletion	Chr7	17189874	17189876	2
Deletion	Chr8	17421341	17421354	13
Deletion	Chr1	22865026	22865049	23
Deletion	Chr2	23120132	23120133	1	LOC_Os02g38220
Deletion	Chr2	29614805	29614808	3
Deletion	Chr6	30063018	30063021	3
Deletion	Chr2	32493623	32493627	4

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	30100439	30100439	1
Insertion	Chr3	103927	103928	2
Insertion	Chr6	29723571	29723572	2
Insertion	Chr10	3461799	3461799	1
Insertion	Chr1	7414694	7414694	1
Insertion	Chr1	28135120	28135123	4

Inversions: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	6663062	6663712	LOC_Os11g11990
Inversion	Chr2	12599628	12600084
Inversion	Chr7	15959729	16928925
Inversion	Chr7	15959731	16928931
Inversion	Chr9	21729836	21729970	LOC_Os09g37700
Inversion	Chr8	22407995	22408496	2
Inversion	Chr6	24301677	24301877
Inversion	Chr2	33718078	33718268	LOC_Os02g55030
Inversion	Chr2	35126040	35126180	LOC_Os02g57340

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	2355477	Chr1	19809220
Translocation	Chr5	5657309	Chr3	4142080	2
Translocation	Chr6	9473710	Chr3	16475641	2
Translocation	Chr12	15284223	Chr8	5560415

Main menu

You are here

Search Results