Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 31

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12155393	C-A	HET
SBS	Chr1	13992440	T-A	HET
SBS	Chr1	18080199	C-T	HET
SBS	Chr1	41299332	C-T	HET
SBS	Chr1	5031583	A-G	Homo
SBS	Chr10	12122525	C-T	HET
SBS	Chr10	13609803	G-A	HET
SBS	Chr10	1652165	A-G	HET
SBS	Chr10	20038926	G-A	HET
SBS	Chr10	2989728	T-A	Homo
SBS	Chr10	9271962	C-T	HET
SBS	Chr11	11970684	A-T	Homo
SBS	Chr11	17430207	G-A	Homo
SBS	Chr11	20699516	A-T	HET
SBS	Chr11	26775012	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g44300
SBS	Chr11	9282776	G-C	HET
SBS	Chr12	10329996	C-T	HET
SBS	Chr12	12223677	C-A	HET
SBS	Chr2	14565839	G-A	Homo
SBS	Chr3	26117496	G-A	HET
SBS	Chr3	30261951	C-A	HET
SBS	Chr4	2537219	A-T	HET
SBS	Chr4	4393419	G-A	Homo
SBS	Chr4	7056921	G-A	HET
SBS	Chr5	16004355	G-T	HET
SBS	Chr6	13856540	T-G	Homo
SBS	Chr6	20546556	G-A	Homo
SBS	Chr6	4104309	T-A	HET
SBS	Chr7	2319483	T-C	HET
SBS	Chr7	23881886	A-C	HET
SBS	Chr9	19927531	A-C	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	144729	144757	28
Deletion	Chr11	1987583	1987585	2
Deletion	Chr5	2274830	2274831	1
Deletion	Chr4	2872949	2873059	110
Deletion	Chr8	5910928	5910938	10	LOC_Os08g10190
Deletion	Chr8	9123440	9123442	2
Deletion	Chr5	9514456	9514457	1
Deletion	Chr9	13033444	13033445	1
Deletion	Chr1	14339001	14513000	173999	18
Deletion	Chr11	14749130	14749131	1
Deletion	Chr6	16775155	16775156	1	LOC_Os06g29350
Deletion	Chr5	20357940	20357941	1
Deletion	Chr11	21952848	21952849	1	LOC_Os11g37180
Deletion	Chr11	23773095	23773133	38	LOC_Os11g39880

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	8678110	8678110	1
Insertion	Chr5	11819601	11819601	1
Insertion	Chr7	20438005	20438006	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	9580686	9686502	2
Inversion	Chr1	14204342	14580716	2
Inversion	Chr1	14204355	14580725	2
Inversion	Chr11	19390245	19639956

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	2730995	Chr2	6409688	2
Translocation	Chr10	7866559	Chr9	13613574	2
Translocation	Chr6	16250553	Chr4	25868275	2
Translocation	Chr4	17198921	Chr1	14515041	2
Translocation	Chr4	17198929	Chr1	14514897	2
Translocation	Chr6	27138961	Chr4	33005151	LOC_Os06g44890
Translocation	Chr6	27144240	Chr4	33003979	LOC_Os06g44890

Main menu