Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16890129	G-C	HET
SBS	Chr1	17514854	G-C	Homo
SBS	Chr1	33615147	G-A	HET
SBS	Chr1	39776964	C-G	HET
SBS	Chr10	855924	C-T	HET
SBS	Chr11	12558462	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g21870
SBS	Chr11	14480752	G-A	Homo
SBS	Chr11	25769559	C-T	HET
SBS	Chr12	11289335	C-A	Homo
SBS	Chr12	12261671	C-G	HET
SBS	Chr12	22617570	A-C	HET
SBS	Chr12	22867847	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g37270
SBS	Chr2	11385050	C-T	Homo
SBS	Chr2	2390211	C-T	Homo
SBS	Chr3	10212104	T-A	HET
SBS	Chr3	14311635	A-T	HET
SBS	Chr3	14311636	A-T	HET
SBS	Chr3	17366444	C-T	Homo
SBS	Chr3	18313720	G-A	Homo
SBS	Chr3	1838424	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g04030
SBS	Chr3	25159324	T-A	HET
SBS	Chr3	30216494	A-C	HET
SBS	Chr4	15325223	C-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os04g26290
SBS	Chr4	16406571	C-T	HET
SBS	Chr4	27250912	G-T	HET
SBS	Chr5	18217872	T-C	Homo
SBS	Chr5	19201354	T-A	HET
SBS	Chr5	19201355	A-C	HET
SBS	Chr5	19923217	T-A	HET
SBS	Chr5	20369899	T-A	Homo
SBS	Chr5	21823612	C-T	HET
SBS	Chr5	873162	A-G	HET
SBS	Chr6	20211010	G-A	HET
SBS	Chr6	20791057	C-T	HET
SBS	Chr7	19292417	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g32430
SBS	Chr7	23574105	C-G	HET
SBS	Chr7	27832954	A-C	HET
SBS	Chr8	12700390	A-G	HET
SBS	Chr8	20636061	A-G	HET
SBS	Chr8	2147240	C-T	HET
SBS	Chr8	586655	G-A	HET
SBS	Chr9	12514176	G-A	Homo
SBS	Chr9	22239851	C-A	HET
SBS	Chr9	22239852	C-A	HET

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	395411	395431	20
Deletion	Chr11	863138	863151	13
Deletion	Chr2	1025414	1025415	1
Deletion	Chr8	1528888	1528893	5
Deletion	Chr1	3564035	3564036	1	LOC_Os01g07490
Deletion	Chr4	5736256	5736257	1
Deletion	Chr6	6694607	6694616	9
Deletion	Chr7	6991719	6991724	5
Deletion	Chr3	8965179	8965205	26	LOC_Os03g16260
Deletion	Chr11	11801298	11801302	4
Deletion	Chr6	13121296	13121301	5
Deletion	Chr3	14297982	14297986	4
Deletion	Chr11	15489054	15489060	6
Deletion	Chr2	17618723	17618727	4
Deletion	Chr5	19487331	19487335	4
Deletion	Chr4	19543288	19543294	6
Deletion	Chr12	21049593	21049614	21
Deletion	Chr2	23709001	23739000	29999	6
Deletion	Chr11	28844126	28844149	23
Deletion	Chr2	30345982	30345990	8

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	33510736	33510737	2
Insertion	Chr1	36595681	36595682	2
Insertion	Chr3	30815278	30815280	3
Insertion	Chr6	2755618	2755619	2
Insertion	Chr7	20457901	20457904	4
Insertion	Chr9	5333792	5333793	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	12145358	12894647	2
Inversion	Chr6	12145372	12894671	2
Inversion	Chr11	24897488	25828857
Inversion	Chr2	29922257	29922572	LOC_Os02g48920

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	9558645	Chr4	13186225
Translocation	Chr11	25828842	Chr9	22933528

Main menu