Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 37

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13180178	A-G	HET
SBS	Chr1	19706061	A-G	HET
SBS	Chr1	22622805	T-C	HET
SBS	Chr1	27412874	G-A	Homo
SBS	Chr1	31482276	T-C	Homo
SBS	Chr1	9783663	T-C	HET
SBS	Chr10	11852717	C-T	HET
SBS	Chr10	11990740	G-A	HET
SBS	Chr10	12191461	G-A	HET
SBS	Chr10	22625252	G-A	HET
SBS	Chr10	4049029	G-A	HET
SBS	Chr10	4971948	A-G	HET
SBS	Chr11	16959973	A-T	HET
SBS	Chr11	9181021	T-A	HET
SBS	Chr12	10923315	G-T	HET
SBS	Chr2	25676832	C-T	HET
SBS	Chr2	28198870	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g46240
SBS	Chr2	33644129	T-A	HET
SBS	Chr2	34035569	C-T	HET
SBS	Chr2	34035613	T-A	HET
SBS	Chr2	9357543	C-A	Homo
SBS	Chr3	105903	C-T	HET
SBS	Chr3	18033585	T-A	HET
SBS	Chr3	28644077	A-T	Homo
SBS	Chr3	9284239	T-G	HET
SBS	Chr4	6021136	G-A	Homo
SBS	Chr5	15367160	G-C	HET
SBS	Chr5	5118099	G-A	HET
SBS	Chr5	7479055	A-C	Homo
SBS	Chr6	29911723	G-T	HET
SBS	Chr7	11136434	G-A	HET
SBS	Chr7	27485366	T-C	Homo
SBS	Chr7	6024437	T-C	HET
SBS	Chr8	17046950	T-G	HET
SBS	Chr9	17530811	G-A	Homo
SBS	Chr9	2949690	A-C	HET
SBS	Chr9	7474689	C-G	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	3349462	3349731	269	LOC_Os10g06520
Deletion	Chr2	7186018	7186050	32
Deletion	Chr12	7318000	7318005	5
Deletion	Chr12	11244001	11256000	11999	LOC_Os12g19370
Deletion	Chr4	12087725	12087732	7
Deletion	Chr3	13503100	13503105	5
Deletion	Chr4	14652509	14652513	4
Deletion	Chr3	17500003	17500004	1	LOC_Os03g30710
Deletion	Chr8	18253744	18253747	3	LOC_Os08g29720
Deletion	Chr3	19284001	19361000	76999	17
Deletion	Chr3	19488001	19500000	11999	4
Deletion	Chr2	19961648	19961661	13
Deletion	Chr8	25935001	25956000	20999	5
Deletion	Chr5	27316362	27316382	20
Deletion	Chr3	27799147	27799148	1
Deletion	Chr2	28314328	28314330	2	LOC_Os02g46460
Deletion	Chr7	28354537	28354538	1
Deletion	Chr3	28430135	28430138	3	LOC_Os03g49880

Insertions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	10199189	10199189	1
Insertion	Chr10	15095266	15095266	1
Insertion	Chr12	17115290	17115290	1
Insertion	Chr3	13380250	13380250	1
Insertion	Chr4	2359340	2359341	2
Insertion	Chr5	9966146	9966148	3
Insertion	Chr6	14966349	14966349	1
Insertion	Chr8	11542155	11542155	1
Insertion	Chr9	14334102	14334102	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	3829199	3829494
Inversion	Chr9	6573605	6764972	LOC_Os09g11760

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3923903	Chr9	3034209
Translocation	Chr5	7364147	Chr3	30459523
Translocation	Chr5	7917874	Chr3	8412207	LOC_Os03g15370
Translocation	Chr12	8566889	Chr10	2106336
Translocation	Chr2	10394365	Chr1	11768770
Translocation	Chr11	11508165	Chr8	19974189	2
Translocation	Chr8	13065670	Chr1	19825618	LOC_Os01g35789
Translocation	Chr12	22623110	Chr11	22169070	LOC_Os11g37540
Translocation	Chr12	24160403	Chr3	8413587	LOC_Os03g15380
Translocation	Chr3	31068312	Chr1	16252172

Main menu