Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11580429	C-T	HET
SBS	Chr1	12057558	G-A	HET
SBS	Chr1	16937593	C-G	HET
SBS	Chr1	18526871	C-T	HET
SBS	Chr1	20631584	G-A	HET
SBS	Chr1	21678082	C-T	HET
SBS	Chr1	34223208	G-A	HET
SBS	Chr1	6372813	G-A	HET
SBS	Chr10	13764880	G-A	Homo
SBS	Chr10	2443528	C-T	HET
SBS	Chr10	9058330	C-G	Homo
SBS	Chr11	6231436	C-A	HET
SBS	Chr11	6237471	C-A	HET
SBS	Chr12	1306708	A-G	HET
SBS	Chr12	16827933	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g28470
SBS	Chr12	20287837	G-A	HET
SBS	Chr2	14548931	C-T	HET
SBS	Chr2	1933813	G-A	HET
SBS	Chr2	22967377	G-A	HET
SBS	Chr2	29555131	G-A	HET
SBS	Chr2	30717390	G-A	HET
SBS	Chr2	8033569	G-A	HET
SBS	Chr4	11849950	T-C	HET
SBS	Chr4	15922120	C-T	HET
SBS	Chr4	16198940	G-A	HET
SBS	Chr4	17676636	G-A	HET
SBS	Chr5	17581100	G-A	Homo
SBS	Chr5	22207327	A-T	HET
SBS	Chr5	2554112	G-A	HET
SBS	Chr5	3253811	A-C	HET
SBS	Chr6	13245580	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g22760
SBS	Chr6	25923385	A-G	HET
SBS	Chr6	2738829	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g05970
SBS	Chr6	9343246	G-T	HET
SBS	Chr7	14655390	T-A	HET
SBS	Chr7	14861265	C-A	HET
SBS	Chr7	15601024	G-A	HET
SBS	Chr7	21495793	C-T	HET
SBS	Chr7	9067522	G-T	HET
SBS	Chr8	23142653	G-C	HET
SBS	Chr9	6284111	G-A	HET
SBS	Chr9	9442664	T-C	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	958306	958311	5
Deletion	Chr1	2657183	2657186	3
Deletion	Chr1	3815045	3815054	9
Deletion	Chr5	4038957	4038958	1	LOC_Os05g07540
Deletion	Chr2	4745361	4745367	6
Deletion	Chr10	4905519	4905522	3	LOC_Os10g09060
Deletion	Chr4	5386704	5386706	2	LOC_Os04g10010
Deletion	Chr10	6953304	6953332	28
Deletion	Chr1	7391400	7391407	7
Deletion	Chr10	8561107	8561112	5
Deletion	Chr10	8769026	8769069	43	LOC_Os10g17400
Deletion	Chr10	14897231	14897240	9
Deletion	Chr7	22682470	22682476	6
Deletion	Chr5	23573291	23573292	1
Deletion	Chr3	25674297	25674298	1
Deletion	Chr5	25882940	25882942	2
Deletion	Chr5	29423998	29424002	4

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	7590474	7590474	1
Insertion	Chr12	16443136	16443137	2
Insertion	Chr12	17189074	17189074	1
Insertion	Chr4	14041242	14041245	4
Insertion	Chr8	28203544	28203743	200
Insertion	Chr9	3048283	3048284	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	13010735	13489580	2
Inversion	Chr10	18854341	19002094	LOC_Os10g35280

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2701186	Chr1	39381271	LOC_Os10g05470
Translocation	Chr6	8495737	Chr5	10856383
Translocation	Chr4	10943424	Chr3	1961150
Translocation	Chr12	16650779	Chr5	9483435	2
Translocation	Chr2	25341931	Chr1	397476	LOC_Os02g42134

Main menu