Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14932021	G-A	HET
SBS	Chr1	20151602	A-G	HET
SBS	Chr1	20287439	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g36550
SBS	Chr1	26013917	T-C	HET
SBS	Chr1	35960229	G-A	Homo
SBS	Chr1	39564825	A-T	HET
SBS	Chr1	7463146	A-G	HET
SBS	Chr1	8333217	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g14860
SBS	Chr10	15911545	C-A	HET
SBS	Chr10	18026260	C-A	HET
SBS	Chr10	20986732	C-T	HET
SBS	Chr10	22815472	T-A	HET
SBS	Chr10	4437110	C-G	HET
SBS	Chr11	18639097	G-A	HET
SBS	Chr11	19434257	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g32900
SBS	Chr11	5488045	A-T	HET
SBS	Chr11	8787501	A-C	HET
SBS	Chr11	9851443	C-T	Homo
SBS	Chr12	21842070	T-C	HET
SBS	Chr12	4929817	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g09400
SBS	Chr12	7349008	G-A	HET
SBS	Chr2	14618543	G-A	HET
SBS	Chr2	22708085	G-A	HET
SBS	Chr2	26249444	T-C	HET
SBS	Chr2	27779915	G-T	HET
SBS	Chr2	29332827	T-A	HET
SBS	Chr3	10239492	G-A	HET
SBS	Chr3	19418343	G-T	Homo
SBS	Chr3	25176740	A-G	Homo
SBS	Chr3	4184679	T-A	HET
SBS	Chr4	11339432	T-A	HET
SBS	Chr4	236537	A-G	Homo
SBS	Chr4	4271371	C-A	HET
SBS	Chr4	8605518	G-A	HET
SBS	Chr5	11533062	C-T	Homo
SBS	Chr5	89936	G-A	HET
SBS	Chr6	14331446	A-G	HET
SBS	Chr6	17639993	T-C	HET
SBS	Chr6	25210040	C-A	HET
SBS	Chr6	25210041	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g41990
SBS	Chr6	3141570	C-G	Homo
SBS	Chr6	994255	G-A	Homo
SBS	Chr7	1602539	C-T	HET
SBS	Chr7	20211383	A-T	Homo
SBS	Chr7	8546411	C-T	Homo
SBS	Chr8	16227174	G-C	HET
SBS	Chr8	17986257	G-A	HET
SBS	Chr8	19390030	T-A	HET
SBS	Chr8	27699635	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g44000
SBS	Chr8	8187614	T-C	HET
SBS	Chr9	17290128	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g28400
SBS	Chr9	4867313	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g09100
SBS	Chr9	9676857	G-T	Homo

Deletions: 25

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	688001	874000	185999	33
Deletion	Chr7	885001	955000	69999	13
Deletion	Chr6	3768167	3768179	12
Deletion	Chr2	3959001	4002000	42999	5
Deletion	Chr12	4728059	4728060	1
Deletion	Chr3	5282317	5282319	2
Deletion	Chr4	7082544	7082545	1	LOC_Os04g12820
Deletion	Chr3	9889227	9889239	12
Deletion	Chr1	10370889	10370891	2
Deletion	Chr8	10521500	10521504	4	LOC_Os08g17170
Deletion	Chr11	12690001	12706000	15999	6
Deletion	Chr3	14884106	14884116	10
Deletion	Chr6	17499979	17499982	3
Deletion	Chr12	17923304	17923314	10
Deletion	Chr8	20575137	20575139	2
Deletion	Chr12	20969001	20983000	13999	2
Deletion	Chr11	23726883	23726898	15
Deletion	Chr11	24049107	24049118	11
Deletion	Chr8	25524893	25524900	7	LOC_Os08g40310
Deletion	Chr2	25648139	25648140	1
Deletion	Chr8	26190001	26190010	9
Deletion	Chr8	26831456	26831458	2
Deletion	Chr2	32334814	32334822	8
Deletion	Chr4	32705973	32705985	12
Deletion	Chr2	33527278	33527287	9

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	21379748	21379769	22
Insertion	Chr5	29249791	29249791	1
Insertion	Chr6	23088753	23088753	1

Inversions: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	1279555	1870094
Inversion	Chr7	1279559	1870095
Inversion	Chr1	1895463	1895732
Inversion	Chr1	4982251	5159122	LOC_Os01g09670
Inversion	Chr1	4982254	5159127	LOC_Os01g09670
Inversion	Chr7	10724598	10724754	LOC_Os07g18120
Inversion	Chr1	17433860	18302220	LOC_Os01g33230
Inversion	Chr1	17433867	18306961	LOC_Os01g33240
Inversion	Chr3	21107928	21108143
Inversion	Chr6	24491556	25148078
Inversion	Chr6	24491571	25148127

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	327627	Chr4	11184837
Translocation	Chr11	1904348	Chr4	33677755	2
Translocation	Chr11	1905779	Chr1	18302219	2
Translocation	Chr4	33677754	Chr1	18306966	2

Main menu