Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10569576	A-T	HET
SBS	Chr1	22324877	A-C	HET
SBS	Chr1	31918102	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g55400
SBS	Chr1	34144454	C-T	Homo
SBS	Chr1	41752963	T-G	HET
SBS	Chr1	42573941	T-C	HET
SBS	Chr10	21101407	C-T	Homo
SBS	Chr10	3231683	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g06290
SBS	Chr10	5498237	T-C	HET
SBS	Chr10	7814808	C-T	HET
SBS	Chr11	15147106	C-T	HET
SBS	Chr12	19284019	T-C	HET
SBS	Chr12	5080823	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g09640
SBS	Chr2	12470378	C-T	HET
SBS	Chr2	12470383	A-T	HET
SBS	Chr2	12470385	A-T	HET
SBS	Chr2	17544303	C-T	HET
SBS	Chr2	9382348	T-A	HET
SBS	Chr3	10339071	C-T	HET
SBS	Chr3	24374368	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g43610
SBS	Chr3	24998849	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g44420
SBS	Chr3	26235074	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g46390
SBS	Chr3	3087275	A-T	Homo
SBS	Chr3	6506541	G-A	Homo
SBS	Chr4	24612955	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g41500
SBS	Chr4	29881808	G-A	HET
SBS	Chr4	29881810	A-G	HET
SBS	Chr4	30915369	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g52050
SBS	Chr4	30915370	C-A	HET
SBS	Chr5	13207047	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g23150
SBS	Chr5	13207048	C-A	HET
SBS	Chr5	17094520	C-T	HET
SBS	Chr5	4597475	G-A	HET
SBS	Chr6	15006413	G-A	HET
SBS	Chr6	16386396	G-A	HET
SBS	Chr7	1429269	G-C	HET
SBS	Chr7	20060633	T-G	HET
SBS	Chr7	9092249	G-T	HET
SBS	Chr8	2075366	G-T	HET
SBS	Chr8	5590274	C-A	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	2451426	2451430	4
Deletion	Chr4	3142925	3142927	2
Deletion	Chr4	6882972	6882979	7
Deletion	Chr4	9547905	9547909	4
Deletion	Chr4	12909940	12910460	520
Deletion	Chr6	17245001	17484000	238999	27
Deletion	Chr6	20169790	20169793	3	LOC_Os06g34710
Deletion	Chr3	24891332	24891340	8
Deletion	Chr8	25937422	25937426	4
Deletion	Chr3	26235205	26235218	13	LOC_Os03g46390

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	12723232	12723234	3
Insertion	Chr2	8412118	8412119	2
Insertion	Chr4	8819834	8819834	1
Insertion	Chr7	28173836	28173836	1
Insertion	Chr9	14806864	14806865	2

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	6091827	6137441	LOC_Os04g11230
Inversion	Chr4	6091830	6137440	LOC_Os04g11230
Inversion	Chr6	14763122	14763255
Inversion	Chr6	16984128	17473686	LOC_Os06g29620
Inversion	Chr1	22189538	22263591
Inversion	Chr2	24980641	25221806	LOC_Os02g41970

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	3954800	Chr4	32423209	LOC_Os04g54500
Translocation	Chr5	3958756	Chr4	32423195	2
Translocation	Chr6	4103940	Chr1	19280025	LOC_Os01g34890
Translocation	Chr4	5305427	Chr3	8410970	LOC_Os03g15370
Translocation	Chr4	5305740	Chr3	8410969	LOC_Os03g15370
Translocation	Chr8	14996783	Chr1	41858429
Translocation	Chr6	16984110	Chr5	3978736	LOC_Os06g29620
Translocation	Chr10	21518892	Chr7	19716045	LOC_Os07g33000

Main menu