Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1826931	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g04150
SBS	Chr1	27209795	C-T	HET
SBS	Chr1	33311815	C-T	HET
SBS	Chr1	8179376	T-A	HET
SBS	Chr10	17102502	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g32649
SBS	Chr10	20903364	C-T	HET
SBS	Chr11	18581271	G-A	HET
SBS	Chr11	20667460	C-T	HET
SBS	Chr11	26472532	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g43820
SBS	Chr12	11580744	G-A	HET
SBS	Chr12	15077756	C-G	HET
SBS	Chr12	24406059	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g39570
SBS	Chr12	7825060	G-A	HET
SBS	Chr12	7825061	C-A	HET
SBS	Chr2	15800739	G-C	HET
SBS	Chr2	34765892	C-A	HET
SBS	Chr3	13430453	G-A	HET
SBS	Chr3	18549440	C-T	HET
SBS	Chr3	24263129	C-A	HET
SBS	Chr3	29712584	A-T	HET
SBS	Chr4	1483226	A-T	Homo
SBS	Chr4	15872780	G-A	HET
SBS	Chr4	23256065	G-T	HET
SBS	Chr4	27850049	G-A	HET
SBS	Chr4	30702141	T-A	HET
SBS	Chr4	5642611	T-A	Homo
SBS	Chr5	10855957	G-T	HET
SBS	Chr5	13186045	A-T	HET
SBS	Chr5	16865484	G-C	HET
SBS	Chr5	4627738	G-A	Homo
SBS	Chr6	30882500	G-A	HET
SBS	Chr6	9172724	T-C	Homo
SBS	Chr7	18516917	T-G	HET
SBS	Chr7	22889957	C-A	HET
SBS	Chr7	22889958	C-A	HET
SBS	Chr8	12179824	G-A	HET
SBS	Chr8	22310949	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g35390
SBS	Chr8	4019495	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os08g07200
SBS	Chr9	20060591	T-A	Homo

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	798553	798558	5	LOC_Os08g02260
Deletion	Chr11	952001	1002000	49999	9
Deletion	Chr7	1130649	1130658	9	LOC_Os07g03015
Deletion	Chr1	6526363	6526369	6
Deletion	Chr3	9764741	9764745	4
Deletion	Chr12	9784001	10156000	371999	64
Deletion	Chr3	10155135	10155144	9
Deletion	Chr12	10167001	10313000	145999	18
Deletion	Chr12	10239205	10239217	12
Deletion	Chr3	11974255	11974257	2
Deletion	Chr8	14285696	14285700	4
Deletion	Chr12	19857840	19857932	92
Deletion	Chr1	20031867	20031892	25
Deletion	Chr7	20171137	20171139	2
Deletion	Chr9	22518536	22518537	1
Deletion	Chr8	27042425	27042431	6
Deletion	Chr2	31845972	31845983	11	LOC_Os02g52020

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	11394040	11394040	1
Insertion	Chr3	21387216	21387216	1	LOC_Os03g38530
Insertion	Chr6	29862026	29862026	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	3631993	3632192
Inversion	Chr1	9237156	9820755	LOC_Os01g17070
Inversion	Chr1	9237173	9820878	LOC_Os01g17070

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	3575937	Chr1	6150495
Translocation	Chr10	12733239	Chr9	759195	2
Translocation	Chr7	16409732	Chr4	28470840	LOC_Os04g47890
Translocation	Chr7	16409974	Chr4	28470840	LOC_Os04g47890
Translocation	Chr11	20126119	Chr3	8260852	LOC_Os11g34330
Translocation	Chr2	26568590	Chr1	4970615

Main menu