Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13810213	A-G	Homo
SBS	Chr1	36597313	A-G	HET
SBS	Chr1	4003673	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g08220
SBS	Chr1	5770627	C-T	Homo
SBS	Chr11	19540327	T-A	HET
SBS	Chr11	21768112	T-A	HET
SBS	Chr11	23816458	G-A	Homo
SBS	Chr11	7969526	G-A	Homo
SBS	Chr12	12659043	G-C	Homo
SBS	Chr12	25263309	A-T	Homo
SBS	Chr2	20797322	T-A	HET
SBS	Chr2	29600594	A-G	Homo
SBS	Chr2	35793470	G-T	HET
SBS	Chr2	4273887	C-T	Homo
SBS	Chr2	4273888	C-T	Homo
SBS	Chr3	10591478	G-T	HET
SBS	Chr3	12389061	A-T	Homo
SBS	Chr3	21614650	G-A	Homo
SBS	Chr3	32170943	C-T	Homo
SBS	Chr3	36030893	G-A	HET
SBS	Chr3	8721892	T-C	HET
SBS	Chr3	9275067	C-G	HET
SBS	Chr4	10357024	C-A	HET
SBS	Chr4	14531179	G-A	HET
SBS	Chr4	14531180	G-T	HET
SBS	Chr4	25084877	T-C	HET
SBS	Chr4	29013633	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g48660
SBS	Chr4	31339041	G-T	HET
SBS	Chr4	7685325	T-C	HET
SBS	Chr5	18543151	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g31850
SBS	Chr5	2330387	G-A	HET
SBS	Chr5	23308187	C-T	HET
SBS	Chr5	26456406	C-T	HET
SBS	Chr6	7838899	A-T	HET
SBS	Chr6	8350260	A-T	HET
SBS	Chr6	8803940	C-G	HET
SBS	Chr7	21796332	G-A	HET
SBS	Chr7	26344568	A-G	HET
SBS	Chr8	21371362	A-G	HET
SBS	Chr8	22165166	C-T	HET
SBS	Chr8	2659379	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05140
SBS	Chr8	9591475	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g15800
SBS	Chr9	14701856	A-G	HET
SBS	Chr9	20849667	G-A	HET
SBS	Chr9	22299748	T-A	HET
SBS	Chr9	22299749	C-T	HET
SBS	Chr9	6478901	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g11600
SBS	Chr9	830320	A-G	Homo
SBS	Chr9	8482445	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g14360
SBS	Chr9	9013014	C-T	HET
SBS	Chr9	9069692	G-A	HET
SBS	Chr9	9652758	A-G	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	434503	434512	9
Deletion	Chr11	1118001	1309000	190999	32
Deletion	Chr7	1784861	1784895	34	LOC_Os07g04170
Deletion	Chr1	2113000	2113011	11
Deletion	Chr7	2694509	2694517	8
Deletion	Chr4	2900973	2900992	19	LOC_Os04g05670
Deletion	Chr9	3040172	3040183	11
Deletion	Chr7	3854614	3854618	4
Deletion	Chr10	3929048	3929049	1
Deletion	Chr2	7332111	7332113	2
Deletion	Chr9	7746610	7746616	6
Deletion	Chr1	9976225	9976227	2
Deletion	Chr5	12200594	12200608	14
Deletion	Chr8	18677001	18874000	196999	26
Deletion	Chr9	18885541	18885545	4	LOC_Os09g31400
Deletion	Chr2	19970675	19970688	13
Deletion	Chr1	22466875	22466886	11	LOC_Os01g39830
Deletion	Chr8	22566801	22566802	1
Deletion	Chr2	23854570	23854584	14
Deletion	Chr1	24925941	24925944	3
Deletion	Chr1	31821492	31821495	3
Deletion	Chr2	35768869	35768870	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	8037274	8037277	4
Insertion	Chr6	8123250	8123251	2
Insertion	Chr8	18774376	18774379	4
Insertion	Chr8	18774871	18774874	4

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	18677494	19094541	LOC_Os08g30340
Inversion	Chr8	18871843	19094547

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	1543329	Chr6	20645927	2
Translocation	Chr11	7073666	Chr7	17406846	2
Translocation	Chr12	19763492	Chr5	28571090
Translocation	Chr11	26257550	Chr4	6930403

Main menu