Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3824-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3824-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11060249	A-T	Homo
SBS	Chr1	16235876	C-T	HET
SBS	Chr1	18195946	C-A	HET
SBS	Chr1	18271027	G-C	HET
SBS	Chr1	19544647	T-C	HET
SBS	Chr10	11679870	G-A	HET
SBS	Chr10	15578985	C-T	HET
SBS	Chr10	15824395	T-A	Homo
SBS	Chr10	17175537	G-T	HET
SBS	Chr10	20832284	C-T	Homo
SBS	Chr10	3093323	C-A	HET
SBS	Chr10	6881052	C-T	HET
SBS	Chr11	16413272	G-A	HET
SBS	Chr11	26931541	C-T	HET
SBS	Chr11	5174432	A-C	HET
SBS	Chr12	14372910	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g25040
SBS	Chr12	14571780	C-A	Homo
SBS	Chr12	16698644	A-G	Homo
SBS	Chr12	2109097	C-T	HET
SBS	Chr12	21450047	C-G	HET
SBS	Chr12	25195887	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40700
SBS	Chr2	12477412	C-T	HET
SBS	Chr2	13756810	A-T	HET
SBS	Chr2	17514486	G-A	HET
SBS	Chr2	17622944	G-A	HET
SBS	Chr2	18574163	A-G	HET
SBS	Chr2	536378	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g01960
SBS	Chr3	13914461	A-T	HET
SBS	Chr3	15930660	G-A	HET
SBS	Chr3	20640224	G-A	HET
SBS	Chr3	405553	C-T	HET
SBS	Chr3	6205749	G-T	HET
SBS	Chr3	6755520	A-G	HET
SBS	Chr3	8952604	G-A	HET
SBS	Chr4	10825708	G-A	HET
SBS	Chr4	1112852	G-T	HET
SBS	Chr4	11148033	C-T	HET
SBS	Chr4	12351987	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g21800
SBS	Chr4	13582309	G-A	HET
SBS	Chr4	14149019	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g24650
SBS	Chr4	15513777	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g26580
SBS	Chr4	17676636	G-A	HET
SBS	Chr4	23795433	C-T	Homo
SBS	Chr4	2519039	C-A	HET
SBS	Chr4	4082766	C-T	HET
SBS	Chr4	8391385	C-G	HET
SBS	Chr5	18772201	C-A	Homo
SBS	Chr5	22180755	C-A	HET
SBS	Chr5	2222201	C-A	HET
SBS	Chr5	4589092	A-G	HET
SBS	Chr5	6902824	A-G	HET
SBS	Chr6	27566801	G-T	HET
SBS	Chr6	8607318	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g15190
SBS	Chr7	9710645	T-C	HET
SBS	Chr8	16310764	G-A	HET
SBS	Chr8	19225450	C-T	HET
SBS	Chr8	24497099	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g38740
SBS	Chr8	26600877	C-T	HET
SBS	Chr8	3744232	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g06640
SBS	Chr8	8409283	T-A	HET
SBS	Chr9	15538225	C-T	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	2211209	2211220	11
Deletion	Chr8	2978043	2978053	10	LOC_Os08g05570
Deletion	Chr9	3508287	3508288	1
Deletion	Chr10	4874256	4874258	2
Deletion	Chr4	7164001	7263000	98999	19
Deletion	Chr8	10967938	10967939	1
Deletion	Chr1	22026491	22026492	1
Deletion	Chr3	26217543	26217547	4
Deletion	Chr6	30138018	30138036	18
Deletion	Chr3	30530688	30530689	1	LOC_Os03g53220

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	22787867	22787870	4
Insertion	Chr12	10193750	10193750	1
Insertion	Chr2	19108548	19108548	1
Insertion	Chr4	13047021	13047021	1
Insertion	Chr4	8143986	8144052	67

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	18589896	19053790	LOC_Os09g31950

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	5292278	Chr3	21824081	2
Translocation	Chr6	5293292	Chr3	21824021	2
Translocation	Chr4	7164414	Chr2	4096376	2
Translocation	Chr6	8086617	Chr4	18734240
Translocation	Chr11	10561571	Chr10	1626223	LOC_Os10g03660
Translocation	Chr4	34699024	Chr2	4094784

Main menu

You are here

Search Nipponbare