Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10986154	C-T	HET
SBS	Chr1	17864893	G-A	HET
SBS	Chr1	17979500	C-T	HET
SBS	Chr1	33180696	T-A	HET
SBS	Chr10	4829298	G-A	HET
SBS	Chr11	10004191	T-A	HET
SBS	Chr11	11519771	C-A	HET
SBS	Chr11	8238788	T-G	Homo
SBS	Chr12	14762577	C-T	HET
SBS	Chr12	14762578	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g25510
SBS	Chr12	14762579	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g25510
SBS	Chr12	1949216	G-A	HET
SBS	Chr12	20240046	A-T	HET
SBS	Chr12	20240048	T-A	HET
SBS	Chr12	22400206	A-T	HET
SBS	Chr12	8391730	T-C	HET
SBS	Chr2	10138651	G-A	HET
SBS	Chr2	11722189	C-T	Homo
SBS	Chr2	20282309	T-A	HET
SBS	Chr2	28211868	T-A	Homo
SBS	Chr3	19399716	T-C	HET
SBS	Chr4	15998318	A-C	HET
SBS	Chr4	2124753	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g04470
SBS	Chr4	34890346	C-G	HET
SBS	Chr4	5931288	C-G	HET
SBS	Chr4	9974697	G-C	HET
SBS	Chr5	7133926	A-G	HET
SBS	Chr6	12597292	G-A	HET
SBS	Chr6	12597296	T-C	HET
SBS	Chr6	12597298	G-A	HET
SBS	Chr6	14073557	A-C	HET
SBS	Chr6	26753021	G-C	HET
SBS	Chr7	14787007	G-A	HET
SBS	Chr8	18686957	C-A	HET
SBS	Chr8	18900978	G-A	HET
SBS	Chr8	9941035	C-T	HET
SBS	Chr9	13480591	C-T	HET
SBS	Chr9	16878236	C-G	HET
SBS	Chr9	18145402	A-C	HET
SBS	Chr9	5497492	T-G	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2358099	2358110	11	LOC_Os09g04440
Deletion	Chr9	5809344	5809346	2
Deletion	Chr8	6311645	6311646	1
Deletion	Chr3	7592491	7592502	11	LOC_Os03g14000
Deletion	Chr2	7974871	7974884	13
Deletion	Chr8	8658513	8658519	6
Deletion	Chr4	12080001	12157000	76999	12
Deletion	Chr4	12160001	12203000	42999	6
Deletion	Chr4	12205001	12260000	54999	8
Deletion	Chr4	12273001	12491000	217999	38
Deletion	Chr2	13324030	13324036	6	LOC_Os02g22300
Deletion	Chr11	14212861	14212867	6
Deletion	Chr3	17819985	17820007	22
Deletion	Chr10	18735343	18735351	8
Deletion	Chr12	21247509	21247511	2
Deletion	Chr7	23979619	23979629	10
Deletion	Chr4	24078106	24078127	21
Deletion	Chr11	26561210	26561211	1	LOC_Os11g43970
Deletion	Chr5	27816315	27816316	1
Deletion	Chr2	30000984	30000989	5	LOC_Os02g49070
Deletion	Chr4	33999505	33999517	12
Deletion	Chr1	36541671	36541672	1

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	9783639	9783639	1
Insertion	Chr2	15513158	15513181	24
Insertion	Chr8	22509329	22509329	1
Insertion	Chr9	14806864	14806865	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	7311625	7374660
Inversion	Chr10	7374700	7771184	LOC_Os10g14830

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	1493888	Chr5	10967088	LOC_Os05g18890
Translocation	Chr5	4615911	Chr3	5945872
Translocation	Chr11	8653735	Chr6	15647000	LOC_Os11g15310
Translocation	Chr11	8653776	Chr6	15646648	LOC_Os11g15310
Translocation	Chr6	11233843	Chr3	19410021	LOC_Os03g34030
Translocation	Chr11	14844510	Chr1	25620334	LOC_Os11g25980
Translocation	Chr11	14844536	Chr1	25603298	LOC_Os11g25980

Main menu