Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 35

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	33298247	A-T	HET
SBS	Chr1	5022826	A-G	HET
SBS	Chr10	12814193	C-T	HET
SBS	Chr10	17575236	G-A	HET
SBS	Chr10	23167207	G-A	HET
SBS	Chr10	909832	A-G	HET
SBS	Chr11	17916117	T-C	HET
SBS	Chr11	19158733	G-A	Homo
SBS	Chr12	23091325	C-A	HET
SBS	Chr12	27414956	A-C	HET
SBS	Chr12	7577397	A-G	HET
SBS	Chr2	15434197	C-A	HET
SBS	Chr2	1773967	A-G	HET
SBS	Chr2	30370446	C-T	HET
SBS	Chr2	32529580	A-G	HET
SBS	Chr2	34439844	A-C	HET
SBS	Chr3	30199994	C-G	HET
SBS	Chr4	15148135	C-T	HET
SBS	Chr4	23913769	C-T	HET
SBS	Chr5	17002212	G-T	HET
SBS	Chr6	15137609	C-T	Homo
SBS	Chr6	21805108	G-A	HET
SBS	Chr6	26074492	G-A	HET
SBS	Chr7	13202193	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g23410
SBS	Chr7	16325894	A-G	HET
SBS	Chr7	20235226	G-A	HET
SBS	Chr7	24716697	G-A	HET
SBS	Chr7	26718085	G-T	Homo
SBS	Chr7	28868512	A-C	Homo
SBS	Chr7	4236839	C-T	HET
SBS	Chr7	6104315	G-A	HET
SBS	Chr7	8404042	C-T	Homo
SBS	Chr8	8367975	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g13960
SBS	Chr9	11172061	A-G	HET
SBS	Chr9	4634170	C-T	HET

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	3792925	3792935	10	LOC_Os02g07350
Deletion	Chr1	3951643	3951645	2
Deletion	Chr9	6927768	6927777	9
Deletion	Chr11	7667515	7667517	2
Deletion	Chr12	8321597	8321600	3
Deletion	Chr12	10016582	10016584	2
Deletion	Chr11	10670001	10687000	16999	3
Deletion	Chr5	11261750	11261771	21
Deletion	Chr7	11371284	11371286	2	LOC_Os07g19200
Deletion	Chr1	13113366	13113379	13
Deletion	Chr10	13696294	13696306	12
Deletion	Chr11	19152751	19152755	4
Deletion	Chr12	21675794	21675800	6	LOC_Os12g35650
Deletion	Chr1	22780511	22780512	1	LOC_Os01g40340
Deletion	Chr5	24373217	24373239	22
Deletion	Chr8	24856410	24856418	8
Deletion	Chr12	25216877	25216883	6
Deletion	Chr1	25887051	25887054	3
Deletion	Chr2	26055291	26055293	2
Deletion	Chr7	26528347	26528352	5	LOC_Os07g44400
Deletion	Chr4	26568886	26568890	4
Deletion	Chr2	32938577	32938578	1
Deletion	Chr4	33334035	33334071	36
Deletion	Chr2	33457616	33457622	6

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	8412118	8412119	2
Insertion	Chr4	3750894	3750894	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	19633673	19914066	LOC_Os07g33310
Inversion	Chr7	19633678	19914073	LOC_Os07g33310
Inversion	Chr3	30047816	30294132	2
Inversion	Chr3	30049903	30294131	LOC_Os03g52830

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	946539	Chr2	11941024	LOC_Os02g20270
Translocation	Chr9	949437	Chr2	11941033	LOC_Os02g20270
Translocation	Chr11	10670070	Chr2	33644942
Translocation	Chr11	10685247	Chr2	33644832
Translocation	Chr8	12577665	Chr4	2200028	LOC_Os04g04600
Translocation	Chr12	16446401	Chr7	11777249	LOC_Os12g27900
Translocation	Chr7	22455724	Chr5	7557104
Translocation	Chr7	22455833	Chr2	28233228

Main menu