Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	27296395	C-A	HET
SBS	Chr1	29655660	A-C	HET
SBS	Chr1	30432103	G-A	Homo
SBS	Chr1	42744668	G-A	HET
SBS	Chr10	11204920	T-C	HET
SBS	Chr11	11682452	G-A	HET
SBS	Chr11	27240913	T-C	HET
SBS	Chr11	7552012	T-A	Homo
SBS	Chr12	20016157	A-G	HET
SBS	Chr12	24409074	A-C	HET
SBS	Chr12	5390147	C-T	HET
SBS	Chr2	15626663	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g26614
SBS	Chr2	26713013	C-T	HET
SBS	Chr2	28377305	A-T	HET
SBS	Chr3	19661781	C-T	HET
SBS	Chr3	21264895	T-C	HET
SBS	Chr3	33042642	T-G	HET
SBS	Chr3	34562246	G-A	HET
SBS	Chr3	6978587	C-A	HET
SBS	Chr4	12428208	T-C	HET
SBS	Chr4	13009344	C-G	HET
SBS	Chr4	13564858	G-A	HET
SBS	Chr4	16559906	T-C	HET
SBS	Chr4	30427724	A-T	HET
SBS	Chr5	13901171	G-A	Homo
SBS	Chr5	16022350	A-T	HET
SBS	Chr5	818597	A-T	Homo
SBS	Chr6	1898196	G-T	HET
SBS	Chr6	19904829	G-A	Homo
SBS	Chr6	25334967	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42200
SBS	Chr6	29788440	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g49150
SBS	Chr6	4595272	A-G	Homo
SBS	Chr6	5495275	A-G	Homo
SBS	Chr7	12109618	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g20930
SBS	Chr7	13562933	A-G	HET
SBS	Chr7	17676366	G-A	HET
SBS	Chr7	27218674	T-C	Homo
SBS	Chr7	28111658	G-A	HET
SBS	Chr7	8914132	G-A	HET
SBS	Chr7	9194280	G-A	HET
SBS	Chr8	1520084	T-A	HET
SBS	Chr8	24554793	A-T	HET
SBS	Chr9	2255937	G-A	HET
SBS	Chr9	662315	G-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	302132	302133	1
Deletion	Chr3	5834194	5834213	19
Deletion	Chr7	6045904	6045918	14
Deletion	Chr6	8917013	8917032	19
Deletion	Chr11	9697248	9697352	104	LOC_Os11g17390
Deletion	Chr3	13141964	13141974	10
Deletion	Chr8	17577547	17577548	1
Deletion	Chr12	20988909	20988910	1	LOC_Os12g34630
Deletion	Chr8	23428757	23428758	1
Deletion	Chr4	24534650	24534651	1	LOC_Os04g41350
Deletion	Chr4	25134816	25134825	9
Deletion	Chr4	29009915	29009931	16	LOC_Os04g48660
Deletion	Chr1	36696001	36780000	83999	15

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	34000200	34000201	2
Insertion	Chr6	17214012	17214013	2
Insertion	Chr7	4419971	4419972	2
Insertion	Chr8	12575994	12575994	1

Inversions: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	888352	888486
Inversion	Chr12	2247326	2247529	LOC_Os12g05110
Inversion	Chr7	2266667	2539330	LOC_Os07g05470
Inversion	Chr7	2266676	2309355
Inversion	Chr3	2987804	3390177	LOC_Os03g05980
Inversion	Chr9	4170697	4170982	LOC_Os09g08072
Inversion	Chr7	5650072	5650385	LOC_Os07g10490
Inversion	Chr4	7720278	8000464	LOC_Os04g13840
Inversion	Chr4	7720329	8000565	LOC_Os04g13840
Inversion	Chr2	12375819	12375945

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	837761	Chr3	2987769	LOC_Os03g05980
Translocation	Chr9	839093	Chr3	3390174
Translocation	Chr10	5526146	Chr4	22658458	LOC_Os04g38070
Translocation	Chr12	6047336	Chr6	22504219
Translocation	Chr8	6075144	Chr5	8208588	2
Translocation	Chr11	22540750	Chr5	1811965
Translocation	Chr11	23086315	Chr2	15835210
Translocation	Chr11	23086899	Chr2	15835197
Translocation	Chr11	24621617	Chr8	9667766	LOC_Os08g15880
Translocation	Chr6	30400453	Chr5	3356118
Translocation	Chr6	30401103	Chr5	1997893

Main menu